Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6SGA	10177	2023-05-14	2019-08-03	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137038	15423	77	463	790	0	0	logfile
✘	7DCo	30637	2023-05-10	2020-10-26	2.5	2.59	—	2.6	0.010	1.11	8.0	0.08	13.06	0.01	2.079	5.90	1.87	4.4	95.1	0.5	-3.91	0.53	0.65	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	129875	15294	91	556	24	1714	0	logfile
✘	5GL0	9520	2023-05-04	2016-07-07	4.2	4.40	—	4.2	0.018	1.72	17.0	0.10	11.34	0.01	1.957	21.25	0.51	6.5	90.6	2.9	-2.58	0.74	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111000	15068	12	0	4	0	0	logfile
✘	5GKZ	9519	2023-05-04	2016-07-07	4.0	4.10	—	4.0	0.019	1.71	36.0	0.11	11.29	0.01	1.755	15.04	0.51	6.5	91.2	2.3	-2.89	0.72	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111000	15068	12	0	4	0	0	logfile
✘	5GKY	9518	2023-05-04	2016-07-07	3.8	4.18	—	4.0	0.017	1.70	19.0	0.10	11.29	0.01	1.789	19.04	0.51	5.8	91.8	2.5	-2.71	0.73	0.79	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111036	15068	12	0	4	0	0	logfile
✘	6JiY	9837	2023-05-05	2019-02-24	3.9	4.05	—	3.9	0.008	1.06	1.0	0.05	15.49	0.01	2.203	7.76	0.47	12.2	87.5	0.2	-5.76	0.73	0.78	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115288	15056	20	0	32	0	0	logfile
✘	6Ji8	9833	2023-05-05	2019-02-20	3.6	3.80	—	3.7	0.010	1.26	8.0	0.06	11.98	0.01	2.196	8.60	1.03	10.5	89.0	0.5	-4.77	0.73	0.77	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115060	15024	16	0	4	0	0	logfile
✘	6Jii	9834	2023-05-05	2019-02-21	4.2	4.38	—	4.1	0.008	1.12	0.0	0.06	11.41	0.01	2.208	7.63	0.57	11.2	88.4	0.4	-4.07	0.78	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115028	15012	16	0	16	0	0	logfile
✘	6JiU	9836	2023-05-04	2019-02-23	4.2	4.52	—	4.2	0.006	1.01	9.0	0.05	15.68	0.01	2.218	10.69	0.51	10.3	89.5	0.2	-5.44	0.78	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	112212	14684	20	0	24	0	0	logfile
✘	6JRS	9880	2023-05-04	2019-04-05	3.7	3.86	—	3.7	0.010	1.08	0.0	0.06	16.39	0.01	2.225	8.77	0.90	12.4	87.2	0.3	-5.87	0.74	0.80	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	112168	14652	20	0	24	0	0	logfile
✘	7W5B	32321	2023-05-02	2021-11-29	4.3	4.80	—	4.3	0.012	1.56	60.0	0.10	14.18	0.01	1.346	16.34	2.51	5.8	93.5	0.7	-3.06	0.65	0.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	106538	14610	62	416	19	0	0	logfile
✘	6JV2	9889	2023-05-04	2019-04-15	4.4	5.59	—	4.4	0.011	1.30	1.0	0.06	16.74	0.01	2.116	19.38	1.92	13.3	86.5	0.3	-4.61	0.83	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111080	14564	16	0	24	0	0	logfile
✘	6JGZ	9824	2023-05-04	2019-02-16	4.6	4.96	—	4.6	0.007	1.13	0.0	0.06	11.54	0.01	2.171	11.98	0.73	11.3	88.3	0.4	-4.06	0.78	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109824	14368	12	0	4	0	0	logfile
✘	6JHN	9826	2023-05-04	2019-02-18	4.5	7.49	—	4.4	0.010	1.23	0.0	0.06	16.52	0.01	2.114	19.26	1.44	13.9	85.8	0.3	-4.27	0.85	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109488	14332	12	0	12	0	0	logfile
✘	6Ji0	9831	2023-05-04	2019-02-19	4.2	4.40	—	4.2	0.007	1.15	0.0	0.06	11.77	0.01	2.204	7.43	0.86	12.9	86.9	0.3	-4.44	0.73	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109772	14332	12	0	16	0	0	logfile
✘	6JRR	9879	2023-05-03	2019-04-05	3.9	4.09	—	3.9	0.010	1.14	4.0	0.06	15.90	0.01	1.827	8.44	0.80	10.2	89.5	0.2	-5.20	0.76	0.81	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109132	14268	12	0	16	0	0	logfile
✘	6JH6	9825	2023-05-03	2019-02-17	4.8	5.31	—	4.8	0.006	1.07	1.0	0.05	11.37	0.01	2.197	12.11	0.58	10.8	88.9	0.3	-4.03	0.79	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	108924	14244	12	0	8	0	0	logfile
✘	5XTH	6775	2023-05-05	2017-06-19	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115642	14193	113	0	63	0	0	logfile
✘	5XJC	6721	2023-05-06	2017-04-30	3.6	3.69	3.82	3.6	0.013	1.58	25.0	0.10	16.70	0.01	1.113	24.22	8.13	4.9	93.3	1.8	-1.84	0.46	0.53	1.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	116421	14184	59	405	24	0	0	logfile
✘	6iCZ	9645	2023-05-16	2018-09-07	3.0	3.12	—	3.1	0.015	1.44	14.0	0.10	13.30	0.01	1.549	8.29	1.39	5.8	93.4	0.8	-2.81	0.53	0.64	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	97900	14175	58	418	19	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 55
• next →