Table showing results for May 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	3JCN	3285	2022-05-20	2016-01-04	4.6	4.58	—	4.4	0.007	1.08	9.0	0.10	12.71	0.01	1.344	3.08	0.18	6.9	91.6	1.5	-3.44	0.75	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	147292	6123	57	4638	1	0	0	logfile
✘	6CP7	7549	2022-05-13	2018-03-13	4.1	4.11	—	4.1	0.008	1.42	0.0	0.07	13.16	0.01	1.577	14.57	3.98	6.6	92.9	0.5	-4.99	0.50	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9164	1234	16	0	0	0	0	logfile
✘	5A7U	3079	2022-05-12	2015-07-10	4.8	3.82	—	4.6	0.020	3.41	3.0	0.25	21.78	0.08	2.651	30.77	25.00	24.0	72.0	4.0	-6.05	-0.01	0.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	455	27	1	0	1	0	231	logfile
✘	6U9W	20703	2022-05-15	2019-09-09	3.3	3.46	—	3.5	0.011	1.00	0.0	0.08	15.04	0.00	1.975	2.65	0.70	3.7	96.3	0.0	-2.76	0.70	0.81	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26919	1686	6	3	42	0	12885	logfile
✘	6UiW	20789	2022-05-15	2019-10-01	2.7	3.37	—	3.1	0.010	0.99	0.0	0.05	14.23	0.01	1.838	6.63	1.10	3.1	96.9	0.0	-3.44	0.71	0.81	4.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23617	3234	22	0	11	0	0	logfile
✘	6JLU	9839	2022-05-17	2019-03-06	3.02	3.12	—	3.2	0.014	1.72	11.0	0.08	15.86	0.01	1.177	12.95	0.10	8.6	90.9	0.5	-4.89	0.64	0.73	2.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	102777	9704	128	0	820	1	0	logfile
✘	6J6N	0691	2022-05-15	2019-01-15	3.86	3.99	—	3.8	0.008	1.02	1.0	0.06	14.52	0.01	1.463	15.68	2.51	5.1	94.2	0.8	-3.41	0.60	0.63	1.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	78937	8982	47	544	14	0	0	logfile
✘	6NC3	0434	2022-05-17	2018-12-10	4.5	5.02	4.53	4.5	0.019	1.79	0.0	0.11	10.64	0.01	2.381	1.18	0.15	3.1	96.5	0.4	0.08	0.77	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38904	4686	30	0	162	0	0	logfile
✘	6N4R	0342	2022-05-13	2018-11-20	4.2	4.09	4.16	4.1	0.008	1.07	0.0	0.06	10.26	0.01	2.222	4.83	0.23	6.8	93.2	0.0	-3.27	0.66	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15444	1942	12	0	0	0	0	logfile
✘	6HLR	0240	2022-05-16	2018-09-11	3.18	3.30	—	3.3	0.007	0.95	0.0	0.06	12.28	0.01	1.734	4.76	0.15	4.9	95.1	0.0	-4.37	0.70	0.84	4.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32370	3881	21	73	8	0	0	logfile
✘	6DR2	7988	2022-05-17	2018-06-11	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139084	8764	8	0	12	0	69544	logfile
✘	6GiQ	0004	2022-05-17	2018-05-15	3.23	3.67	3.34	3.6	0.010	1.26	2.0	0.07	12.12	0.01	1.203	5.99	0.45	5.9	93.9	0.2	-3.41	0.74	0.82	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44120	5439	42	0	57	0	0	logfile
✘	6J6G	0686	2022-05-15	2019-01-15	3.2	3.37	—	3.2	0.007	0.94	0.0	0.06	14.13	0.01	1.463	15.59	3.03	4.6	94.9	0.5	-3.38	0.67	0.71	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	79042	8981	47	550	14	0	0	logfile
✘	6UE7	20749	2022-05-13	2019-09-20	2.9	3.95	—	3.8	0.007	1.03	0.0	0.06	12.81	0.01	2.051	2.95	0.50	10.2	89.8	0.0	-3.16	0.81	0.81	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11701	1571	11	0	16	0	0	logfile
✘	6DRA	7991	2022-05-17	2018-06-11	3.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139084	8764	8	0	12	0	69544	logfile
✘	6o2P	0611	2022-05-13	2019-02-24	3.3	3.80	—	3.8	0.014	1.82	0.0	0.09	14.02	0.00	1.403	1.52	1.16	4.5	95.5	0.0	-3.17	0.51	0.72	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9767	1179	3	0	29	0	0	logfile
✘	6DR0	7987	2022-05-17	2018-06-11	4.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139988	8750	8	0	8	0	70013	logfile
✘	6DRC	7994	2022-05-17	2018-06-11	3.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	138860	8744	8	0	16	0	69384	logfile
✘	6JHN	9826	2022-05-13	2019-02-18	4.5	7.49	—	4.4	0.010	1.23	0.0	0.06	16.52	0.01	2.114	19.30	1.44	13.9	85.8	0.3	-4.27	0.85	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109488	14332	12	0	12	0	0	logfile
✘	6J6H	0687	2022-05-15	2019-01-15	3.6	3.74	—	3.6	0.008	0.97	2.0	0.06	14.36	0.01	1.463	16.43	2.68	4.4	95.1	0.5	-3.20	0.62	0.67	1.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	76847	8644	47	551	14	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 376
• next →