Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7Too	26033	2023-04-25	2022-01-24	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6TF9	10491	2023-04-23	2019-11-13	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7Z37	14472	2023-04-23	2022-03-01	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7ToP	26034	2023-04-25	2022-01-24	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6YLF	10837	2023-04-24	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7SPi	24771	2023-04-21	2021-11-02	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZP	10664	2023-04-23	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZR	10666	2023-04-23	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZG	10662	2023-04-23	2020-02-04	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6ZJi	11234	2023-04-21	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7SPB	24769	2023-04-21	2021-11-02	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7SPC	24770	2023-04-29	2021-11-02	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZD	10659	2023-04-22	2020-02-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✔	7QGU	13959	2023-04-28	2021-12-10	4.75	7.20	—	5.6	0.010	1.50	1.0	0.04	15.78	0.02	1.064	11.45	0.26	6.6	91.0	2.3	-1.82	0.70	0.57	—	5.5	0.009	1.09	0.0	0.05	20.48	0.01	1.102	77.49	0.00	10.9	88.3	0.8	-1.78	2.90	0.82	0.84	—	135606	5791	54	4656	0	0	0	logfile
✔	5NJT	3656	2023-04-27	2017-03-29	3.8	4.18	4.07	4.1	0.008	1.18	0.0	0.06	17.85	0.01	1.178	8.95	1.58	14.2	85.2	0.6	-5.34	0.76	0.78	1.08	4.1	0.003	0.72	0.0	0.04	18.11	0.00	1.711	20.44	1.06	11.2	88.7	0.1	-2.53	0.57	0.77	0.80	0.80	133097	5596	51	4579	0	0	0	logfile
✔	5TCU	8402	2023-04-28	2016-09-15	3.9	4.02	—	3.9	0.010	1.21	0.0	0.06	18.30	0.01	2.000	6.31	0.88	17.4	82.4	0.2	-5.50	0.70	0.79	2.09	3.9	0.004	0.70	0.0	0.04	18.32	0.00	1.829	13.13	0.94	14.0	86.0	0.0	-3.80	0.42	0.71	0.83	1.16	133876	5134	56	4494	130	0	0	logfile
✔	6W6P	21562	2023-04-28	2020-03-17	2.9	2.21	—	1.7	0.010	1.07	0.0	0.06	16.55	0.01	1.989	6.48	16.52	12.1	87.6	0.3	-4.00	0.77	0.84	2.96	1.6	0.004	0.72	0.0	0.04	16.11	0.01	1.971	5.86	8.23	8.7	91.2	0.1	-1.86	1.60	0.79	0.86	2.56	133554	5058	51	4378	4	0	0	logfile
✔	5T7V	8369	2023-04-25	2016-09-06	3.6	3.63	—	3.6	0.008	0.98	0.0	0.05	16.93	0.01	2.118	3.79	0.38	11.8	88.1	0.1	-5.19	0.74	0.75	3.17	3.6	0.003	0.62	0.0	0.04	17.05	0.00	2.040	8.94	0.79	9.9	90.0	0.0	-3.48	1.20	0.76	0.79	2.26	126001	4152	44	4375	17	0	0	logfile
✔	7JiL	22345	2023-04-27	2020-07-23	2.8	3.31	—	3.2	0.002	0.48	0.0	0.03	14.71	0.00	1.991	6.76	2.15	9.9	90.0	0.1	-3.96	0.82	0.84	2.44	3.2	0.004	0.59	0.0	0.03	15.71	0.00	2.078	6.25	5.08	11.1	88.8	0.0	-2.22	0.38	0.82	0.86	2.68	132739	5314	54	4327	0	1	0	logfile
✔	7ASP	11903	2023-04-26	2020-10-27	2.86	3.63	—	3.1	0.008	1.05	3.0	0.10	23.04	0.00	1.802	23.94	24.23	14.8	82.3	2.8	-5.21	0.88	0.86	1.55	3.1	0.007	0.76	0.0	0.04	20.82	0.00	1.967	17.31	6.10	10.3	89.6	0.1	-2.34	1.02	0.87	0.89	2.01	128828	4974	47	4284	0	0	0	logfile

• Page 1 of 372
• next →