Table showing results for November 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8EAJ	27978	2023-11-20	2022-08-29	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28500	3534	18	11	16	15	0	logfile
✘	6MHZ	9124	2023-11-14	2018-09-18	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7112	908	6	0	2	0	0	logfile
✘	6KMX	0727	2023-11-15	2019-08-01	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65112	5919	72	0	363	636	0	logfile
✘	7MYo	24082	2023-11-15	2021-05-21	2.92	3.27	2.93	3.3	0.005	0.89	0.0	0.05	15.08	0.01	2.225	9.92	0.59	5.9	94.1	0.0	-1.97	0.57	0.66	0.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10634	1278	2	0	1	0	0	logfile
✘	7P14	13155	2023-11-13	2021-07-01	3.66	3.82	3.50	3.8	0.004	0.64	0.0	0.04	16.56	0.00	2.295	7.45	0.00	2.7	97.3	0.0	1.11	0.60	0.78	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3796	454	3	0	3	0	0	logfile
✘	7X6Q	33025	2023-11-15	2022-03-08	4.5	4.41	4.61	4.3	0.009	0.73	0.0	0.06	9.96	0.00	2.197	0.93	0.01	3.2	96.7	0.2	-0.87	0.78	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64472	8440	16	0	0	0	0	logfile
✘	7MDY	23784	2023-11-17	2021-04-06	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19595	1263	6	0	4	0	9862	logfile
✘	7N4E	24148	2023-11-20	2021-06-04	3.8	3.85	—	3.8	0.004	0.72	0.0	0.04	17.45	0.01	1.705	13.32	3.45	4.3	95.7	0.0	-0.65	0.78	0.77	1.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29822	3559	10	89	3	0	0	logfile
✘	7VGS	31978	2023-11-16	2021-09-18	2.8	3.28	—	3.3	0.002	0.66	0.0	0.04	12.19	0.01	2.230	9.89	0.38	7.0	93.0	0.0	-1.16	0.67	0.75	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9700	1254	6	0	0	0	0	logfile
✘	7N62	24192	2023-11-13	2021-06-07	4.0	3.42	—	3.9	0.006	0.82	0.0	0.05	13.98	0.01	2.203	21.20	0.00	14.9	85.1	0.0	-2.74	0.73	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5613	712	4	0	5	0	0	logfile
✘	6Mi8	9126	2023-11-14	2018-09-19	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7139	911	6	0	2	0	0	logfile
✘	7D5i	30582	2023-11-13	2020-09-26	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6232	793	3	0	3	0	0	logfile
✘	6KN8	0729	2023-11-15	2019-08-03	4.8	8.89	—	8.4	0.019	1.81	10.0	0.10	12.39	0.01	2.211	9.21	0.41	2.0	97.4	0.5	-0.24	0.74	0.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60966	7669	44	0	15	0	0	logfile
✘	6WCZ	21618	2023-11-14	2020-03-31	4.0	4.24	—	4.0	0.009	1.22	0.0	0.06	12.53	0.01	2.085	14.60	2.55	12.9	87.1	0.0	-4.79	0.82	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9894	1231	2	0	2	0	0	logfile
✘	7oSE	13048	2023-11-16	2021-06-08	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14882	1816	12	0	10	2	0	logfile
✘	8A01	15044	2023-11-13	2022-05-26	3.2	3.25	3.20	3.2	0.002	0.44	0.0	0.05	14.81	0.00	2.289	4.13	0.00	2.0	98.0	0.0	0.02	0.48	0.86	2.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5511	717	3	0	0	0	0	logfile
✘	6A69	6987	2023-11-14	2018-06-27	4.11	4.21	—	4.1	0.011	1.48	0.0	0.07	11.86	0.01	2.275	7.51	1.81	13.5	86.4	0.1	-4.69	0.61	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7851	1038	2	0	1	0	0	logfile
✘	7o6E	12738	2023-11-21	2021-04-10	2.1	1.78	2.15	1.6	0.017	1.10	0.0	0.07	18.13	0.01	2.110	3.49	0.00	2.3	97.7	0.0	2.10	0.87	0.88	6.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35304	4248	48	0	0	1392	0	logfile
✘	7W9T	32372	2023-11-16	2021-12-10	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14841	1709	8	0	39	0	0	logfile
✘	6K3o	9910	2023-11-20	2019-05-21	3.4	3.86	—	3.8	0.003	0.56	0.0	0.03	14.46	0.00	1.077	16.09	0.00	3.8	96.2	0.0	-1.52	0.79	0.82	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31508	3790	48	0	36	0	0	logfile

• ← previous
• Page 8 of 528
• next →