Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7S8B	24892	2023-05-09	2021-09-17	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21124	2448	8	0	46	0	0	logfile
✘	7UT9	26763	2023-05-08	2022-04-26	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20243	2538	18	0	13	60	0	logfile
✘	7FiD	31589	2023-05-15	2021-07-31	2.44	3.37	—	3.1	0.010	1.10	0.0	0.06	11.25	0.01	2.165	3.92	0.36	5.7	94.1	0.2	-3.56	0.79	0.79	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36992	4674	13	0	28	0	0	logfile
✘	8EAJ	27978	2023-05-12	2022-08-29	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28500	3534	18	11	16	15	0	logfile
✘	7UNL	26626	2023-05-05	2022-04-11	2.45	3.35	2.50	3.1	0.003	0.56	0.0	0.04	14.66	0.00	2.143	2.41	1.94	1.1	98.9	0.0	2.30	0.72	0.83	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11724	734	6	0	8	120	5900	logfile
✘	7S4L	24830	2023-05-16	2021-09-09	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21153	2556	21	0	36	3	0	logfile
✘	8EAH	27976	2023-05-12	2022-08-29	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28500	3534	18	11	16	15	0	logfile
✘	7T4M	25680	2023-05-16	2021-12-10	2.48	2.77	2.55	2.7	0.001	0.38	0.0	0.04	9.69	0.00	2.253	4.85	0.97	1.6	98.4	0.0	1.34	0.72	0.86	4.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39054	4854	12	0	0	0	0	logfile
✘	8DPN	27639	2023-05-07	2022-07-15	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16067	1998	12	0	8	40	0	logfile
✘	7X28	32961	2023-05-15	2022-02-25	2.49	2.72	—	1.8	0.013	1.52	5.0	0.11	13.24	0.00	1.606	7.72	7.98	2.7	97.0	0.2	2.21	0.57	0.40	0.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31583	4119	7	0	0	0	0	logfile
✘	8EiR	28162	2023-05-03	2022-09-15	2.49	3.15	2.50	3.0	0.005	0.81	0.0	0.05	16.40	0.01	1.960	4.05	2.61	2.2	97.4	0.3	-1.27	0.86	0.84	4.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4870	632	4	0	0	0	0	logfile
✘	7SCB	25032	2023-05-15	2021-09-27	2.5	3.49	2.56	3.0	0.007	1.51	3.0	0.08	17.27	0.02	2.465	3.44	2.69	3.6	96.2	0.2	-4.74	0.88	0.84	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37229	4743	54	0	25	0	0	logfile
✘	6YAC	10746	2023-05-15	2020-03-12	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38469	3332	45	0	243	56	0	logfile
✘	7DCo	30637	2023-05-10	2020-10-26	2.5	2.59	—	2.6	0.010	1.11	8.0	0.08	13.06	0.01	2.079	5.90	1.87	4.4	95.1	0.5	-3.91	0.53	0.65	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	129875	15294	91	556	24	1714	0	logfile
✘	7JMC	22391	2023-05-17	2020-07-31	2.5	2.76	2.68	2.7	0.010	1.29	0.0	0.06	13.90	0.01	2.249	2.77	0.57	1.6	98.4	0.0	3.40	0.62	0.82	4.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39828	2304	36	0	144	168	18576	logfile
✘	7VD5	31905	2023-05-17	2021-09-06	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	100884	9450	143	0	670	52	0	logfile
✘	7NKZ	12451	2023-05-03	2021-02-19	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6424	792	4	0	5	42	0	logfile
✘	6X1A	21994	2023-05-05	2020-05-18	2.5	1.99	2.50	2.6	0.006	0.93	0.0	0.07	15.41	0.00	2.140	14.37	3.79	3.9	96.1	0.0	-3.15	0.51	0.71	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10140	1262	5	0	1	23	0	logfile
✘	7NVL	12605	2023-05-07	2021-03-15	2.5	2.63	2.55	2.6	0.005	0.78	0.0	0.05	16.49	0.00	1.915	8.72	1.56	3.2	96.7	0.0	-2.02	0.60	0.73	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66477	8626	50	0	48	27	0	logfile
✘	7VCF	31890	2023-05-16	2021-09-02	2.5	2.41	2.38	2.3	0.007	1.08	2.0	0.13	14.50	0.01	2.057	3.71	0.19	5.5	94.3	0.2	-1.21	0.79	0.81	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39626	4841	20	0	7	2	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 55
• next →