Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7SMS	25207	2024-11-18	2021-10-26	3.18	3.33	—	3.3	0.006	0.78	0.0	0.05	17.59	0.00	2.187	5.21	0.00	2.8	97.2	0.0	1.21	0.78	0.85	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17051	2015	15	0	32	0	0	logfile
✘	7SGF	25109	2024-11-17	2021-10-05	4.41	4.60	4.16	4.4	0.022	2.04	0.0	0.15	17.98	0.01	2.354	1.42	0.00	1.9	98.1	0.0	-0.03	0.77	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12078	1641	42	0	87	0	0	logfile
✘	7SCJ	25036	2024-11-15	2021-09-28	3.4	2.31	2.97	2.0	0.004	0.60	0.0	0.05	14.79	0.01	2.200	9.22	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.25	0.75	0.72	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9336	1131	6	2	7	0	0	logfile
✘	7PRo	13609	2024-11-15	2021-09-22	3.0	3.28	3.20	3.2	0.012	1.09	0.0	0.06	13.80	0.01	2.192	7.00	0.00	4.8	95.2	0.0	-1.65	0.61	0.84	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9032	1160	2	0	0	0	0	logfile
✘	7S9V	24938	2024-11-17	2021-09-21	3.3	3.25	—	3.4	0.007	0.86	0.0	0.05	13.96	0.01	2.257	2.04	0.00	5.1	94.9	0.0	-1.75	0.83	0.82	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14286	1825	3	0	1	0	0	logfile
✘	7S8C	24893	2024-11-20	2021-09-17	2.85	2.35	—	2.5	0.010	1.19	0.0	0.06	14.48	0.01	2.221	6.51	0.75	3.0	97.0	0.0	-4.72	0.76	0.82	4.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20562	2448	8	0	34	0	0	logfile
✘	7PPo	13583	2024-11-16	2021-09-14	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10990	1383	5	0	2	0	0	logfile
✘	7VF5	31947	2024-11-17	2021-09-10	3.0	3.69	—	3.6	0.003	0.64	0.0	0.04	14.39	0.00	2.182	8.35	0.00	2.8	97.2	0.0	0.56	0.68	0.77	1.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12313	1556	3	0	0	0	0	logfile
✘	7S4V	24835	2024-11-17	2021-09-09	3.28	3.87	—	3.7	0.003	0.54	0.0	0.04	19.69	0.00	2.202	4.81	0.00	5.0	95.0	0.0	-1.46	0.80	0.80	2.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12215	1122	4	145	0	0	0	logfile
✘	7VDD	31914	2024-11-16	2021-09-06	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11940	1044	10	0	0	0	3736	logfile
✘	7PMD	13529	2024-11-16	2021-09-02	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.33	—	—	3.40	3.4	0.003	0.67	0.0	0.04	15.55	0.00	1.991	5.24	0.74	1.7	98.3	0.0	1.76	—	0.93	0.88	2.91	10189	1264	7	0	6	0	0	logfile
✘	7PM7	13523	2024-11-16	2021-09-02	3.5	3.92	3.46	3.4	0.004	0.85	1.0	0.05	15.67	0.01	1.732	5.26	0.09	0.2	99.8	0.0	-1.31	0.90	0.84	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10149	1260	7	0	5	0	0	logfile
✘	7VC4	31888	2024-11-18	2021-09-01	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16311	1046	10	0	0	0	8079	logfile
✘	7RZW	24780	2024-11-17	2021-08-27	3.3	3.02	3.30	3.3	0.006	1.01	0.0	0.06	15.42	0.01	2.321	7.55	0.88	5.8	94.2	0.0	-2.54	0.75	0.75	1.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13616	1723	4	0	2	0	0	logfile
✘	7PKN	13473	2024-11-19	2021-08-25	3.2	3.78	—	3.4	0.002	0.55	0.0	0.04	12.63	0.00	2.106	6.10	0.00	2.6	97.4	0.0	2.14	0.77	0.75	1.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18616	2310	12	0	0	1	0	logfile
✘	7PiJ	13438	2024-11-15	2021-08-20	3.78	4.14	—	4.1	0.015	1.17	0.0	0.05	13.54	0.01	1.166	13.45	0.11	10.6	89.3	0.1	-3.26	0.50	0.53	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8194	1068	8	0	0	16	0	logfile
✘	7RWA	24712	2024-11-18	2021-08-19	4.7	5.66	4.89	4.6	0.003	0.89	0.0	0.05	5.84	0.00	1.914	2.65	0.00	5.8	93.7	0.5	-0.12	0.84	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16158	3244	10	0	0	0	0	logfile
✘	7PHP	13424	2024-11-15	2021-08-18	3.47	3.48	—	3.6	0.017	0.90	0.0	0.05	14.25	0.01	2.182	6.60	0.11	7.0	93.0	0.0	-1.50	0.72	0.83	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1134	8	0	0	21	0	logfile
✘	7RTF	24681	2024-11-17	2021-08-13	2.9	2.86	—	3.0	0.009	1.36	0.0	0.05	21.04	0.01	2.280	5.21	1.41	7.2	92.8	0.0	-0.52	0.67	0.80	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13460	1580	8	0	52	0	0	logfile
✘	7PEY	13361	2024-11-17	2021-08-11	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.09	—	—	—	3.8	0.006	0.67	0.0	0.04	29.52	0.00	2.283	16.64	0.00	3.1	96.9	0.0	1.58	—	0.89	0.85	—	13099	768	10	342	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 24 of 38
• next →