Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8T1B	40958	2023-08-17	2023-06-02	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23180	2576	12	0	52	72	0	logfile
✘	8T1E	40961	2023-08-17	2023-06-02	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22115	2516	12	0	43	36	0	logfile
✘	8SL0	40570	2023-08-09	2023-04-20	3.3	4.17	3.09	3.8	0.003	0.62	0.0	0.05	16.00	0.00	2.201	7.96	0.00	8.4	91.2	0.4	-1.67	0.42	0.83	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1737	228	1	0	0	0	0	logfile
✘	8J4F	35975	2023-08-12	2023-04-19	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12419	1446	7	0	30	0	0	logfile
✘	8oR2	17115	2023-08-14	2023-04-12	3.2	2.36	3.12	3.0	0.007	0.76	13.0	0.06	14.65	0.00	1.805	7.23	1.24	3.3	96.7	0.0	1.99	0.72	0.66	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16558	2072	5	0	3	0	0	logfile
✘	8J18	35913	2023-08-10	2023-04-12	2.89	3.40	3.16	3.3	0.004	0.71	0.0	0.05	15.92	0.00	2.181	6.45	1.26	4.0	96.0	0.0	-0.18	0.56	0.78	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8860	1137	6	0	1	0	0	logfile
✘	8SA2	40262	2023-08-11	2023-03-31	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9268	0	4	420	2	0	0	logfile
✘	8SA4	40264	2023-08-09	2023-03-31	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5193	0	3	236	1	0	0	logfile
✘	8SA5	40265	2023-08-10	2023-03-31	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7649	0	4	345	2	0	0	logfile
✘	8SA3	40263	2023-08-11	2023-03-31	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9268	0	4	420	2	0	0	logfile
✘	8S90	40233	2023-08-14	2023-03-27	4.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15323	2096	9	0	1	0	0	logfile
✘	8S8Z	40232	2023-08-14	2023-03-27	3.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15707	2096	16	0	9	0	0	logfile
✘	8GMR	40231	2023-08-13	2023-03-27	3.76	4.01	3.82	4.0	0.006	1.18	0.0	0.04	16.94	0.01	1.574	20.59	0.00	12.6	87.0	0.5	-5.54	0.62	0.81	3.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12472	1712	16	0	8	0	0	logfile
✘	8iUM	35726	2023-08-11	2023-03-24	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9955	1270	6	0	1	0	0	logfile
✘	8oiP	16895	2023-08-18	2023-03-23	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72369	6162	47	1041	144	3	0	logfile
✘	8oiT	16899	2023-08-12	2023-03-23	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	113095	9412	79	1704	265	0	0	logfile
✘	8oiS	16898	2023-08-18	2023-03-23	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72671	6150	48	1034	173	3	0	logfile
✘	8Gi9	40063	2023-08-10	2023-03-13	2.84	3.09	2.82	3.1	0.009	1.11	0.0	0.10	15.66	0.00	1.878	8.12	0.00	4.6	95.4	0.0	1.20	0.57	0.79	4.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6852	720	3	0	39	45	0	logfile
✘	8GF5	29978	2023-08-15	2023-03-07	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19127	2515	9	0	3	0	0	logfile
✘	8GFA	29983	2023-08-24	2023-03-07	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36679	2124	12	0	46	105	17380	logfile

• Page 1 of 49
• next →