Table showing results for November 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✔	7PAG	13269	2022-11-29	2021-07-29	4.0	4.22	—	4.1	0.004	0.74	0.0	0.05	13.83	0.01	2.177	12.91	0.00	6.3	93.7	0.0	-1.70	0.30	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4040	509	1	0	4	0	0	logfile
✘	7RBU	24402	2022-11-29	2021-07-06	3.7	2.38	—	2.2	0.005	0.78	0.0	0.05	12.41	0.00	2.167	6.95	0.00	9.1	90.7	0.2	-2.50	0.74	0.77	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4107	510	6	0	7	0	0	logfile
✔	7QKM	14047	2022-11-29	2021-12-17	2.66	2.80	2.61	2.7	0.010	1.89	1.0	0.11	12.52	0.01	2.548	0.00	0.00	7.2	92.8	0.0	-1.95	0.42	0.86	6.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5070	330	6	0	0	0	2634	logfile
✔	7ENG	31210	2022-11-29	2021-04-16	3.59	3.86	—	3.8	0.006	0.82	0.0	0.05	14.98	0.00	2.204	14.32	0.36	7.4	92.6	0.0	-2.69	0.56	0.79	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4954	640	4	0	2	0	0	logfile
✔	8A8M	15233	2022-11-29	2022-06-23	4.0	5.84	4.31	4.3	0.004	0.89	0.0	0.05	17.75	0.00	2.218	29.38	1.56	8.5	91.4	0.2	-2.63	0.78	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5244	647	4	0	6	0	0	logfile
✘	7WoN	32652	2022-11-29	2022-01-22	3.9	4.07	—	4.0	0.006	0.97	0.0	0.06	15.10	0.01	2.035	5.41	0.28	9.8	90.2	0.0	-4.42	0.67	0.83	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3318	425	4	0	2	0	0	logfile
✘	7QKU	14053	2022-11-29	2021-12-19	2.57	2.42	2.48	2.7	0.011	1.83	5.0	0.10	11.69	0.01	2.516	0.85	0.00	5.2	94.8	0.0	-1.72	0.47	0.88	5.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3456	453	6	0	0	0	0	logfile
✔	7AR8	11876	2022-11-29	2020-10-23	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61461	7676	64	0	55	0	0	logfile
✘	8CTK	26993	2022-11-29	2022-05-15	3.52	3.87	3.55	3.9	0.003	0.69	0.0	0.05	14.37	0.00	2.347	4.53	0.00	3.8	96.2	0.0	-1.07	0.54	0.70	0.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3042	376	2	0	0	0	0	logfile
✔	8CSY	26975	2022-11-29	2022-05-13	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4638	584	4	0	0	19	0	logfile
✔	7QBC	13886	2022-11-29	2021-11-18	3.53	3.78	3.55	3.8	0.008	0.96	0.0	0.05	14.25	0.01	2.055	3.75	0.43	4.9	95.1	0.0	-2.40	0.56	0.74	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5054	622	6	0	16	0	0	logfile
✔	7QBi	13887	2022-11-29	2021-11-19	3.46	3.72	3.49	3.7	0.008	1.05	0.0	0.05	14.63	0.01	2.231	3.40	0.00	2.8	97.2	0.0	-1.45	0.59	0.76	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4996	622	8	0	16	0	0	logfile
✔	7QB9	13882	2022-11-29	2021-11-18	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5419	598	4	0	26	0	0	logfile
✔	7XU2	33456	2022-11-29	2022-05-18	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53175	3321	18	0	66	0	26205	logfile
✘	7TLY	25990	2022-11-29	2022-01-19	3.0	3.01	2.93	3.0	0.010	1.30	2.0	0.08	9.90	0.00	2.556	1.69	0.00	2.5	97.5	0.0	0.36	0.64	0.76	4.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3105	408	4	0	4	0	0	logfile
✘	7ZR8	14886	2022-11-29	2022-05-03	3.7	3.81	3.43	3.8	0.003	0.46	0.0	0.04	8.45	0.00	2.181	7.02	0.74	3.9	96.1	0.0	-0.94	0.72	0.82	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3693	471	4	0	1	0	0	logfile
✔	7XU0	33454	2022-11-29	2022-05-18	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53028	3300	20	0	72	0	26135	logfile
✔	7SLP	25197	2022-11-29	2021-10-24	4.1	4.19	—	4.2	0.008	1.22	1.0	0.07	17.08	0.01	2.221	7.19	1.77	4.2	95.3	0.5	-3.76	0.62	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5176	561	4	37	0	0	0	logfile
✔	6K32	9907	2022-11-29	2019-05-16	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61364	7723	10	8	6	0	0	logfile
✘	6oSM	20186	2022-11-29	2019-05-01	3.4	3.31	—	3.4	0.012	1.45	0.0	0.09	14.06	0.00	2.183	28.91	14.88	34.5	65.5	0.0	-5.34	0.46	0.74	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4100	600	10	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 23
• next →