Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7XLQ	33285	2023-04-25	2022-04-22	3.1	3.36	3.17	3.4	0.006	0.85	0.0	0.05	14.86	0.01	2.117	12.12	0.33	8.0	91.9	0.1	-3.52	0.65	0.81	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20132	2436	8	0	33	0	0	logfile
✘	7D61	30587	2023-04-27	2020-09-28	2.8	2.98	—	3.0	0.003	0.77	0.0	0.04	16.22	0.01	2.340	1.83	0.00	2.4	97.6	0.0	-7.13	0.69	0.82	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26664	3168	22	0	55	0	0	logfile
✘	6ZWo	11492	2023-04-27	2020-07-28	3.0	3.30	3.09	3.2	0.004	0.58	0.0	0.04	14.53	0.00	2.167	6.24	1.26	3.7	96.3	0.0	-2.70	0.70	0.84	1.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24994	3126	7	0	5	0	0	logfile
✘	6SKi	10225	2023-04-20	2019-08-15	2.6	2.97	2.57	2.9	0.004	0.72	0.0	0.04	16.20	0.00	2.210	8.64	1.29	1.6	98.4	0.0	-0.80	0.63	0.83	4.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4434	569	2	0	0	0	0	logfile
✘	7MN5	23916	2023-04-21	2021-04-30	2.93	3.53	3.04	3.3	0.013	1.46	0.0	0.08	10.99	0.01	2.311	0.48	0.00	3.3	96.7	0.0	-0.05	0.82	0.81	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9526	1213	8	0	13	0	0	logfile
✘	8AC0	15329	2023-04-28	2022-07-05	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27948	3188	9	143	3	0	0	logfile
✘	7WDB	32436	2023-04-26	2021-12-21	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22400	2660	8	0	28	0	0	logfile
✘	6VXK	21442	2023-04-24	2020-02-22	3.1	3.57	—	3.2	0.011	0.84	0.0	0.05	14.73	0.00	2.122	15.37	8.05	10.5	89.5	0.0	-3.69	0.86	0.88	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17418	2254	8	0	18	0	0	logfile
✘	7VFU	31959	2023-04-25	2021-09-13	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19946	2409	9	0	41	0	0	logfile
✘	7LB5	23263	2023-04-26	2021-01-07	3.16	4.00	—	3.7	0.003	0.52	0.0	0.04	14.28	0.00	2.323	7.12	0.93	1.9	98.1	0.0	-1.95	0.87	0.84	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23616	3120	12	0	0	0	0	logfile
✘	6PLS	20374	2023-04-23	2019-07-01	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14610	1720	15	0	75	0	0	logfile
✘	8E70	27932	2023-04-25	2022-08-23	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21097	2502	13	61	18	0	63	logfile
✘	7ZES	14692	2023-04-22	2022-03-31	3.1	3.32	3.11	3.4	0.005	0.61	0.0	0.04	13.69	0.01	1.966	5.90	0.00	2.3	97.7	0.0	0.35	0.75	0.82	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13538	1654	6	10	4	0	0	logfile
✘	7PXG	13702	2023-04-28	2021-10-08	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28664	3540	8	0	32	0	0	logfile
✘	6RWN	10043	2023-04-24	2019-06-05	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18346	2076	26	86	16	8	0	logfile
✘	7SL7	25193	2023-04-24	2021-10-22	3.1	3.35	—	3.4	0.002	0.56	0.0	0.04	13.08	0.00	2.149	8.91	0.24	5.5	94.2	0.3	-0.86	0.77	0.82	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14732	1826	10	0	0	0	0	logfile
✘	7KU7	23035	2023-04-23	2020-11-24	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15666	1807	16	68	8	0	0	logfile
✘	7YKJ	33892	2023-04-20	2022-07-22	3.5	3.71	3.62	3.7	0.013	1.78	1.0	0.09	15.54	0.04	1.761	8.58	2.98	6.6	92.2	1.1	-2.51	0.51	0.72	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4811	626	4	0	0	0	0	logfile
✘	7SQV	25396	2023-04-20	2021-11-06	2.3	2.95	2.29	2.8	0.001	0.38	0.0	0.04	16.08	0.00	2.314	1.47	0.63	0.7	99.3	0.0	1.86	0.76	0.88	3.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4471	573	5	0	0	7	0	logfile
✘	7S6L	24879	2023-04-27	2021-09-14	4.0	4.77	4.03	4.2	0.020	1.74	0.0	0.11	10.10	0.01	2.336	0.63	0.04	2.2	97.8	0.0	0.74	0.84	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24755	3117	15	0	30	0	0	logfile

• ← previous
• Page 6 of 372
• next →