Table showing results for November 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6ZZX	11588	2023-11-14	2020-08-05	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56369	4684	68	0	403	99	0	logfile
✘	6TRD	10559	2023-11-18	2019-12-18	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	74991	6849	84	0	402	51	0	logfile
✘	6TRC	10558	2023-11-18	2019-12-18	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	75591	6849	99	0	402	651	0	logfile
✘	7ZQ9	14867	2023-11-14	2022-04-29	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	92130	4713	47	0	397	88	35670	logfile
✘	7YMi	33929	2023-11-17	2022-07-28	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	68428	6610	60	0	394	0	0	logfile
✔	3JBR	6475	2023-11-16	2015-09-29	4.2	4.39	—	4.2	0.009	1.31	0.0	0.06	8.32	0.00	1.419	19.19	0.37	8.1	84.8	7.0	-3.43	0.66	0.70	—	4.2	0.004	0.80	0.0	0.04	10.88	0.00	2.100	16.99	0.00	12.1	85.7	2.2	-0.93	1.54	0.66	0.71	—	16467	2148	6	0	385	0	0	logfile
✘	6VPV	21320	2023-11-19	2020-02-04	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72192	6753	60	0	384	0	0	logfile
✘	6ZZY	11589	2023-11-14	2020-08-05	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54609	4594	44	0	379	0	0	logfile
✘	7oUi	13078	2023-11-20	2021-06-11	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	84427	8342	108	0	374	139	0	logfile
✘	6X80	22088	2023-11-21	2020-06-01	3.5	3.69	—	3.5	0.006	0.64	0.0	0.81	29.60	0.00	1.310	8.52	0.01	8.5	91.3	0.2	-2.33	0.48	0.90	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	97482	12628	44	0	374	0	0	logfile
✔	6E11	8952	2023-11-14	2018-07-08	4.23	4.35	—	4.2	0.007	1.11	6.0	0.06	9.72	0.01	1.079	10.29	0.49	7.9	91.8	0.3	-4.77	0.79	0.73	—	4.2	0.003	0.69	0.0	0.04	12.46	0.00	2.061	15.21	0.02	7.7	92.2	0.1	-1.17	1.07	0.81	0.79	—	57401	6820	34	0	373	0	0	logfile
✘	6KMW	0726	2023-11-15	2019-08-01	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64083	5739	63	0	366	627	0	logfile
✘	8HTU	35018	2023-11-14	2022-12-21	2.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57715	5089	51	0	366	2	0	logfile
✔	5TJ5	8409	2023-11-16	2016-10-03	3.9	4.19	—	4.1	0.010	1.29	0.0	0.05	9.13	0.01	1.040	27.77	0.12	14.4	85.2	0.4	-6.37	0.62	0.69	1.87	4.1	0.004	0.89	0.0	0.04	12.82	0.00	2.018	15.16	1.10	6.4	93.3	0.2	0.39	1.76	0.63	0.74	1.06	14976	2102	14	0	365	0	0	logfile
✘	6KMX	0727	2023-11-15	2019-08-01	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65112	5919	72	0	363	636	0	logfile
✔	5Y81	6816	2023-11-21	2017-08-18	4.7	4.77	—	4.6	0.012	1.24	3.0	0.06	11.53	0.01	1.581	41.26	14.19	15.5	79.2	5.3	-5.73	0.66	0.69	—	4.6	0.003	0.72	0.0	0.04	9.83	0.00	2.062	10.61	0.10	9.3	89.7	1.0	0.85	0.83	0.70	0.73	—	25723	4095	8	0	360	0	0	logfile
✔	5MMJ	3532	2023-11-14	2016-12-10	3.6	3.88	—	3.6	0.008	1.15	0.0	0.05	16.66	0.01	1.774	10.61	7.28	4.9	94.8	0.3	-3.46	0.92	0.86	1.28	3.6	0.006	0.73	0.0	0.04	16.62	0.01	1.240	20.90	0.79	6.1	93.8	0.1	-0.78	2.11	0.92	0.86	1.06	55315	2806	31	1484	359	0	0	logfile
✔	6E10	8951	2023-11-14	2018-07-08	4.16	4.27	—	4.2	0.008	1.16	11.0	0.07	10.73	0.01	1.063	10.41	1.07	5.8	93.8	0.4	-4.45	0.79	0.72	—	4.1	0.005	0.78	0.0	0.05	12.99	0.00	2.041	18.20	0.05	7.3	92.4	0.2	-0.84	1.49	0.83	0.81	—	57352	6823	34	0	359	0	0	logfile
✘	8C29	16389	2023-11-18	2022-12-21	2.785	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71174	6772	117	0	358	280	0	logfile
✘	7Pi0	13429	2023-11-19	2021-08-19	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	77465	7442	133	0	354	1724	0	logfile

• ← previous
• Page 8 of 528
• next →