Table showing results for November 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7XL4	33272	2023-11-18	2022-04-21	3.86	3.92	—	3.8	0.001	0.36	0.0	0.04	9.42	0.00	2.274	4.13	0.00	1.4	98.6	0.0	-4.82	0.78	0.75	1.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24560	3479	8	0	3	0	0	logfile
✘	7AP9	11851	2023-11-20	2020-10-16	3.01	3.70	—	3.2	0.008	0.68	0.0	0.05	12.00	0.00	2.023	4.33	2.91	6.9	93.1	0.0	-0.45	0.90	0.88	3.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30881	3782	14	11	5	0	0	logfile
✘	6Z16	11027	2023-11-20	2020-05-12	2.98	2.98	—	3.1	0.008	1.13	0.0	0.06	12.51	0.01	2.238	3.49	0.10	4.5	95.5	0.0	-2.64	0.73	0.83	3.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30250	3744	24	0	30	0	0	logfile
✘	6LBH	0869	2023-11-14	2019-11-14	3.7	3.79	—	3.8	0.006	0.82	0.0	0.05	13.62	0.00	2.079	18.56	0.20	7.7	92.2	0.2	-2.87	0.75	0.83	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9219	1236	6	0	0	0	0	logfile
✘	6N2Y	9333	2023-11-21	2018-11-14	3.0	3.23	2.99	3.2	0.009	1.19	14.0	0.07	10.48	0.01	0.765	8.98	0.40	3.4	96.5	0.1	-2.50	0.62	0.74	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35043	4696	27	0	26	0	0	logfile
✘	5GW5	9541	2023-11-15	2016-09-08	4.6	4.75	—	4.7	0.002	0.58	0.0	0.04	7.37	0.00	2.136	6.87	0.01	4.5	95.4	0.1	-3.73	0.74	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64544	8446	16	0	0	0	0	logfile
✘	6QEM	4538	2023-11-15	2019-01-08	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65750	4104	24	26	16	0	32652	logfile
✘	6HZ7	0313	2023-11-16	2018-10-22	4.3	4.43	4.32	4.3	0.008	0.97	0.0	0.05	14.60	0.01	1.959	2.86	0.59	2.9	97.1	0.0	-0.47	0.81	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67582	4120	26	6	12	0	33368	logfile
✘	6ZY9	11555	2023-11-16	2020-07-30	3.3	3.42	—	3.5	0.004	0.81	0.0	0.05	12.81	0.01	2.174	2.45	0.25	4.7	95.3	0.0	-5.76	0.62	0.71	1.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14973	1985	14	0	4	0	0	logfile
✘	7XL3	33271	2023-11-19	2022-04-21	3.13	3.20	—	3.2	0.002	0.39	0.0	0.04	12.03	0.00	2.263	4.77	1.08	2.9	97.1	0.0	-4.73	0.73	0.79	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25700	3480	8	0	3	0	0	logfile
✘	7VPD	32063	2023-11-20	2021-10-15	3.77	4.04	3.88	3.9	0.005	0.79	0.0	0.05	20.10	0.01	1.979	6.99	0.44	3.6	96.4	0.0	-0.05	0.82	0.73	1.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30924	3531	14	168	9	0	0	logfile
✘	5NiK	3652	2023-11-21	2017-03-24	3.3	3.47	—	3.4	0.010	1.29	0.0	0.04	10.30	0.01	0.941	22.00	0.24	6.4	91.6	1.9	-1.88	0.64	0.59	1.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35215	4582	11	0	0	0	0	logfile
✘	7MGZ	23831	2023-11-21	2021-04-14	2.8	2.90	—	2.9	0.014	2.03	8.0	0.11	15.21	0.02	1.574	3.95	1.66	3.4	96.5	0.2	-1.41	0.59	0.76	4.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34852	2172	8	0	16	0	17316	logfile
✘	6oMB	20124	2023-11-18	2019-04-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21815	2775	11	0	48	0	0	logfile
✘	7DK4	30702	2023-11-21	2020-11-23	3.8	3.20	—	3.4	0.003	0.55	0.0	0.04	7.92	0.00	2.106	1.33	0.15	2.8	97.2	0.0	-3.26	0.58	0.47	1.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34707	4470	9	0	0	0	0	logfile
✘	7MiV	23866	2023-11-21	2021-04-17	2.8	2.89	—	2.9	0.014	2.06	4.0	0.13	14.68	0.01	1.947	1.95	1.69	3.5	96.3	0.2	-1.26	0.55	0.75	4.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34820	2172	8	0	12	0	17412	logfile
✘	6N2Z	9334	2023-11-21	2018-11-14	3.0	3.31	3.03	3.3	0.008	1.08	0.0	0.06	10.44	0.01	0.890	9.58	0.51	3.7	96.3	0.1	-2.41	0.64	0.76	3.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35051	4692	27	0	26	0	0	logfile
✘	7D44	30569	2023-11-19	2020-09-22	4.0	4.14	—	4.0	0.006	0.86	0.0	0.05	14.78	0.00	2.049	20.50	0.28	16.3	83.6	0.1	-5.25	0.80	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28391	3825	12	0	0	0	0	logfile
✘	6K0A	30036	2023-11-18	2019-05-05	4.6	4.81	—	4.5	0.003	0.70	0.0	0.04	15.45	0.01	2.316	2.94	0.83	5.3	94.7	0.0	-4.65	0.80	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22276	1364	14	516	2	0	0	logfile
✘	6C26	7336	2023-11-17	2018-01-06	3.5	3.64	—	3.6	0.011	1.41	0.0	0.07	15.78	0.01	1.833	6.82	2.07	9.8	90.2	0.0	-4.59	0.67	0.80	3.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17188	2077	16	0	19	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 528
• next →