Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6S5T	10100	2023-04-20	2019-07-02	4.15	4.28	4.17	4.2	0.007	1.48	3.0	0.09	17.31	0.00	2.450	5.08	3.93	7.1	92.4	0.6	-4.05	0.75	0.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6958	896	3	0	1	0	0	logfile
✘	7ND4	12275	2023-04-29	2021-01-30	3.6	3.31	—	3.2	0.004	0.62	3.0	0.05	11.02	0.00	2.233	3.79	0.28	4.1	95.6	0.2	-0.12	0.74	0.79	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29848	3729	30	0	71	0	0	logfile
✘	7Wo4	32638	2023-04-26	2022-01-20	4.47	3.18	—	3.4	0.003	0.48	0.0	0.04	8.44	0.00	2.234	5.78	3.89	6.1	93.9	0.0	-3.76	0.83	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71208	9096	24	0	90	0	0	logfile
✘	6JSi	9882	2023-04-22	2019-04-08	4.7	4.70	—	4.6	0.007	1.48	0.0	0.06	15.33	0.01	2.231	10.68	2.42	23.2	72.3	4.5	-6.05	0.64	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62820	5844	9	0	4044	0	0	logfile
✘	6U2K	20621	2023-04-20	2019-08-20	2.93	3.31	3.29	3.3	0.010	0.99	0.0	0.06	10.06	0.01	2.354	3.34	0.19	9.7	90.3	0.0	-4.70	0.70	0.83	4.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4719	604	3	0	4	0	0	logfile
✘	7P13	13154	2023-04-22	2021-07-01	2.29	1.96	2.28	1.7	0.016	1.06	0.0	0.07	14.07	0.01	2.430	5.24	0.00	3.3	96.7	0.0	2.06	0.82	0.87	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13727	1743	7	0	0	0	154	logfile
✘	7ZUB	14971	2023-04-28	2022-05-12	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28082	1722	7	0	7	0	14035	logfile
✘	7N4E	24148	2023-04-29	2021-06-04	3.8	3.85	—	3.8	0.004	0.72	0.0	0.04	17.45	0.01	1.705	13.32	3.45	4.3	95.7	0.0	-0.65	0.78	0.77	1.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29822	3559	10	89	3	0	0	logfile
✘	7YiM	33861	2023-04-20	2022-07-17	2.6	2.93	2.77	2.9	0.013	1.14	0.0	0.07	15.89	0.01	2.272	6.72	0.78	4.9	95.1	0.0	-4.17	0.67	0.68	1.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4657	592	1	0	0	0	0	logfile
✘	6KMX	0727	2023-04-23	2019-08-01	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65112	5919	72	0	363	636	0	logfile
✘	6RKV	4912	2023-04-23	2019-04-30	4.6	4.86	—	4.5	0.002	0.53	0.0	0.04	12.80	0.00	2.207	7.23	0.00	5.3	94.7	0.0	-1.73	0.87	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15460	1784	8	64	0	0	0	logfile
✘	7SB2	24961	2023-04-20	2021-09-23	3.4	3.66	3.14	3.3	0.007	0.79	0.0	0.04	14.92	0.00	2.178	23.65	0.00	8.4	91.4	0.2	-0.29	0.83	0.84	1.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4715	598	2	0	0	0	0	logfile
✘	7E32	30974	2023-04-21	2021-02-07	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8797	1117	5	0	2	0	0	logfile
✘	6TM5	10518	2023-04-22	2019-12-03	3.9	4.07	—	4.1	0.010	1.11	0.0	0.05	15.92	0.01	1.619	28.83	0.76	11.9	87.8	0.3	-4.46	0.36	0.48	0.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63885	8117	23	0	3	0	0	logfile
✘	7ZL1	14774	2023-04-28	2022-04-13	2.5	2.06	2.45	2.4	0.007	0.88	0.0	0.06	14.64	0.01	2.033	2.59	0.65	5.7	93.3	1.0	-0.02	0.73	0.86	6.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27257	1720	24	0	8	379	13574	logfile
✘	5WEL	8820	2023-04-28	2017-07-10	4.4	4.52	—	4.4	0.006	0.98	0.0	0.64	9.59	0.01	2.206	6.86	0.61	6.5	93.4	0.1	-4.07	0.69	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27638	3484	8	0	6	0	0	logfile
✘	7UV9	26809	2023-04-23	2022-04-29	3.2	2.64	3.07	3.0	0.009	0.89	0.0	0.06	26.20	0.01	1.561	5.75	0.30	1.4	98.6	0.0	1.22	0.77	0.75	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15342	1164	11	292	2	0	0	logfile
✘	7DW9	30877	2023-04-21	2021-01-15	2.6	3.41	—	3.1	0.006	0.77	0.0	0.10	12.06	0.01	2.306	1.39	0.09	2.4	97.6	0.0	-0.01	0.73	0.87	4.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10105	1283	8	0	4	0	0	logfile
✘	8EAG	27975	2023-04-26	2022-08-29	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24218	3008	17	9	14	12	0	logfile
✘	8EAi	27977	2023-04-26	2022-08-29	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24218	3008	17	9	14	12	0	logfile

• ← previous
• Page 6 of 372
• next →