Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7o37	12702	2023-08-26	2021-04-01	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	48610	5970	52	0	43	0	0	logfile
✘	6R10	4703	2023-08-24	2019-03-13	4.3	4.31	—	4.2	0.007	0.96	0.0	0.06	9.71	0.01	2.155	5.28	0.11	7.6	92.4	0.0	-3.74	0.84	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38522	5842	28	0	3	0	0	logfile
✘	6RAK	4778	2023-08-11	2019-04-06	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10180	1280	5	0	4	0	0	logfile
✘	6YLF	10837	2023-08-15	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	3JCU	6617	2023-08-18	2016-03-10	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	75994	7648	76	0	322	0	0	logfile
✘	8A5E	15166	2023-08-13	2022-06-14	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13611	1769	8	0	19	0	0	logfile
✘	7Yi2	33849	2023-08-12	2022-07-14	3.4	2.75	3.37	2.7	0.003	0.59	0.0	0.04	18.17	0.01	2.062	9.71	0.23	6.9	93.1	0.0	-0.99	0.75	0.77	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12140	1397	9	33	5	0	0	logfile
✘	8i6S	35205	2023-08-10	2023-01-29	4.4	4.82	4.39	4.4	0.006	1.39	2.0	0.06	15.97	0.01	2.073	4.55	0.97	4.1	95.7	0.2	-5.18	0.73	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8641	1125	7	0	4	0	0	logfile
✘	8DUL	27722	2023-08-13	2022-07-27	4.17	4.34	4.24	4.7	0.005	1.04	0.0	0.07	13.22	0.02	2.317	6.11	0.06	5.3	94.7	0.0	-2.03	0.56	0.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14203	1802	15	0	10	0	0	logfile
✘	8oR2	17115	2023-08-14	2023-04-12	3.2	2.36	3.12	3.0	0.007	0.76	13.0	0.06	14.65	0.00	1.805	7.23	1.24	3.3	96.7	0.0	1.99	0.72	0.66	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16558	2072	5	0	3	0	0	logfile
✘	7YSW	34084	2023-08-12	2022-08-13	3.03	3.51	3.06	3.4	0.007	1.01	0.0	0.20	16.78	0.00	1.948	10.59	4.77	6.4	93.6	0.0	-1.74	0.76	0.80	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12407	1517	7	0	12	0	0	logfile
✘	8SA4	40264	2023-08-09	2023-03-31	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5193	0	3	236	1	0	0	logfile
✘	8J18	35913	2023-08-10	2023-04-12	2.89	3.40	3.16	3.3	0.004	0.71	0.0	0.05	15.92	0.00	2.181	6.45	1.26	4.0	96.0	0.0	-0.18	0.56	0.78	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8860	1137	6	0	1	0	0	logfile
✘	8i5X	35197	2023-08-13	2023-01-26	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13590	1565	8	0	35	0	0	logfile
✘	8DFC	27404	2023-08-16	2022-06-21	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20713	2548	18	0	15	483	0	logfile
✘	8FoA	29343	2023-08-16	2022-12-30	2.66	2.96	2.81	2.9	0.023	1.52	0.0	0.53	17.58	0.01	2.298	7.30	0.42	5.2	94.7	0.0	-5.28	0.66	0.84	4.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21287	2448	8	0	53	0	0	logfile
✘	8S8Z	40232	2023-08-14	2023-03-27	3.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15707	2096	16	0	9	0	0	logfile
✘	7YVM	34132	2023-08-09	2022-08-19	3.5	3.56	3.31	3.6	0.009	1.38	6.0	0.09	13.48	0.01	2.166	28.59	1.57	8.9	90.6	0.5	-4.19	0.55	0.72	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3126	420	3	0	0	0	0	logfile
✘	6UKN	20807	2023-08-09	2019-10-05	3.65	3.85	—	3.8	0.005	0.83	0.0	0.05	13.77	0.01	2.280	4.10	0.47	7.7	92.3	0.0	-2.59	0.70	0.82	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4109	536	4	0	8	0	0	logfile
✘	6UXA	20931	2023-08-11	2019-11-07	4.5	5.05	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.628	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.71	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 7 of 542
• next →