Table showing results for November 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	3JB9	6413	2023-11-20	2015-08-09	3.6	3.70	—	3.6	0.010	1.29	13.0	0.07	16.84	0.01	1.253	18.05	8.06	9.1	87.9	3.0	-3.97	0.52	0.51	1.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	86551	9194	50	328	1328	0	0	logfile
✘	5GKY	9518	2023-11-14	2016-07-07	3.8	4.18	—	4.0	0.017	1.70	19.0	0.10	11.29	0.01	1.789	19.04	0.51	5.8	91.8	2.5	-2.71	0.73	0.79	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111036	15068	12	0	4	0	0	logfile
✘	7RR9	24656	2023-11-14	2021-08-09	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9094	1120	4	0	8	0	0	logfile
✘	7YRQ	34064	2023-11-14	2022-08-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9812	1247	4	0	2	0	0	logfile
✘	7MJM	23878	2023-11-21	2021-04-20	2.83	3.74	—	3.0	0.004	0.78	0.0	0.05	13.63	0.01	2.285	2.96	0.00	2.7	97.3	0.0	-0.95	0.83	0.79	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35096	4312	28	0	68	0	0	logfile
✘	5Li0	4050	2023-11-21	2016-07-13	3.8	3.91	—	3.8	0.014	1.18	1.0	0.05	14.64	0.01	1.920	5.40	0.20	14.9	84.7	0.5	-5.64	0.75	0.79	1.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	140825	5396	58	4575	41	162	0	logfile
✘	8ED8	28032	2023-11-21	2022-09-03	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32229	3872	12	0	81	0	0	logfile
✘	7UT8	26760	2023-11-17	2022-04-26	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20221	2538	18	0	13	29	0	logfile
✘	8BC4	15962	2023-11-16	2022-10-14	2.7	2.11	2.15	2.5	0.015	2.14	1.0	0.11	19.24	0.02	2.310	4.45	10.79	4.1	95.8	0.0	-4.88	0.59	0.76	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16440	2167	29	0	9	270	0	logfile
✘	7UZ9	26883	2023-11-20	2022-05-08	3.5	4.40	3.63	4.5	0.003	0.59	0.0	0.04	12.95	0.00	2.175	10.65	0.03	2.8	97.2	0.0	0.31	0.66	0.73	1.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30669	3873	12	0	42	0	0	logfile
✘	6WNR	21855	2023-11-22	2020-04-23	3.3	3.61	—	3.4	0.005	0.96	1.0	0.06	14.34	0.01	1.869	2.24	1.44	2.8	97.2	0.0	-1.29	0.77	0.85	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36934	4851	28	0	12	0	0	logfile
✘	6RWN	10043	2023-11-17	2019-06-05	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18346	2076	26	86	16	8	0	logfile
✘	7D65	30589	2023-11-19	2020-09-29	2.94	3.09	—	3.2	0.008	0.94	0.0	0.05	16.96	0.01	2.328	1.94	0.14	4.3	95.7	0.0	-7.00	0.66	0.81	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26664	3168	22	0	55	0	0	logfile
✘	8C0Z	16376	2023-11-16	2022-12-19	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15083	1972	10	0	17	0	0	logfile
✘	6SW9	10320	2023-11-17	2019-09-20	4.2	5.88	4.46	3.0	0.016	1.26	0.0	0.06	18.23	0.04	1.769	31.76	0.80	19.0	80.8	0.2	-5.60	0.85	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70661	4508	47	1593	41	42	0	logfile
✘	6SWE	10324	2023-11-18	2019-09-20	3.1	3.79	3.08	3.3	0.012	0.98	0.0	0.05	16.06	0.02	1.948	7.44	1.17	12.0	88.0	0.0	-4.83	0.87	0.84	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1523	21	486	9	18	0	logfile
✘	6PLV	20377	2023-11-16	2019-07-01	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14655	1725	15	0	75	0	0	logfile
✔	7TTS	26122	2023-11-17	2022-02-01	2.9	12.34	—	—	0.008	0.99	1.0	0.08	12.67	0.01	1.788	5.64	0.30	3.2	96.6	0.1	1.89	0.77	0.55	-0.20	—	0.003	0.60	0.0	0.04	13.61	0.00	1.831	19.04	0.24	3.7	96.2	0.1	1.97	1.03	0.84	0.81	-0.20	18793	2686	12	0	23	0	0	logfile
✘	6PNJ	20397	2023-11-18	2019-07-02	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71511	6660	60	0	420	0	0	logfile
✘	7RR8	24655	2023-11-18	2021-08-09	3.51	3.20	3.53	3.1	0.005	0.79	3.0	0.05	14.25	0.00	2.213	7.81	0.12	2.9	97.1	0.0	0.59	0.75	0.85	3.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23929	3075	6	0	26	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 528
• next →