Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7Z37	14472	2024-08-05	2022-03-01	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.30	—	—	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.14	—	—	—	2.22	14256	1740	6	0	2	0	0	logfile
✘	7Z22	14455	2024-08-07	2022-02-25	2.95	3.65	3.03	3.3	0.003	0.51	0.0	0.04	11.34	0.00	2.198	6.76	0.00	1.8	98.2	0.0	2.55	0.53	0.47	1.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18492	2268	12	0	0	0	0	logfile
✘	7X1Y	32952	2024-08-08	2022-02-25	3.3	3.50	3.29	3.4	0.006	0.85	2.0	0.05	16.19	0.01	1.293	4.15	0.52	8.5	91.3	0.2	-1.68	0.83	0.88	4.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22032	2748	12	0	24	0	0	logfile
✘	7X0Y	32929	2024-08-09	2022-02-22	3.89	4.40	3.97	4.2	0.006	0.75	0.0	0.05	15.13	0.00	2.049	29.33	0.06	10.2	89.8	0.0	-4.73	0.80	0.81	1.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15242	1838	10	0	20	0	0	logfile
✘	7WZ2	32902	2024-08-09	2022-02-16	2.7	2.24	—	2.1	0.003	0.70	0.0	0.05	10.24	0.01	2.236	6.44	5.57	6.6	93.4	0.0	-3.27	0.76	0.74	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25490	3228	6	0	34	0	0	logfile
✘	7WYB	32890	2024-08-03	2022-02-15	2.97	2.33	—	2.1	0.005	0.80	0.0	0.05	12.35	0.00	2.176	5.06	0.00	7.0	93.0	0.0	-1.33	0.66	0.61	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8757	1115	5	0	0	0	0	logfile
✘	7WWi	32866	2024-08-10	2022-02-13	3.5	4.12	—	3.8	0.003	0.60	0.0	0.05	13.20	0.00	2.107	7.68	0.00	2.9	97.1	0.0	0.14	0.84	0.86	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30237	3791	26	0	43	0	0	logfile
✘	7WWJ	32867	2024-08-09	2022-02-13	3.5	4.15	—	3.8	0.003	0.60	0.0	0.05	13.50	0.00	2.202	8.64	0.00	3.2	96.8	0.0	0.07	0.83	0.87	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26915	3367	24	0	43	0	0	logfile
✘	7WVJ	32853	2024-08-05	2022-02-10	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12488	1318	4	46	46	0	0	logfile
✘	7WVE	32851	2024-08-05	2022-02-10	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12498	1318	4	46	46	0	0	logfile
✘	7WVF	32852	2024-08-05	2022-02-10	3.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14249	1546	5	46	46	0	0	logfile
✘	7WV5	32846	2024-08-05	2022-02-09	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12958	1318	16	46	80	0	0	logfile
✘	7TXV	26161	2024-08-09	2022-02-09	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27648	3528	16	0	28	0	0	logfile
✘	7WV3	32844	2024-08-09	2022-02-09	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25386	2672	18	80	124	0	0	logfile
✘	7WV4	32845	2024-08-09	2022-02-09	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24490	2636	6	80	80	0	0	logfile
✘	7WTA	32773	2024-08-08	2022-02-04	3.9	6.12	—	3.5	0.008	0.82	0.0	0.04	13.25	0.00	2.171	19.58	0.00	8.2	91.8	0.0	-0.51	0.89	0.81	0.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21080	2736	8	0	4	0	0	logfile
✘	7WTD	32779	2024-08-09	2022-02-04	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27137	3491	6	0	4	0	0	logfile
✘	7R1B	14237	2024-08-09	2022-02-02	2.8	3.00	2.92	2.9	0.005	0.68	0.0	0.05	12.03	0.00	2.220	3.33	0.54	3.4	96.6	0.0	-0.28	0.73	0.82	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25554	3193	14	0	42	0	0	logfile
✘	7R19	14235	2024-08-09	2022-02-02	3.3	3.69	3.53	3.6	0.004	0.59	0.0	0.05	11.32	0.01	2.179	4.01	0.18	2.1	97.9	0.0	0.42	0.82	0.83	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.08	—	—	—	2.49	25388	3178	10	0	38	0	0	logfile
✘	7WSQ	32764	2024-08-06	2022-02-01	3.8	3.52	—	3.9	0.038	1.52	0.0	0.45	14.72	0.01	1.827	11.77	0.00	4.9	95.1	0.0	-0.66	0.68	0.75	1.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16522	2104	10	0	10	0	0	logfile

• ← previous
• Page 21 of 39
• next →