Table showing results for April 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8RQ4	19433	2024-04-07	2024-01-17	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11210	1402	2	0	3	0	0	logfile
✘	8RF0	19114	2024-04-11	2023-12-12	3.4	4.01	3.68	3.9	0.004	0.73	1.0	0.05	16.92	0.01	2.171	10.52	0.45	8.8	90.3	0.9	-1.04	0.70	0.59	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21922	2780	4	0	19	0	0	logfile
✘	8XBX	38232	2024-04-05	2023-12-07	4.36	6.89	4.04	7.5	0.005	0.90	0.0	0.04	18.16	0.01	2.260	13.70	0.00	0.9	99.1	0.0	-0.16	0.65	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5873	663	5	38	0	0	0	logfile
✘	8V7L	43003	2024-04-12	2023-12-04	2.9	3.39	2.93	3.1	0.010	1.36	0.0	0.08	21.51	0.01	2.316	1.99	2.32	3.6	96.2	0.3	-1.48	0.76	0.57	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25545	1203	12	280	2	0	10096	logfile
✘	8V6V	43002	2024-04-16	2023-12-03	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37004	1673	14	294	4	0	17362	logfile
✘	8X93	38160	2024-04-11	2023-11-29	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21976	2659	10	0	28	0	0	logfile
✘	8X91	38159	2024-04-11	2023-11-29	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22269	2691	11	0	29	0	0	logfile
✘	8X90	38158	2024-04-11	2023-11-29	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22122	2665	10	0	29	0	0	logfile
✘	8UZJ	42841	2024-04-15	2023-11-15	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33030	1970	25	0	55	35	15835	logfile
✘	8X43	38041	2024-04-14	2023-11-15	3.0	3.27	3.12	3.3	0.005	0.92	0.0	0.03	17.02	0.00	1.965	12.43	0.38	3.8	96.2	0.0	2.23	0.54	0.70	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30164	1880	12	0	4	0	14984	logfile
✘	8UXL	42768	2024-04-16	2023-11-09	3.12	4.00	—	2.0	0.004	0.89	16.0	0.04	14.92	0.01	1.627	14.05	1.53	3.1	96.8	0.1	0.74	0.87	0.83	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	143500	17928	20	0	32	0	0	logfile
✘	8R1D	18808	2024-04-14	2023-11-01	2.37	2.35	2.20	2.4	0.008	0.85	0.0	0.05	14.94	0.01	2.112	5.41	1.11	2.9	97.1	0.0	-0.07	0.70	0.86	5.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30493	3876	18	0	30	43	0	logfile
✘	8UU7	42566	2024-04-16	2023-10-31	3.2	3.53	3.21	3.4	0.004	0.55	0.0	0.03	22.36	0.01	1.860	6.54	0.00	5.3	94.6	0.1	-1.27	0.81	0.87	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	145251	5827	70	4613	397	15	0	logfile
✘	8QZ9	18773	2024-04-12	2023-10-26	2.95	3.51	3.11	3.3	0.003	0.48	0.0	0.04	13.37	0.00	2.202	3.64	0.00	4.1	95.9	0.0	0.82	0.79	0.87	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24217	3213	15	0	21	0	0	logfile
✘	8QYS	18761	2024-04-06	2023-10-26	3.89	4.28	3.89	4.1	0.003	0.57	2.0	0.04	14.29	0.00	2.222	9.04	0.00	10.1	89.9	0.0	-1.10	0.85	0.85	1.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57862	7588	34	0	0	0	0	logfile
✘	8QYN	18759	2024-04-13	2023-10-26	2.88	3.46	3.04	3.3	0.004	0.50	0.0	0.04	13.48	0.00	2.265	3.18	0.00	3.4	96.6	0.0	1.04	0.80	0.88	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29115	3731	17	0	22	0	0	logfile
✘	8UNY	42421	2024-04-06	2023-10-19	3.6	4.06	3.81	4.0	0.006	0.97	0.0	0.06	14.64	0.01	2.255	7.64	0.00	1.7	98.3	0.0	1.32	0.63	0.80	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6546	912	6	0	2	0	0	logfile
✘	8UNM	42409	2024-04-05	2023-10-19	3.4	3.77	3.54	3.7	0.005	0.64	0.0	0.04	13.95	0.00	2.208	3.37	0.00	2.5	97.5	0.0	1.00	0.64	0.86	3.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6415	889	6	0	2	0	0	logfile
✘	8Uo4	42427	2024-04-05	2023-10-19	4.0	4.28	3.99	4.2	0.004	0.72	0.0	0.04	12.00	0.00	2.322	5.46	0.00	3.2	96.8	0.0	-0.04	0.69	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5702	910	6	0	3	0	0	logfile
✘	8UNF	42399	2024-04-09	2023-10-18	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17810	2147	14	44	8	0	0	logfile

• Page 1 of 75
• next →