Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7X26	32959	2023-04-20	2022-02-25	3.685	3.39	—	3.9	0.011	1.46	1.0	0.09	14.53	0.01	2.186	10.90	9.27	16.2	81.1	2.7	-3.21	0.68	0.74	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4828	641	3	0	0	0	0	logfile
✘	6G1K	4339	2023-04-25	2018-03-21	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21428	2592	8	0	8	0	0	logfile
✘	6PoM	20416	2023-04-20	2019-07-04	4.9	5.01	—	5.0	0.003	0.64	0.0	0.03	17.29	0.00	2.075	3.10	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.61	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4937	0	2	230	0	0	0	logfile
✔	8D6X	27225	2023-04-25	2022-06-06	3.2	10.22	—	—	0.003	0.62	0.0	0.04	12.14	0.00	2.195	17.76	0.06	2.6	97.4	0.0	1.17	0.70	0.42	0.14	—	0.003	0.68	0.0	0.04	14.52	0.00	2.006	31.08	0.17	4.9	95.1	0.0	0.20	4.65	0.78	0.54	0.09	68362	8957	41	0	0	0	0	logfile
✘	7N6B	24206	2023-04-20	2021-06-08	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5942	757	1	0	2	0	0	logfile
✘	6MN7	9166	2023-04-25	2018-10-01	4.8	5.01	—	5.0	0.016	2.23	12.0	0.12	10.62	0.02	1.395	35.74	0.57	8.6	89.4	2.0	-2.34	0.50	0.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21447	2418	66	0	192	0	0	logfile
✘	8DQ1	27646	2023-04-26	2022-07-18	4.1	3.85	3.29	3.9	0.011	1.10	3.0	0.06	18.76	0.01	2.082	14.69	0.87	5.7	94.3	0.0	-1.40	0.44	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17754	1075	8	36	2	0	8343	logfile
✘	7A92	11682	2023-04-21	2020-09-01	4.2	4.58	4.29	4.2	0.007	0.84	0.0	0.06	14.53	0.01	2.222	3.92	1.19	5.2	94.7	0.1	-2.44	0.77	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10040	1231	5	0	10	0	0	logfile
✘	5UCY	8539	2023-04-27	2016-12-22	4.6	4.99	—	4.6	0.011	1.21	3.0	0.06	13.21	0.01	0.244	89.25	0.68	11.3	88.3	0.5	-4.47	0.50	0.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24990	2610	12	3	6	0	4452	logfile
✘	7VFF	31951	2023-04-22	2021-09-13	4.1	3.76	3.90	4.0	0.007	0.72	0.0	0.05	13.87	0.00	2.334	2.40	0.41	3.6	96.4	0.0	-0.82	0.79	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12579	1581	3	0	0	0	0	logfile
✘	7P2P	13171	2023-04-20	2021-07-06	4.9	4.40	5.09	4.3	0.005	1.10	0.0	0.07	11.29	0.01	2.325	4.27	0.19	8.1	91.9	0.0	-3.94	0.76	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4783	587	5	0	5	0	0	logfile
✘	6RAJ	4777	2023-04-21	2019-04-06	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10198	1282	5	0	4	0	0	logfile
✘	6YLF	10837	2023-04-24	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6WHA	21669	2023-04-20	2020-04-07	3.36	3.16	—	3.4	0.012	1.20	2.0	0.08	13.68	0.01	2.284	6.97	2.99	4.1	95.9	0.0	-0.19	0.78	0.85	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7888	1074	6	0	1	0	0	logfile
✘	7oZS	13134	2023-04-22	2021-06-28	3.5	4.00	—	3.6	0.004	0.79	0.0	0.05	13.79	0.01	2.282	3.82	0.29	3.7	96.3	0.0	-1.44	0.89	0.85	2.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12770	1314	7	119	23	0	0	logfile
✘	6XKT	22224	2023-04-22	2020-06-27	3.75	3.88	—	3.8	0.009	0.99	1.0	0.07	13.78	0.01	1.732	26.25	0.08	16.5	83.1	0.4	-4.20	0.75	0.79	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13079	1678	12	0	8	0	0	logfile
✘	7T4K	25678	2023-04-20	2021-12-10	3.25	3.56	3.27	3.4	0.005	0.88	0.0	0.05	12.76	0.01	2.287	3.74	0.15	2.3	97.7	0.0	0.51	0.73	0.84	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6180	782	2	0	0	0	0	logfile
✘	8DQ0	27645	2023-04-26	2022-07-18	3.74	3.61	3.79	3.6	0.008	0.98	0.0	0.05	15.88	0.01	2.203	6.20	1.20	4.9	95.1	0.0	-1.54	0.53	0.72	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17129	1075	6	0	2	0	8445	logfile
✘	6ZY9	11555	2023-04-23	2020-07-30	3.3	3.42	—	3.5	0.004	0.81	0.0	0.05	12.81	0.01	2.174	2.45	0.25	4.7	95.3	0.0	-5.76	0.62	0.71	1.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14973	1985	14	0	4	0	0	logfile
✘	7XL3	33271	2023-04-27	2022-04-21	3.13	3.20	—	3.2	0.002	0.39	0.0	0.04	12.03	0.00	2.263	4.77	1.08	2.9	97.1	0.0	-4.73	0.73	0.79	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25700	3480	8	0	3	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 372
• next →