Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7T92	25750	2024-11-20	2021-12-17	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18777	1159	8	0	25	0	9156	logfile
✘	7T6K	25717	2024-11-19	2021-12-14	3.0	3.29	—	3.3	0.005	1.05	1.0	0.06	14.25	0.01	2.313	3.34	0.05	3.3	96.7	0.0	-3.51	0.68	0.82	3.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19412	2424	4	0	0	0	0	logfile
✘	7T6X	25730	2024-11-15	2021-12-14	3.83	4.14	3.83	4.0	0.022	1.97	0.0	0.13	15.96	0.02	1.505	3.89	0.00	3.8	96.1	0.1	-0.16	0.77	0.82	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9217	1140	19	0	37	0	0	logfile
✘	7QET	13940	2024-11-19	2021-12-03	2.1	2.53	2.11	2.3	0.006	0.88	0.0	0.04	13.42	0.00	2.140	1.99	2.38	2.2	97.8	0.0	1.49	0.82	0.90	3.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19205	2256	36	0	60	305	0	logfile
✘	7QER	13938	2024-11-19	2021-12-03	2.2	2.66	2.18	2.3	0.009	0.94	0.0	0.05	14.11	0.00	2.117	3.04	2.94	1.6	98.4	0.0	-0.05	0.84	0.88	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19097	2244	36	0	60	305	0	logfile
✘	7QDS	13925	2024-11-17	2021-11-30	3.8	3.53	3.57	3.7	0.005	0.86	1.0	0.05	14.59	0.01	2.067	14.28	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.33	0.80	0.82	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13798	1771	4	0	0	0	0	logfile
✘	7T02	25577	2024-11-17	2021-11-29	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14359	1752	4	25	5	0	0	logfile
✘	7QD8	13910	2024-11-17	2021-11-26	3.6	3.90	3.66	3.8	0.004	0.74	0.0	0.05	14.49	0.00	2.273	5.28	0.00	2.3	97.7	0.0	-1.83	0.74	0.69	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14086	1730	2	0	0	0	0	logfile
✘	7W2J	32262	2024-11-18	2021-11-24	3.6	2.90	—	3.6	0.030	1.49	0.0	0.56	15.66	0.01	2.011	18.00	0.00	11.0	88.7	0.4	-2.64	0.65	0.79	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16522	2104	10	0	10	0	0	logfile
✘	7SYD	25522	2024-11-19	2021-11-24	3.1	3.98	—	3.4	0.007	0.79	2.0	0.05	14.22	0.00	2.068	8.34	1.99	10.4	89.4	0.2	-3.66	0.88	0.83	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10216	1322	4	0	0	0	0	logfile
✘	7W0M	32244	2024-11-16	2021-11-18	3.71	2.51	3.74	2.2	0.004	0.76	0.0	0.05	14.11	0.00	2.230	11.46	0.00	5.6	94.4	0.0	-1.90	0.73	0.74	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8929	1134	6	0	1	0	0	logfile
✘	7STX	25438	2024-11-15	2021-11-15	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8611	1049	5	0	30	0	0	logfile
✘	7VX5	32169	2024-11-14	2021-11-12	3.8	4.03	—	4.1	0.003	0.65	0.0	0.04	9.06	0.00	2.246	7.43	0.14	1.0	99.0	0.0	-2.69	0.56	0.68	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6487	791	4	0	6	0	0	logfile
✘	7Q8B	13863	2024-11-17	2021-11-11	3.3	3.20	3.22	3.2	0.004	0.50	0.0	0.05	10.85	0.00	2.012	3.76	0.00	2.7	97.3	0.0	1.33	0.70	0.86	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14640	1850	10	0	15	0	0	logfile
✘	7Q5B	13831	2024-11-20	2021-11-03	3.98	3.20	—	3.1	0.004	0.91	0.0	0.05	21.26	0.01	2.231	9.48	0.10	13.2	86.5	0.2	-2.85	0.72	0.60	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21746	2255	13	168	0	0	0	logfile
✘	7VUG	32127	2024-11-15	2021-11-02	3.2	2.20	—	2.0	0.004	0.61	0.0	0.04	13.56	0.00	2.099	11.94	0.00	6.3	93.7	0.0	-0.75	0.73	0.72	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8924	1127	6	0	1	0	0	logfile
✘	7Q4V	13818	2024-11-19	2021-11-02	4.7	6.40	—	5.9	0.007	1.12	8.0	0.06	14.76	0.01	2.129	8.21	1.01	4.3	95.6	0.2	-2.14	0.77	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19303	2520	12	0	24	0	0	logfile
✘	7Q4E	13804	2024-11-16	2021-10-30	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.91	—	—	3.06	3.8	0.003	0.60	0.0	0.03	14.55	0.00	1.927	7.92	1.53	3.1	96.9	0.0	1.22	—	0.69	0.78	2.13	10049	608	9	0	29	0	4731	logfile
✘	7Q3L	13793	2024-11-20	2021-10-28	2.21	2.93	2.31	2.6	0.008	1.50	26.0	0.12	15.89	0.01	1.876	2.99	2.50	3.2	96.8	0.0	-1.25	0.81	0.86	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20470	2440	16	41	4	180	0	logfile
✘	7Q3H	13792	2024-11-20	2021-10-27	3.2	3.00	3.19	3.2	0.004	0.57	0.0	0.04	14.16	0.00	2.195	9.02	0.00	5.6	94.4	0.0	-0.67	0.74	0.84	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21620	2795	5	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 23 of 38
• next →