cryo-EM Re-Refine

Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# H	Logfile
✘	6DQS	7983	2023-08-23	2018-06-11	4.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139314	8750	8	0	8	69639	logfile
✘	6DRA	7991	2023-08-22	2018-06-11	3.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139084	8764	8	0	12	69544	logfile
✘	6DR2	7988	2023-08-22	2018-06-11	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139084	8764	8	0	12	69544	logfile
✘	6DQN	7981	2023-08-22	2018-06-11	3.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	138876	8744	8	0	8	69396	logfile
✘	6DRC	7994	2023-08-22	2018-06-11	3.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	138860	8744	8	0	16	69384	logfile
✘	6DQJ	7978	2023-08-22	2018-06-11	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	138477	8724	8	0	4	69265	logfile
✔	7P5Z	13211	2023-08-19	2021-07-15	3.3	3.83	3.32	3.6	0.003	0.58	0.0	0.04	15.43	0.00	1.475	7.69	0.03	3.7	96.2	0.1	0.31	0.64	0.78	2.13	3.6	0.003	0.58	0.0	0.04	16.71	0.00	1.778	8.80	0.21	4.3	95.7	0.1	0.37	1.22	0.65	0.80	2.02	134187	8215	29	106	31	66786	logfile
✔	7NPU	12521	2023-08-17	2021-02-28	4.48	4.74	4.43	3.8	0.008	1.19	0.0	0.06	11.87	0.01	2.086	1.37	0.37	1.8	98.1	0.1	-0.61	0.66	0.68	—	3.8	0.003	0.60	0.0	0.04	12.55	0.00	1.902	8.02	0.00	2.8	97.2	0.0	1.44	3.28	0.69	0.76	—	126727	8230	24	0	0	64397	logfile
✔	7B0N	11969	2023-08-18	2020-11-20	3.7	3.22	3.70	3.2	0.018	1.20	0.0	0.45	14.97	0.01	0.019	3.79	0.07	5.5	94.4	0.1	-2.92	0.59	0.74	2.70	3.2	0.005	0.86	0.0	0.13	16.23	0.00	1.907	9.08	0.17	5.4	94.6	0.0	-0.26	2.50	0.60	0.75	2.36	129439	8092	62	0	38	64087	logfile
✔	7U05	26254	2023-08-18	2022-02-17	3.7	3.56	—	3.5	0.004	0.81	0.0	0.05	14.14	0.01	2.019	4.02	0.07	9.7	90.2	0.1	-1.55	0.51	0.72	2.03	3.5	0.004	0.62	0.0	0.04	16.50	0.00	1.833	12.03	0.77	10.6	89.3	0.1	-1.25	0.57	0.53	0.74	2.00	127996	7632	32	0	722	62402	logfile
✘	8APE	15567	2023-08-18	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	60	0	36	62392	logfile
✘	8APC	15565	2023-08-18	2022-08-09	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	59	0	36	62392	logfile
✘	8APB	15564	2023-08-18	2022-08-09	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	61	0	36	62392	logfile
✘	8APA	15563	2023-08-18	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	60	0	36	62392	logfile
✘	8APD	15566	2023-08-18	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	60	0	36	62392	logfile
✘	8APK	15573	2023-08-18	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126493	7873	61	0	36	62392	logfile
✘	8APF	15568	2023-08-18	2022-08-09	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126490	7873	60	0	36	62387	logfile
✘	8APH	15571	2023-08-18	2022-08-09	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126490	7873	60	0	36	62387	logfile
✘	8APJ	15572	2023-08-18	2022-08-09	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126490	7873	60	0	36	62387	logfile
✘	8APG	15570	2023-08-18	2022-08-09	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126490	7873	61	0	36	62387	logfile