cryo-EM Re-Refine

Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6WTi	21897	2023-02-19	2020-05-02	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9980	1207	8	0	14	0	0	logfile
✘	7UT6	26756	2023-02-22	2022-04-26	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16442	1998	12	0	8	415	0	logfile
✘	8DDT	27341	2023-02-28	2022-06-18	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32229	3872	12	0	81	0	0	logfile
✘	7DWQ	30882	2023-02-23	2021-01-17	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19961	1943	18	0	100	0	0	logfile
✘	7KHR	22880	2023-02-23	2020-10-21	3.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61913	8212	44	0	36	0	0	logfile
✘	6ZZX	11588	2023-02-22	2020-08-05	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56369	4684	68	0	403	99	0	logfile
✘	7BKE	12212	2023-02-25	2021-01-15	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24816	3176	18	0	26	0	0	logfile
✘	6JZo	9898	2023-02-23	2019-05-03	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21405	2657	8	0	12	0	0	logfile
✘	6ZZY	11589	2023-02-22	2020-08-05	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54609	4594	44	0	379	0	0	logfile
✘	7Li9	23364	2023-02-17	2021-01-26	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6174	767	5	0	13	0	0	logfile
✘	6UZA	20954	2023-02-24	2019-11-14	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23284	2936	8	0	20	0	0	logfile
✘	7oY8	13110	2023-02-24	2021-06-23	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22902	2293	103	0	68	372	0	logfile
✘	6NMD	0447	2023-02-20	2019-01-10	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.62	—	—	0.29	3.9	0.003	0.76	0.0	0.04	18.13	0.00	1.939	13.02	0.41	6.3	93.7	0.0	-1.44	—	0.73	0.78	1.29	11779	1358	7	25	2	6	0	logfile
✘	7LiA	23365	2023-02-17	2021-01-26	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6279	767	5	0	27	0	0	logfile
✘	7SPB	24769	2023-02-22	2021-11-02	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7WST	32766	2023-02-19	2022-02-01	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9438	1202	4	0	8	0	0	logfile
✘	7UT7	26757	2023-02-22	2022-04-26	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16442	1998	12	0	8	415	0	logfile
✘	6RKo	4908	2023-02-18	2019-04-30	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7289	875	8	0	9	31	0	logfile
✘	6PoD	20412	2023-02-21	2019-07-03	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53637	3427	20	0	25	0	26898	logfile
✘	7D1T	30547	2023-02-21	2020-09-15	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52994	5312	108	0	196	2432	0	logfile