Table showing results for November 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	5VLZ	8709	2023-11-21	2017-04-26	4.4	4.55	—	4.4	0.006	0.89	0.0	0.00	5.88	0.00	2.272	2.04	0.00	6.1	93.9	0.0	-1.92	0.80	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	96897	24179	181	0	0	0	0	logfile
✘	7BP8	30147	2023-11-21	2020-03-21	3.9	4.00	—	3.9	0.008	1.38	0.0	0.08	15.25	0.01	2.313	5.30	0.18	5.3	94.7	0.0	-3.18	0.80	0.80	1.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35190	4440	12	0	12	0	0	logfile
✘	7XTB	33445	2023-11-14	2022-05-16	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8101	1037	5	0	1	0	0	logfile
✘	7SA3	24943	2023-11-16	2021-09-22	2.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15960	1644	19	0	79	230	0	logfile
✘	6D6Q	7808	2023-11-20	2018-04-22	3.45	3.57	—	3.5	0.006	0.74	0.0	0.05	10.12	0.00	1.778	9.85	0.06	9.9	90.1	0.0	-4.46	0.79	0.77	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31639	3889	17	61	3	0	0	logfile
✘	7D5i	30582	2023-11-13	2020-09-26	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6232	793	3	0	3	0	0	logfile
✘	6ZDG	11173	2023-11-20	2020-06-14	4.7	4.97	—	4.8	0.004	0.50	0.0	0.04	8.99	0.00	1.891	7.24	2.41	3.9	96.1	0.0	0.05	0.71	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28548	1884	12	0	3	0	13995	logfile
✘	6MZU	9307	2023-11-21	2018-11-05	3.4	3.56	—	3.5	0.006	0.72	0.0	0.05	8.11	0.01	2.309	6.63	0.03	2.5	97.5	0.0	-4.73	0.78	0.85	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32833	4523	42	0	0	0	0	logfile
✘	7QDS	13925	2023-11-16	2021-11-30	3.8	3.53	3.57	3.7	0.005	0.86	1.0	0.05	14.59	0.01	2.067	14.28	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.33	0.80	0.82	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13798	1771	4	0	0	0	0	logfile
✘	7Wo4	32638	2023-11-18	2022-01-20	4.47	3.18	—	3.4	0.003	0.48	0.0	0.04	8.44	0.00	2.234	5.78	3.89	6.1	93.9	0.0	-3.76	0.83	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71208	9096	24	0	90	0	0	logfile
✘	7ZRC	14910	2023-11-20	2022-05-04	3.5	3.13	3.03	3.0	0.006	0.64	0.0	0.05	9.88	0.01	2.125	7.43	0.99	3.3	96.7	0.0	-0.03	0.71	0.72	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30724	3852	24	0	52	0	0	logfile
✘	6UZV	20963	2023-11-18	2019-11-15	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72606	6711	60	0	408	0	0	logfile
✘	6JSi	9882	2023-11-15	2019-04-08	4.7	4.70	—	4.6	0.007	1.48	0.0	0.06	15.33	0.01	2.231	10.68	2.42	23.2	72.3	4.5	-6.05	0.64	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62820	5844	9	0	4044	0	0	logfile
✘	7RGM	24452	2023-11-14	2021-07-15	2.8	2.86	—	2.9	0.014	1.70	0.0	0.08	15.75	0.01	2.328	1.94	3.63	5.2	94.6	0.3	-1.77	0.62	0.86	3.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59928	3872	16	0	32	0	29736	logfile
✘	7ZNK	14804	2023-11-20	2022-04-21	3.9	6.01	—	7.4	0.006	0.88	2.0	0.05	11.83	0.01	1.707	9.96	5.83	6.4	93.3	0.3	-2.12	0.73	0.46	0.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	88261	11599	32	6	0	0	0	logfile
✘	6PV8	20488	2023-11-17	2019-07-19	3.87	4.04	3.94	4.0	0.006	1.07	1.0	0.07	9.81	0.01	2.057	5.07	0.69	4.9	95.1	0.0	-2.83	0.70	0.79	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20051	2379	28	0	57	8	0	logfile
✘	6RHZ	4883	2023-11-20	2019-04-23	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53055	2783	20	0	193	0	21167	logfile
✘	8HTU	35018	2023-11-14	2022-12-21	2.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57715	5089	51	0	366	2	0	logfile
✘	7B5P	12043	2023-11-18	2020-12-05	3.2	3.34	—	3.3	0.009	1.00	1.0	0.06	13.44	0.00	1.894	24.69	1.78	8.9	89.6	1.4	-2.84	0.70	0.83	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22527	3013	3	0	0	0	0	logfile
✘	8EAH	27976	2023-11-20	2022-08-29	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28500	3534	18	11	16	15	0	logfile

• ← previous
• Page 8 of 528
• next →