Table showing results for October 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8BYS	16332	2024-10-10	2022-12-13	3.28	3.60	3.29	3.7	0.004	0.56	0.0	0.04	13.51	0.00	2.195	6.52	0.00	6.0	94.0	0.0	-0.91	0.70	0.83	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7406	968	3	0	0	0	0	logfile
✘	8FGX	29077	2024-10-11	2022-12-13	2.62	3.60	2.58	3.0	0.003	0.45	0.0	0.04	9.99	0.00	2.400	1.82	0.00	1.6	98.4	0.0	1.41	0.90	0.88	4.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9899	645	4	0	3	0	4873	logfile
✘	8HQ7	34946	2024-10-11	2022-12-13	2.7	2.88	2.96	2.8	0.003	0.72	0.0	0.05	12.54	0.01	2.131	5.95	0.00	4.8	95.2	0.0	0.23	0.77	0.85	4.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8292	1082	6	0	2	0	0	logfile
✘	8BXF	16317	2024-10-12	2022-12-08	3.4	3.97	3.47	3.9	0.004	0.95	0.0	0.06	13.47	0.01	1.507	5.27	0.38	4.3	95.7	0.0	-2.13	0.67	0.81	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12692	1630	10	0	5	0	0	logfile
✘	8HN8	34908	2024-10-11	2022-12-07	3.0	3.50	3.16	3.5	0.003	0.59	0.0	0.04	13.37	0.00	2.225	4.83	0.41	3.1	96.9	0.0	0.55	0.57	0.78	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8860	1120	6	0	1	0	0	logfile
✘	8HMZ	34905	2024-10-12	2022-12-06	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11542	1367	9	82	6	0	0	logfile
✘	8BVS	16270	2024-10-09	2022-12-05	3.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4799	617	4	1	1	0	0	logfile
✘	8HLB	34871	2024-10-10	2022-11-29	3.63	3.93	3.68	4.0	0.003	0.65	1.0	0.04	13.64	0.01	2.204	10.49	0.00	8.4	91.2	0.4	-2.13	0.70	0.75	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7461	977	5	0	0	0	0	logfile
✘	8HKX	34862	2024-10-12	2022-11-28	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.91	—	—	1.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.66	—	—	—	0.58	59656	3419	28	1491	57	0	0	logfile
✘	8HiJ	34818	2024-10-10	2022-11-20	3.54	2.56	3.51	3.0	0.005	0.76	1.0	0.05	9.66	0.01	2.315	3.83	0.00	5.2	94.8	0.0	-3.81	0.69	0.69	2.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8245	1055	5	0	1	0	0	logfile
✘	8BPF	16151	2024-10-14	2022-11-16	3.5	4.03	3.35	3.4	0.006	0.85	0.0	0.06	13.40	0.01	2.267	6.33	0.00	9.5	90.5	0.0	-1.72	0.86	0.77	2.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18593	2370	23	0	12	0	0	logfile
✘	8HFi	34721	2024-10-09	2022-11-10	2.5	2.71	2.52	2.7	0.003	0.63	0.0	0.04	15.56	0.00	2.008	3.64	1.08	2.2	97.8	0.0	1.51	0.75	0.88	3.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4443	548	2	0	2	39	0	logfile
✘	8BKZ	16099	2024-10-14	2022-11-09	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67875	8680	70	0	42	3505	0	logfile
✘	8HF6	34714	2024-10-11	2022-11-09	3.1	3.47	3.46	3.4	0.009	1.05	3.0	0.07	15.34	0.00	2.207	8.43	3.23	4.6	95.1	0.3	1.20	0.72	0.87	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8916	1126	4	0	2	0	0	logfile
✘	8F0G	28756	2024-10-15	2022-11-02	3.35	3.91	3.35	3.6	0.011	0.63	0.0	0.06	14.46	0.01	2.238	7.55	0.14	3.6	96.4	0.0	-0.20	0.79	0.84	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19635	2492	11	0	24	0	0	logfile
✘	8HC5	34652	2024-10-12	2022-11-01	3.43	3.51	3.37	3.6	0.002	0.53	0.0	0.04	15.56	0.00	2.249	5.34	0.00	4.0	96.0	0.0	-0.79	0.60	0.59	1.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11400	1493	6	0	1	0	0	logfile
✘	8EYY	28724	2024-10-15	2022-10-29	4.9	6.21	5.32	4.3	0.003	0.58	0.0	0.04	12.98	0.00	2.165	21.05	0.06	7.2	92.6	0.2	-1.16	0.89	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14301	1773	6	0	0	0	0	logfile
✘	8EXX	28663	2024-10-12	2022-10-26	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11862	1354	5	57	4	0	0	logfile
✘	8H8J	34549	2024-10-11	2022-10-23	3.2	2.26	3.27	2.1	0.003	0.66	0.0	0.04	10.44	0.00	1.939	9.85	2.59	2.3	97.6	0.1	-0.78	0.71	0.72	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8842	1139	6	0	5	0	0	logfile
✘	8H86	34530	2024-10-10	2022-10-21	2.56	2.71	2.58	2.7	0.014	1.56	0.0	0.08	18.47	0.03	2.296	6.79	0.45	4.0	96.0	0.0	-0.67	0.46	0.73	5.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7080	765	6	0	48	63	0	logfile

• ← previous
• Page 14 of 40
• next →