cryo-EM Re-Refine

Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6PLU	20376	2023-08-13	2019-07-01	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14665	1720	15	0	80	0	0	logfile
✘	6WLW	21844	2023-08-17	2020-04-20	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22145	2749	35	0	61	0	0	logfile
✘	6PLV	20377	2023-08-13	2019-07-01	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14655	1725	15	0	75	0	0	logfile
✘	7CZS	30515	2023-08-22	2020-09-09	3.6	3.71	—	3.6	0.013	1.30	8.0	0.09	17.82	0.01	1.914	35.67	12.67	11.5	84.4	4.1	-4.03	0.57	0.66	1.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34321	4310	32	0	71	0	0	logfile
✘	7CZY	30521	2023-08-21	2020-09-09	3.3	3.38	—	3.3	0.011	1.02	0.0	0.07	17.97	0.01	1.865	25.79	12.01	10.3	87.0	2.6	-3.80	0.62	0.70	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31186	3880	33	0	76	0	0	logfile
✘	8AC2	15331	2023-08-18	2022-07-05	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25611	3184	8	36	3	0	0	logfile
✘	7ZJE	14746	2023-08-15	2022-04-10	3.12	3.70	3.28	3.6	0.002	0.57	0.0	0.04	11.99	0.00	2.254	7.29	0.19	8.3	91.1	0.5	0.64	0.66	0.80	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19284	2380	4	0	0	0	0	logfile
✘	7W9K	32368	2023-08-13	2021-12-09	2.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14933	1705	9	0	43	9	0	logfile
✘	7DXF	30907	2023-08-17	2021-01-18	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22940	2740	8	0	40	0	0	logfile
✘	6SNH	10257	2023-08-11	2019-08-24	3.9	4.16	—	3.9	0.008	1.24	1.0	0.06	14.34	0.00	2.181	19.70	1.49	11.0	88.9	0.1	-4.30	0.65	0.71	2.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7315	918	4	0	1	1	0	logfile
✘	7SQ7	25378	2023-08-14	2021-11-04	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15305	1852	16	0	13	8	0	logfile
✘	6PLS	20374	2023-08-13	2019-07-01	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14610	1720	15	0	75	0	0	logfile
✘	6VVX	21406	2023-08-20	2020-02-18	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29858	3508	12	128	4	0	0	logfile
✘	7UT8	26760	2023-08-16	2022-04-26	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20221	2538	18	0	13	29	0	logfile
✘	7K9X	22755	2023-08-11	2020-09-29	3.8	3.44	—	3.7	0.008	0.96	0.0	0.05	15.20	0.01	2.254	6.36	6.12	3.8	96.2	0.0	-1.99	0.79	0.81	0.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10472	1372	4	0	0	0	0	logfile
✘	6CFW	7468	2023-08-15	2018-02-17	3.7	3.82	—	3.8	0.010	1.27	1.0	0.07	12.05	0.01	1.968	4.52	1.60	10.7	89.0	0.4	-4.93	0.70	0.86	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19589	2530	17	0	4	0	0	logfile
✘	7BYL	30244	2023-08-14	2020-04-23	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16332	2000	16	0	8	12	0	logfile
✘	7DXG	30908	2023-08-17	2021-01-18	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23432	2792	8	0	40	0	0	logfile
✘	7RH7	24457	2023-08-23	2021-07-16	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93207	6072	44	0	64	0	44381	logfile
✘	7WoR	32656	2023-08-20	2022-01-22	3.7	2.87	—	3.2	0.003	0.53	0.0	0.05	9.19	0.01	2.216	8.02	5.34	7.7	92.2	0.1	-4.04	0.72	0.71	1.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29670	3799	9	0	23	0	0	logfile