Table showing results for July 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6XZR	10666	2022-07-04	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7JRP	22448	2022-07-07	2020-08-12	3.8	3.87	—	3.9	0.008	0.87	0.0	0.05	15.33	0.01	1.282	11.98	0.11	7.4	92.5	0.1	0.07	0.61	0.85	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45166	5472	46	0	57	0	0	logfile
✘	6ZKN	11255	2022-07-04	2020-06-30	2.9	2.40	—	2.6	0.008	1.03	0.0	1.04	11.34	0.01	1.223	5.19	0.10	3.5	96.5	0.0	-2.74	0.65	0.82	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65955	8002	67	0	41	0	0	logfile
✘	7CKR	30391	2022-07-03	2020-07-18	3.0	3.32	—	3.4	0.009	1.22	9.0	0.09	17.22	0.01	1.896	18.22	11.04	8.0	91.9	0.2	-2.89	0.45	0.60	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4094	597	3	0	1	0	0	logfile
✘	7CUM	30472	2022-07-05	2020-08-23	3.52	3.83	—	3.8	0.007	1.14	3.0	0.08	14.62	0.01	1.183	10.92	0.34	7.1	92.9	0.0	-4.26	0.69	0.76	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22214	1358	4	0	19	0	10852	logfile
✘	7D99	30617	2022-07-04	2020-10-12	2.9	3.02	—	3.1	0.009	1.09	0.0	0.06	9.63	0.01	2.187	2.92	0.41	4.7	95.1	0.1	-5.36	0.71	0.85	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13800	1782	8	0	14	0	0	logfile
✘	6ZKP	11257	2022-07-04	2020-06-30	3.2	3.28	—	3.2	0.010	1.04	0.0	1.02	11.80	0.01	1.220	4.75	0.13	3.8	96.2	0.0	-3.03	0.69	0.88	4.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67353	8157	70	0	44	0	0	logfile
✘	7K65	22689	2022-07-03	2020-09-18	3.4	3.95	3.54	3.9	0.003	0.61	0.0	0.04	13.43	0.00	1.391	8.37	0.00	2.9	97.1	0.0	-1.91	0.54	0.76	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8796	1120	4	0	11	0	0	logfile
✘	6ZKQ	11258	2022-07-04	2020-06-30	3.3	3.43	—	3.4	0.009	1.03	0.0	1.03	11.52	0.01	1.226	4.61	0.06	4.3	95.7	0.0	-3.17	0.67	0.87	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67353	8157	71	0	44	0	0	logfile
✘	6XZD	10659	2022-07-03	2020-02-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7CKY	30394	2022-07-04	2020-07-20	3.2	3.28	—	3.3	0.003	0.48	0.0	0.04	14.59	0.00	2.154	17.54	1.51	4.3	95.7	0.0	-2.84	0.46	0.50	0.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8128	1038	5	0	2	0	0	logfile
✘	6ZXA	11516	2022-07-03	2020-07-29	2.38	2.34	—	2.3	0.008	1.28	0.0	0.07	15.94	0.01	1.217	10.87	5.21	12.8	87.2	0.0	-1.00	0.75	0.90	5.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8442	791	28	0	35	0	0	logfile
✘	6XZG	10662	2022-07-04	2020-02-04	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XoX	22283	2022-07-03	2020-07-07	3.1	3.29	—	3.2	0.011	1.07	0.0	0.06	11.38	0.01	1.213	6.53	0.99	4.9	95.1	0.0	-3.29	0.69	0.82	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10629	1358	6	0	1	0	0	logfile
✘	6ZKV	11263	2022-07-04	2020-06-30	2.9	2.66	—	2.9	0.007	0.97	0.0	1.04	11.18	0.01	1.226	5.11	0.06	3.6	96.4	0.0	-2.96	0.59	0.80	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65224	7932	66	0	36	0	0	logfile
✘	7A4M	11638	2022-07-10	2020-08-20	1.22	1.13	1.28	1.2	0.010	1.38	0.0	0.09	13.82	0.01	0.001	3.09	1.18	1.8	98.2	0.0	2.86	0.40	0.57	8.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	76248	4128	24	0	48	2640	36216	logfile
✘	6TU7	10590	2022-07-05	2020-01-03	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6TRA	10557	2022-07-05	2019-12-18	2.85	3.02	—	3.0	0.006	0.96	0.0	0.04	18.82	0.02	1.225	8.56	0.05	4.7	95.3	0.0	-3.41	0.73	0.83	4.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25197	2283	33	0	134	217	0	logfile
✘	7LUM	23522	2022-07-03	2021-02-22	4.5	4.68	—	4.6	0.007	0.85	0.0	0.05	14.02	0.00	1.970	26.31	0.00	7.5	92.3	0.2	-0.70	0.79	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63978	8374	16	0	0	0	0	logfile
✘	7B5L	12037	2022-07-05	2020-12-04	3.8	4.15	—	3.7	0.006	0.77	1.0	0.05	14.53	0.00	1.219	15.78	0.04	9.7	90.3	0.0	-1.65	0.88	0.82	1.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21529	2654	15	0	10	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 392
• next →