Table showing results for September 2021

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6oPC	20149	2021-09-05	2019-04-24	3.7	4.08	—	3.7	0.010	1.05	4.0	0.06	14.10	0.02	1.515	5.04	0.09	8.2	91.1	0.7	-4.20	0.79	0.71	1.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30015	4455	13	0	48	0	0	logfile
✘	6DRA	7991	2021-09-06	2018-06-11	3.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139084	8764	8	0	12	0	69544	logfile
✘	6BX0	7301	2021-09-25	2017-12-15	3.79	4.07	—	4.0	0.010	1.28	180.0	0.08	11.39	0.01	1.342	41.95	2.59	4.5	95.3	0.2	-3.37	0.53	0.67	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	259560	32100	60	0	0	0	0	logfile
✘	6D6V	7821	2021-09-03	2018-04-22	4.8	5.14	—	4.6	0.013	1.70	1.0	0.08	19.43	0.01	1.189	25.42	0.97	15.8	83.5	0.7	-4.28	0.84	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17317	1535	9	178	158	0	0	logfile
✘	5ooD	3837	2021-09-03	2017-08-07	3.7	3.73	3.79	3.7	0.016	1.63	0.0	0.07	12.61	0.02	1.149	7.23	0.00	5.5	92.0	2.5	-1.71	0.63	0.81	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14910	1855	10	0	20	0	0	logfile
✘	5LMo	4074	2021-09-02	2016-08-01	4.3	4.71	4.30	4.3	0.009	1.47	50.0	0.12	20.86	0.01	0.865	18.37	20.40	10.6	85.8	3.6	-2.76	0.80	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54110	2622	29	1533	110	0	0	logfile
✘	6U59	20642	2021-09-04	2019-08-27	3.86	4.44	3.91	4.3	0.019	1.77	0.0	0.10	10.57	0.01	2.234	2.67	0.72	2.5	97.3	0.1	0.59	0.79	0.80	2.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20439	2412	18	0	117	0	0	logfile
✘	6DRC	7994	2021-09-06	2018-06-11	3.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	138860	8744	8	0	16	0	69384	logfile
✘	6oLM	20117	2021-09-04	2019-04-16	4.4	5.29	—	4.3	0.012	1.28	0.0	0.06	6.94	0.01	2.397	0.92	0.00	2.0	98.0	0.0	-0.33	0.89	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10602	2112	12	0	6	0	0	logfile
✘	6E7C	8998	2021-09-02	2018-07-25	3.65	3.83	3.42	3.8	0.008	0.86	0.0	0.04	12.40	0.00	1.901	7.73	0.00	6.8	93.2	0.0	-4.32	0.50	0.75	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6780	854	4	0	4	0	0	logfile
✘	6Z3R	11063	2021-09-05	2020-05-21	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35481	2509	6	0	131	0	16494	logfile
✘	4CE4	2490	2021-09-03	2013-11-08	4.9	5.03	—	5.0	0.004	0.79	0.0	0.04	14.48	0.00	1.398	13.79	2.64	5.3	94.5	0.2	-2.30	0.47	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65473	3572	40	1437	984	0	0	logfile
✔	3J0G	5275	2021-09-02	2011-07-21	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	108000	14160	240	0	0	0	0	logfile
✘	6GXM	0080	2021-09-11	2018-06-27	3.8	4.73	—	4.3	0.004	0.81	0.0	0.04	13.85	0.01	1.229	6.05	0.20	8.4	91.2	0.4	-4.08	0.85	0.83	0.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	151394	6643	59	4639	1	0	0	logfile
✘	6iH9	9671	2021-09-22	2018-09-29	2.8	2.91	—	3.5	0.008	0.94	0.0	0.05	10.02	0.01	1.244	43.37	0.65	4.2	95.6	0.2	-2.32	0.34	0.23	0.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	248580	31020	60	0	0	0	0	logfile
✔	3J4P	5681	2021-09-24	2013-09-10	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	254580	31020	60	0	180	60	0	logfile
✘	4V8Y	2421	2021-09-13	2013-07-20	4.3	4.35	—	4.3	0.026	1.73	246.0	0.10	19.96	0.02	0.030	35.19	23.07	10.6	82.9	6.5	-4.49	0.62	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	221288	12072	110	5354	711	0	7033	logfile
✘	6DQN	7981	2021-09-06	2018-06-11	3.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	138876	8744	8	0	8	0	69396	logfile
✘	5A7U	3079	2021-09-02	2015-07-10	4.8	3.82	—	4.6	0.020	3.41	3.0	0.25	21.78	0.08	2.651	28.57	25.00	24.0	72.0	4.0	-6.05	-0.01	0.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	455	27	1	0	1	0	231	logfile
✘	6UiW	20789	2021-09-04	2019-10-01	2.7	3.36	—	3.1	0.010	0.99	0.0	0.05	14.23	0.01	1.838	6.39	1.10	3.1	96.9	0.0	-3.44	0.71	0.81	4.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23617	3234	22	0	11	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 279
• next →