cryo-EM Re-Refine

Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6XZP	10664	2023-04-23	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6TF9	10491	2023-04-23	2019-11-13	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6ZJi	11234	2023-04-21	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZD	10659	2023-04-22	2020-02-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7SPB	24769	2023-04-21	2021-11-02	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7SPC	24770	2023-04-29	2021-11-02	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7Z37	14472	2023-04-23	2022-03-01	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7SPi	24771	2023-04-21	2021-11-02	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6YLF	10837	2023-04-24	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZR	10666	2023-04-23	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZG	10662	2023-04-23	2020-02-04	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7ToP	26034	2023-04-25	2022-01-24	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7Too	26033	2023-04-25	2022-01-24	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✔	7P5Z	13211	2023-04-28	2021-07-15	3.3	3.83	3.32	3.6	0.003	0.58	0.0	0.04	15.43	0.00	1.475	7.69	0.03	3.7	96.2	0.1	0.31	0.64	0.78	2.13	3.6	0.003	0.58	0.0	0.04	16.71	0.00	1.778	8.80	0.21	4.3	95.7	0.1	0.37	1.22	0.65	0.80	2.02	134187	8215	29	106	31	0	66786	logfile
✔	7NPU	12521	2023-04-26	2021-02-28	4.48	4.74	4.43	3.8	0.008	1.19	0.0	0.06	11.87	0.01	2.086	1.37	0.37	1.8	98.1	0.1	-0.61	0.66	0.68	—	3.8	0.003	0.60	0.0	0.04	12.55	0.00	1.902	8.02	0.00	2.8	97.2	0.0	1.44	3.28	0.69	0.76	—	126727	8230	24	0	0	0	64397	logfile
✔	7B0N	11969	2023-04-27	2020-11-20	3.7	3.22	3.70	3.2	0.018	1.20	0.0	0.45	14.97	0.01	0.019	3.79	0.07	5.5	94.4	0.1	-2.92	0.59	0.74	2.70	3.2	0.005	0.86	0.0	0.13	16.23	0.00	1.907	9.08	0.17	5.4	94.6	0.0	-0.26	2.50	0.60	0.75	2.36	129439	8092	62	0	38	0	64087	logfile
✔	7U05	26254	2023-04-27	2022-02-17	3.7	3.56	—	3.5	0.004	0.81	0.0	0.05	14.14	0.01	2.019	4.02	0.07	9.7	90.2	0.1	-1.55	0.51	0.72	2.03	3.5	0.004	0.62	0.0	0.04	16.50	0.00	1.833	12.03	0.77	10.6	89.3	0.1	-1.25	0.57	0.53	0.74	2.00	127996	7632	32	0	722	0	62402	logfile
✘	8APD	15566	2023-04-27	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	60	0	36	0	62392	logfile
✘	8APA	15563	2023-04-27	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	60	0	36	0	62392	logfile
✘	8APC	15565	2023-04-27	2022-08-09	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	59	0	36	0	62392	logfile