Table showing results for December 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6ZZX	11588	2022-12-19	2020-08-05	2.7	2.80	2.77	2.8	0.024	2.67	0.0	0.12	20.93	0.02	1.178	15.63	0.00	6.0	93.8	0.2	0.75	0.75	0.88	3.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56369	4684	68	0	403	99	0	logfile
✘	6ZZY	11589	2022-12-19	2020-08-05	3.16	2.16	—	2.5	0.025	2.68	0.0	0.19	21.02	0.02	1.196	12.90	0.03	6.1	93.7	0.2	-0.33	0.57	0.76	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54609	4594	44	0	379	0	0	logfile
✘	7DZ7	30925	2022-12-19	2021-01-23	2.84	2.53	—	2.8	0.009	1.59	0.0	0.07	20.30	0.02	1.210	6.41	0.47	4.7	95.2	0.1	-2.58	0.67	0.77	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69647	5998	55	0	471	0	0	logfile
✘	7A4A	11630	2022-12-18	2020-08-19	3.76	3.95	3.75	4.0	0.007	0.70	0.0	0.04	11.64	0.01	2.109	13.43	2.96	12.8	87.2	0.0	-6.00	0.69	0.78	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19785	1317	6	0	3	0	9618	logfile
✘	7N7P	24230	2022-12-18	2021-06-10	3.24	2.66	—	3.2	0.004	0.66	0.0	0.04	16.53	0.00	1.184	3.81	0.35	1.6	98.4	0.0	1.62	0.58	0.84	2.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5400	626	4	0	2	0	0	logfile
✘	7CUQ	30474	2022-12-18	2020-08-24	2.64	2.91	—	2.9	0.008	0.74	0.0	0.04	13.22	0.01	1.249	4.13	3.42	3.0	96.9	0.1	-4.33	0.50	0.75	4.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9834	1199	6	0	9	0	0	logfile
✘	7RX4	24724	2022-12-18	2021-08-21	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14012	1798	62	0	0	0	0	logfile
✘	7RX5	24725	2022-12-18	2021-08-21	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9348	1189	41	0	0	0	0	logfile
✘	7MTC	23982	2022-12-18	2021-05-13	2.6	2.72	2.59	2.7	0.013	1.12	0.0	0.07	10.58	0.01	2.219	1.67	0.56	6.5	93.5	0.0	-2.84	0.82	0.90	4.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21178	2642	20	0	42	0	0	logfile
✘	7EQ9	31256	2022-12-19	2021-04-30	3.3	3.70	3.42	3.6	0.002	0.47	0.0	0.04	15.65	0.00	2.267	3.70	0.00	3.3	96.7	0.0	1.85	0.60	0.53	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62520	7620	60	0	0	0	0	logfile
✘	7oi8	12921	2022-12-19	2021-05-11	3.5	3.27	—	3.2	0.006	0.99	1.0	0.05	16.00	0.01	1.998	7.20	0.03	4.8	95.1	0.0	-1.78	0.75	0.78	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	92769	8181	60	1221	52	0	0	logfile
✘	7EY5	31378	2022-12-18	2021-05-29	3.4	3.68	—	3.5	0.005	0.81	0.0	0.05	13.84	0.01	2.161	11.76	0.00	12.9	87.1	0.0	-3.63	0.68	0.82	2.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5072	648	5	0	0	0	0	logfile
✘	7NKZ	12451	2022-12-18	2021-02-19	2.5	2.68	2.48	2.6	0.006	0.73	1.0	0.04	13.30	0.00	1.216	11.51	0.63	1.1	98.9	0.0	0.48	0.70	0.88	4.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6424	792	4	0	5	42	0	logfile
✘	7BKD	12210	2022-12-18	2021-01-15	3.0	2.42	—	2.5	0.006	0.83	6.0	0.06	14.30	0.01	2.118	9.46	1.26	5.5	94.5	0.1	-0.29	0.60	0.80	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24799	3177	18	0	26	0	0	logfile
✘	7FBS	31519	2022-12-18	2021-07-12	3.4	3.24	—	3.2	0.021	1.19	0.0	0.09	18.03	0.01	1.222	18.70	3.06	7.4	92.5	0.1	-3.42	0.59	0.78	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9274	1118	1	0	17	0	0	logfile
✘	7BKC	12209	2022-12-19	2021-01-15	3.0	2.63	—	2.7	0.012	1.12	47.0	0.10	15.18	0.01	1.955	10.45	3.41	7.8	92.1	0.1	-1.69	0.62	0.80	3.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64126	8220	48	0	68	0	0	logfile
✘	7NG8	12309	2022-12-18	2021-02-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20173	1341	4	0	0	0	9979	logfile
✘	7o3E	12705	2022-12-21	2021-04-01	3.6	3.24	—	3.4	0.006	1.04	1.0	0.06	15.15	0.01	1.352	5.19	0.00	4.7	95.3	0.0	-1.64	0.88	0.84	2.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44039	5417	45	0	34	0	0	logfile
✘	7EK1	31165	2022-12-19	2021-04-03	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.75	—	—	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64200	8064	24	0	0	0	0	logfile
✘	7EK3	31167	2022-12-19	2021-04-03	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.56	—	—	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81030	10230	30	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 443
• next →