cryo-EM Re-Refine

Table showing results for March 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8APJ	15572	2024-03-16	2022-08-09	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126490	7873	60	0	36	0	62387	logfile
✘	8APH	15571	2024-03-16	2022-08-09	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126490	7873	60	0	36	0	62387	logfile
✘	8APE	15567	2024-03-16	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	60	0	36	0	62392	logfile
✘	8APD	15566	2024-03-16	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	60	0	36	0	62392	logfile
✘	8APF	15568	2024-03-16	2022-08-09	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126490	7873	60	0	36	0	62387	logfile
✘	8APG	15570	2024-03-16	2022-08-09	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126490	7873	61	0	36	0	62387	logfile
✘	8APA	15563	2024-03-16	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	60	0	36	0	62392	logfile
✘	8APB	15564	2024-03-16	2022-08-09	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	61	0	36	0	62392	logfile
✘	8AP7	15560	2024-03-17	2022-08-09	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71474	4076	58	0	44	24	33618	logfile
✘	8DZQ	27805	2024-03-11	2022-08-08	2.82	2.18	2.79	2.1	0.019	0.79	0.0	0.11	13.38	0.00	2.244	6.40	0.23	6.2	93.8	0.0	-0.46	0.74	0.71	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8342	1100	5	0	1	0	0	logfile
✘	8AN3	15531	2024-03-11	2022-08-04	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8AN2	15530	2024-03-11	2022-08-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7YPA	33997	2024-03-20	2022-08-03	3.05	3.16	3.05	3.1	0.003	0.59	0.0	0.04	15.66	0.01	2.191	3.02	0.08	3.1	96.9	0.0	-3.59	0.76	0.81	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26022	3129	10	86	3	0	0	logfile
✘	8DWU	27760	2024-03-18	2022-08-02	3.4	4.26	3.39	3.3	0.005	1.26	5.0	0.06	14.46	0.01	2.223	5.38	0.14	7.2	92.3	0.5	-1.91	0.71	0.59	1.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19690	2506	13	0	0	8	0	logfile
✘	8AM5	15522	2024-03-22	2022-08-02	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32746	3194	29	0	146	0	0	logfile
✘	8ALZ	15521	2024-03-17	2022-08-01	3.4	4.20	3.41	3.8	0.003	0.72	0.0	0.04	16.77	0.01	2.204	15.40	0.39	4.5	95.4	0.0	-0.91	0.90	0.78	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16409	2041	3	0	2	0	0	logfile
✘	7YNF	33960	2024-03-10	2022-07-30	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2988	378	9	0	8	0	0	logfile
✘	8DW3	27750	2024-03-14	2022-07-30	4.26	4.66	4.43	4.4	0.013	0.95	0.0	0.05	17.59	0.01	1.895	15.23	0.10	5.7	94.2	0.1	-0.89	0.75	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9351	1223	7	0	3	0	0	logfile
✘	7YMi	33929	2024-03-15	2022-07-28	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	68428	6610	60	0	394	0	0	logfile
✘	8AJL	15482	2024-03-26	2022-07-28	2.77	3.00	2.84	3.0	0.006	0.73	0.0	0.05	12.92	0.01	1.956	1.79	0.03	4.7	95.3	0.0	-0.64	0.47	0.65	4.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51875	3327	15	0	63	0	25130	logfile