Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7VDD	31914	2024-11-16	2021-09-06	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11940	1044	10	0	0	0	3736	logfile
✘	7PM7	13523	2024-11-16	2021-09-02	3.5	3.92	3.46	3.4	0.004	0.85	1.0	0.05	15.67	0.01	1.732	5.26	0.09	0.2	99.8	0.0	-1.31	0.90	0.84	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10149	1260	7	0	5	0	0	logfile
✘	7PMD	13529	2024-11-16	2021-09-02	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.33	—	—	3.40	3.4	0.003	0.67	0.0	0.04	15.55	0.00	1.991	5.24	0.74	1.7	98.3	0.0	1.76	—	0.93	0.88	2.91	10189	1264	7	0	6	0	0	logfile
✘	7VC4	31888	2024-11-18	2021-09-01	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16311	1046	10	0	0	0	8079	logfile
✘	7RZW	24780	2024-11-17	2021-08-27	3.3	3.02	3.30	3.3	0.006	1.01	0.0	0.06	15.42	0.01	2.321	7.55	0.88	5.8	94.2	0.0	-2.54	0.75	0.75	1.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13616	1723	4	0	2	0	0	logfile
✘	7PKN	13473	2024-11-19	2021-08-25	3.2	3.78	—	3.4	0.002	0.55	0.0	0.04	12.63	0.00	2.106	6.10	0.00	2.6	97.4	0.0	2.14	0.77	0.75	1.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18616	2310	12	0	0	1	0	logfile
✘	7PiJ	13438	2024-11-15	2021-08-20	3.78	4.14	—	4.1	0.015	1.17	0.0	0.05	13.54	0.01	1.166	13.45	0.11	10.6	89.3	0.1	-3.26	0.50	0.53	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8194	1068	8	0	0	16	0	logfile
✘	7RWA	24712	2024-11-18	2021-08-19	4.7	5.66	4.89	4.6	0.003	0.89	0.0	0.05	5.84	0.00	1.914	2.65	0.00	5.8	93.7	0.5	-0.12	0.84	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16158	3244	10	0	0	0	0	logfile
✘	7PHP	13424	2024-11-15	2021-08-18	3.47	3.48	—	3.6	0.017	0.90	0.0	0.05	14.25	0.01	2.182	6.60	0.11	7.0	93.0	0.0	-1.50	0.72	0.83	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1134	8	0	0	21	0	logfile
✘	7RTF	24681	2024-11-17	2021-08-13	2.9	2.86	—	3.0	0.009	1.36	0.0	0.05	21.04	0.01	2.280	5.21	1.41	7.2	92.8	0.0	-0.52	0.67	0.80	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13460	1580	8	0	52	0	0	logfile
✘	7PEY	13361	2024-11-17	2021-08-11	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.09	—	—	—	3.8	0.006	0.67	0.0	0.04	29.52	0.00	2.283	16.64	0.00	3.1	96.9	0.0	1.58	—	0.89	0.85	—	13099	768	10	342	0	0	0	logfile
✘	7RSo	24676	2024-11-20	2021-08-11	4.1	4.34	4.12	4.3	0.023	1.85	0.0	0.16	14.25	0.01	2.407	0.84	0.15	1.4	98.6	0.0	0.79	0.75	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20568	2355	54	0	144	0	0	logfile
✘	7P8N	13254	2024-11-20	2021-07-23	2.8	2.25	2.70	2.4	0.003	0.51	0.0	0.04	14.49	0.00	1.936	4.40	0.00	3.8	96.1	0.1	0.45	0.68	0.80	3.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21429	2681	18	0	23	356	0	logfile
✘	7RHR	24467	2024-11-15	2021-07-18	3.0	3.18	—	3.1	0.006	0.84	0.0	0.05	11.89	0.01	2.131	9.63	0.00	5.1	94.8	0.1	-0.44	0.68	0.81	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7820	974	3	0	7	0	0	logfile
✘	7FD8	31536	2024-11-17	2021-07-16	3.8	3.98	3.73	3.6	0.008	1.40	2.0	0.11	13.89	0.00	2.025	5.06	0.61	8.6	91.3	0.1	-2.25	0.73	0.82	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12152	1528	4	0	6	0	0	logfile
✘	7RFi	24443	2024-11-19	2021-07-14	2.6	2.65	—	2.6	0.014	1.86	8.0	0.11	19.32	0.01	2.335	3.53	1.61	4.0	95.6	0.4	-1.71	0.67	0.87	5.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52194	3376	16	0	32	0	25698	logfile
✘	7RBU	24402	2024-11-14	2021-07-06	3.7	2.38	—	2.2	0.006	0.80	0.0	0.05	12.81	0.00	2.167	6.95	0.00	9.1	90.7	0.2	-2.50	0.74	0.77	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4107	510	6	0	7	0	0	logfile
✘	7F9W	31499	2024-11-14	2021-07-05	3.2	3.72	—	3.6	0.005	0.68	0.0	0.04	12.99	0.00	2.114	9.28	0.63	4.5	95.5	0.0	0.24	0.76	0.80	3.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4217	547	3	0	0	0	0	logfile
✘	7RB9	24400	2024-11-17	2021-07-05	3.76	4.01	3.83	3.9	0.003	0.57	0.0	0.04	14.69	0.00	2.228	9.31	0.00	3.2	96.8	0.0	0.60	0.59	0.85	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14193	1786	7	0	6	0	0	logfile
✘	7RAS	24385	2024-11-19	2021-07-02	3.64	4.18	—	4.1	0.010	1.33	0.0	0.05	11.93	0.01	2.283	4.29	1.11	6.3	93.2	0.5	-6.09	0.67	0.82	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20000	2440	8	0	8	0	0	logfile

• ← previous
• Page 24 of 38
• next →