Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6LMK	0917	2023-04-21	2019-12-26	3.7	3.89	—	3.8	0.009	0.96	0.0	0.06	15.10	0.01	2.283	7.02	0.62	6.5	93.5	0.0	-4.19	0.68	0.82	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9240	1178	6	0	0	0	0	logfile
✘	6NT3	0500	2023-04-21	2019-01-28	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10934	1278	5	0	20	0	0	logfile
✘	7Eo4	31226	2023-04-20	2021-04-21	2.86	2.93	—	2.9	0.019	1.00	0.0	0.17	14.00	0.01	2.220	2.30	0.00	7.2	92.8	0.0	-1.38	0.60	0.71	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8302	1059	6	0	1	0	0	logfile
✘	7V69	31739	2023-04-21	2021-08-20	3.4	2.24	—	2.0	0.003	0.65	0.0	0.04	12.64	0.00	2.096	13.28	0.00	2.9	97.1	0.0	-2.02	0.68	0.64	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8539	1122	5	0	0	0	0	logfile
✘	7N0L	24108	2023-04-20	2021-05-25	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5270	626	4	0	2	0	0	logfile
✘	7TPG	26054	2023-04-20	2022-01-25	3.23	3.54	—	3.5	0.003	1.06	0.0	0.04	13.80	0.00	2.078	7.39	0.20	3.5	96.5	0.0	0.79	0.63	0.78	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4777	626	4	0	1	0	0	logfile
✘	7NG8	12309	2023-04-25	2021-02-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20173	1341	4	0	0	0	9979	logfile
✘	8EL7	28223	2023-04-20	2022-09-23	2.8	3.11	2.95	3.1	0.006	0.61	0.0	0.04	13.13	0.00	2.295	2.43	0.00	1.7	98.3	0.0	0.97	0.57	0.80	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4562	604	2	0	0	5	0	logfile
✘	6oo3	20143	2023-04-24	2019-04-22	2.9	3.02	2.79	3.0	0.014	1.22	0.0	0.06	9.99	0.01	2.495	2.15	0.00	3.1	96.9	0.0	-2.84	0.68	0.85	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18236	2404	8	0	4	0	0	logfile
✘	7VC4	31888	2023-04-23	2021-09-01	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16311	1046	10	0	0	0	8079	logfile
✘	7RAV	24387	2023-04-20	2021-07-02	3.3	2.69	3.21	2.4	0.004	0.93	0.0	0.05	15.84	0.01	2.224	16.68	1.17	16.7	82.9	0.4	-3.36	0.72	0.71	2.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6215	773	1	0	1	0	0	logfile
✘	7Y5H	33620	2023-04-20	2022-06-17	3.72	4.13	3.68	4.1	0.002	0.39	0.0	0.04	12.51	0.00	2.030	3.76	0.00	0.5	99.5	0.0	0.06	0.63	0.77	1.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4704	600	4	0	4	0	0	logfile
✘	7LX0	23563	2023-04-27	2021-03-02	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72462	6699	60	0	447	0	0	logfile
✘	7Z10	14436	2023-04-22	2022-02-24	3.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12574	1556	13	0	9	0	0	logfile
✘	8C8Q	16491	2023-04-23	2023-01-20	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14787	1798	17	0	37	0	0	logfile
✘	7TPJ	26057	2023-04-20	2022-01-25	3.46	3.68	—	3.7	0.004	0.70	0.0	0.04	14.42	0.01	2.159	9.09	0.00	5.0	95.0	0.0	-0.01	0.57	0.69	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4758	626	3	0	0	0	0	logfile
✘	7oY2	13108	2023-04-20	2021-06-23	2.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7166	858	7	0	7	24	0	logfile
✘	7W7F	32343	2023-04-22	2021-12-04	3.35	3.74	—	3.7	0.015	1.03	0.0	0.07	17.29	0.01	2.144	13.75	0.31	8.1	91.6	0.3	-1.42	0.42	0.74	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11987	1424	7	0	29	0	0	logfile
✘	8CSY	26975	2023-04-20	2022-05-13	2.7	2.51	2.69	2.6	0.003	0.56	0.0	0.04	14.36	0.00	2.224	4.67	4.06	1.6	98.4	0.0	1.07	0.63	0.86	4.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4638	584	4	0	0	19	0	logfile
✘	7T92	25750	2023-04-25	2021-12-17	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18777	1159	8	0	25	0	9156	logfile

• ← previous
• Page 4 of 372
• next →