Table showing results for December 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8FoB	29344	2023-12-12	2022-12-30	2.71	2.96	2.77	3.0	0.024	1.57	0.0	0.54	21.84	0.01	2.073	8.34	0.39	8.3	91.7	0.0	-5.44	0.60	0.72	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20390	2376	12	0	46	52	0	logfile
✘	8FoA	29343	2023-12-12	2022-12-30	2.66	2.96	2.81	2.9	0.023	1.52	0.0	0.53	22.53	0.01	2.298	7.30	0.42	5.2	94.7	0.0	-5.28	0.66	0.84	4.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21287	2448	8	0	53	0	0	logfile
✘	8FNK	29316	2023-12-15	2022-12-27	3.7	4.05	3.77	3.8	0.003	0.60	0.0	0.04	17.78	0.00	2.198	10.18	0.32	3.9	96.1	0.0	0.42	0.77	0.75	0.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30831	3656	11	94	0	0	0	logfile
✘	8FN2	29304	2023-12-15	2022-12-26	3.4	3.90	3.78	3.3	0.006	0.88	0.0	0.10	20.79	0.00	2.063	7.04	0.00	7.0	93.0	0.0	-1.00	0.79	0.79	1.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	89742	3633	36	2874	2	0	0	logfile
✘	8FLC	29274	2023-12-15	2022-12-21	2.76	2.78	2.87	2.9	0.007	0.76	0.0	0.03	21.63	0.03	1.975	2.57	0.00	1.5	98.5	0.0	0.65	0.82	0.82	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139595	7626	65	3648	95	0	0	logfile
✘	8C06	16355	2023-12-13	2022-12-16	2.7	2.32	2.57	2.7	0.003	0.76	0.0	0.05	13.59	0.01	2.333	2.28	0.00	5.5	94.5	0.0	-1.51	0.67	0.75	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25324	3298	8	0	6	0	0	logfile
✘	8HQC	34947	2023-12-08	2022-12-13	3.89	4.15	3.91	4.1	0.003	0.69	0.0	0.04	11.77	0.01	2.223	6.60	0.12	4.1	95.9	0.0	0.00	0.73	0.80	2.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8538	1186	6	0	0	0	0	logfile
✘	8HPT	34943	2023-12-08	2022-12-13	3.39	3.64	3.38	3.7	0.003	0.60	0.0	0.04	14.89	0.01	2.212	6.51	0.40	3.4	96.6	0.0	0.29	0.72	0.81	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7897	1094	6	0	1	0	0	logfile
✘	8FGX	29077	2023-12-09	2022-12-13	2.62	3.60	2.58	3.0	0.003	0.45	0.0	0.04	9.99	0.00	2.400	1.82	0.00	1.6	98.4	0.0	1.41	0.90	0.88	4.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9899	645	4	0	3	0	4873	logfile
✘	8HNB	34909	2023-12-07	2022-12-07	3.53	4.14	3.49	4.0	0.007	1.35	2.0	0.08	14.65	0.02	2.382	14.25	2.09	2.3	97.7	0.0	-0.66	0.58	0.74	1.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4083	562	3	0	3	0	0	logfile
✘	8FE1	29019	2023-12-10	2022-12-05	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15445	1772	10	0	48	0	0	logfile
✘	8BVH	16264	2023-12-17	2022-12-03	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38135	2256	23	41	8	0	18879	logfile
✘	8FCN	28987	2023-12-16	2022-12-01	2.95	3.93	4.11	3.5	0.010	0.82	0.0	0.06	12.73	0.00	2.403	0.65	0.11	1.2	98.7	0.1	0.17	0.76	0.64	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35034	4446	18	0	12	0	0	logfile
✘	8FCL	28982	2023-12-16	2022-12-01	3.51	3.89	3.72	3.9	0.011	0.87	0.0	0.06	12.28	0.00	2.300	0.67	0.10	1.8	98.2	0.0	0.35	0.67	0.63	1.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36904	4667	13	0	12	0	0	logfile
✘	8FCR	28991	2023-12-16	2022-12-01	4.12	4.48	4.26	4.3	0.011	0.85	0.0	0.06	12.23	0.00	2.340	1.40	0.00	1.7	98.2	0.1	0.38	0.70	0.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36931	4679	13	0	12	0	0	logfile
✘	8HL2	34867	2023-12-07	2022-11-28	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8HKU	34860	2023-12-07	2022-11-28	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8HL4	34869	2023-12-07	2022-11-28	4.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8HL3	34868	2023-12-07	2022-11-28	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8HKX	34862	2023-12-08	2022-11-28	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile

• ← previous
• Page 4 of 40
• next →