Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6RX4	10049	2023-07-04	2019-06-07	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7347	884	8	0	31	7	0	logfile
✘	7E2Y	30972	2023-07-04	2021-02-07	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6987	868	4	0	6	0	0	logfile
✘	5UJZ	8561	2023-07-16	2017-01-19	4.8	5.22	—	5.1	0.010	1.28	0.0	0.06	10.85	0.01	2.072	3.55	0.16	7.6	92.3	0.1	-3.77	0.84	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33948	2196	21	0	33	0	16401	logfile
✘	6KUR	9581	2023-07-06	2019-09-02	3.7	3.80	—	3.8	0.004	0.79	0.0	0.05	10.86	0.01	2.143	6.20	1.01	7.0	92.9	0.1	-4.96	0.74	0.78	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12384	1465	5	28	0	0	0	logfile
✘	7BSP	30163	2023-07-06	2020-03-31	4.0	4.12	—	4.0	0.005	0.66	0.0	0.04	13.90	0.01	1.928	53.93	0.00	14.6	85.4	0.0	-7.27	0.68	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11010	1352	5	0	5	0	0	logfile
✘	6GDG	4390	2023-07-04	2018-04-23	4.11	3.92	—	4.0	0.008	1.10	0.0	0.06	12.81	0.00	2.449	0.87	2.07	4.9	94.6	0.5	-3.15	0.76	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7223	997	6	0	1	0	0	logfile
✘	5UK0	8562	2023-07-16	2017-01-19	4.8	5.42	—	5.2	0.010	1.26	0.0	0.06	10.88	0.01	2.096	3.58	0.16	8.3	91.6	0.1	-3.58	0.84	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33948	2196	21	0	33	0	16401	logfile
✘	5UK1	8563	2023-07-16	2017-01-19	4.8	7.30	—	7.0	0.010	1.28	0.0	0.07	10.82	0.01	2.106	4.22	0.16	8.1	91.8	0.1	-3.97	0.88	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33948	2196	21	0	33	0	16401	logfile
✘	8DQ0	27645	2023-07-10	2022-07-18	3.74	3.61	3.79	3.6	0.008	0.98	0.0	0.05	15.88	0.01	2.203	6.20	1.20	4.9	95.1	0.0	-1.54	0.53	0.72	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17129	1075	6	0	2	0	8445	logfile
✘	7QHo	13977	2023-07-17	2021-12-13	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93446	5870	54	0	78	10	44952	logfile
✘	7ND7	12278	2023-07-16	2021-01-30	3.6	3.91	—	3.8	0.004	0.63	0.0	0.05	11.00	0.00	2.229	3.62	0.38	3.7	96.2	0.2	-0.12	0.77	0.72	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29591	3699	30	0	64	0	0	logfile
✘	6MZU	9307	2023-07-15	2018-11-05	3.4	3.56	—	3.5	0.006	0.72	0.0	0.05	8.11	0.01	2.309	6.63	0.03	2.5	97.5	0.0	-4.73	0.78	0.85	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32833	4523	42	0	0	0	0	logfile
✘	7ND4	12275	2023-07-14	2021-01-30	3.6	3.31	—	3.2	0.004	0.62	3.0	0.05	11.02	0.00	2.233	3.79	0.28	4.1	95.6	0.2	-0.12	0.74	0.79	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29848	3729	30	0	71	0	0	logfile
✘	8DQ1	27646	2023-07-10	2022-07-18	4.1	3.85	3.29	3.9	0.011	1.10	3.0	0.06	18.76	0.01	2.082	14.69	0.87	5.7	94.3	0.0	-1.40	0.44	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17754	1075	8	36	2	0	8343	logfile
✘	6oLL	20116	2023-07-10	2019-04-16	4.1	4.59	—	4.4	0.004	1.05	0.0	0.06	6.94	0.01	2.400	0.40	0.00	2.0	97.8	0.2	-0.51	0.67	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10426	2114	6	0	0	0	0	logfile
✘	7oY8	13110	2023-07-11	2021-06-23	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22902	2293	103	0	68	372	0	logfile
✘	6UKN	20807	2023-07-03	2019-10-05	3.65	3.85	—	3.8	0.005	0.83	0.0	0.05	13.77	0.01	2.280	4.10	0.47	7.7	92.3	0.0	-2.59	0.70	0.82	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4109	536	4	0	8	0	0	logfile
✘	7DXA	30902	2023-07-07	2021-01-18	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15162	1629	23	0	50	0	0	logfile
✘	6R10	4703	2023-07-17	2019-03-13	4.3	4.31	—	4.2	0.007	0.96	0.0	0.06	9.71	0.01	2.155	5.28	0.11	7.6	92.4	0.0	-3.74	0.84	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38522	5842	28	0	3	0	0	logfile
✘	6R0Z	4702	2023-07-18	2019-03-13	3.8	3.83	—	3.8	0.007	0.97	1.0	0.06	9.78	0.01	2.152	4.34	0.19	6.2	93.8	0.0	-3.88	0.85	0.85	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40184	5847	27	0	3	0	0	logfile

• ← previous
• Page 6 of 500
• next →