Table showing results for July 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7W77	32341	2022-07-03	2021-12-03	3.3	3.57	—	3.6	0.022	1.01	1.0	0.10	16.25	0.01	1.226	15.55	0.24	7.0	93.0	0.0	-0.15	0.58	0.75	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12051	1424	7	0	30	0	0	logfile
✘	7RoG	24594	2022-07-06	2021-07-30	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137886	18894	201	0	0	0	0	logfile
✘	7TCG	25811	2022-07-03	2021-12-23	3.8	3.89	3.84	3.9	0.002	0.54	0.0	0.04	15.13	0.00	1.323	5.65	0.00	7.9	92.1	0.0	-0.53	0.67	0.81	1.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8891	1123	4	0	1	0	0	logfile
✘	7VBZ	31886	2022-07-06	2021-09-01	2.4	2.48	—	2.5	0.009	0.91	6.0	0.06	16.32	0.01	1.197	11.45	2.07	3.7	96.0	0.3	-0.05	0.74	0.89	4.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29292	3543	45	0	19	730	0	logfile
✘	7VYQ	32211	2022-07-04	2021-11-15	3.13	3.33	—	3.4	0.002	0.57	0.0	0.04	16.33	0.00	1.209	6.05	0.00	2.8	97.2	0.0	-1.84	0.64	0.89	3.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17080	1120	8	0	8	0	8340	logfile
✘	7RoE	24593	2022-07-06	2021-07-30	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137886	18894	201	0	0	0	0	logfile
✘	7EJA	31157	2022-07-03	2021-04-01	3.6	4.27	—	4.1	0.004	0.84	2.0	0.06	13.05	0.00	1.309	17.87	0.11	6.0	94.0	0.0	-0.43	0.70	0.80	1.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8584	1097	6	0	1	0	0	logfile
✘	7TCH	25812	2022-07-03	2021-12-23	3.7	3.94	3.73	3.9	0.003	0.57	0.0	0.04	14.70	0.00	1.323	5.79	0.00	8.0	92.0	0.0	0.08	0.71	0.84	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9043	1135	6	0	3	0	0	logfile
✘	7EPZ	31251	2022-07-03	2021-04-28	3.4	3.45	—	3.4	0.008	1.13	0.0	0.06	15.57	0.01	0.974	5.67	0.90	9.8	89.7	0.4	-4.44	0.63	0.82	2.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7431	921	7	0	11	0	0	logfile
✘	7RWA	24712	2022-07-04	2021-08-19	4.7	5.66	4.89	4.6	0.003	0.89	0.0	0.05	5.84	0.00	1.914	2.65	0.00	5.8	93.7	0.5	-0.12	0.84	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16158	3244	10	0	0	0	0	logfile
✘	7VBP	31884	2022-07-07	2021-09-01	2.8	2.85	—	2.8	0.007	0.85	0.0	0.04	15.20	0.01	1.203	9.59	0.32	4.3	95.7	0.1	1.21	0.75	0.89	3.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39022	4652	61	0	21	349	0	logfile
✘	7Ro5	24588	2022-07-06	2021-07-30	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137886	18894	201	0	0	0	0	logfile
✘	7EJX	31164	2022-07-03	2021-04-02	2.4	2.91	—	2.8	0.004	0.69	0.0	0.05	15.78	0.00	1.182	10.06	1.25	2.8	97.2	0.0	1.71	0.67	0.85	4.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8334	1071	6	0	4	2	0	logfile
✘	7Ro6	24589	2022-07-06	2021-07-30	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137886	18894	201	0	0	0	0	logfile
✘	7RoB	24590	2022-07-06	2021-07-30	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137886	18894	201	0	0	0	0	logfile
✘	7M5V	23683	2022-07-04	2021-03-24	2.9	3.76	—	3.2	0.006	0.99	1.0	0.05	13.66	0.00	1.198	4.25	0.12	7.3	92.7	0.0	0.36	0.71	0.80	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16295	1046	1	0	24	6	7985	logfile
✘	7M5Y	23685	2022-07-04	2021-03-25	3.0	4.01	—	3.4	0.007	1.24	0.0	0.15	13.60	0.01	1.198	4.58	0.00	5.1	94.9	0.0	0.03	0.69	0.80	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15450	1000	1	0	24	8	7537	logfile
✘	7M5X	23684	2022-07-04	2021-03-25	2.7	3.84	—	3.2	0.006	1.03	0.0	0.14	13.38	0.00	1.199	4.13	0.00	5.5	94.5	0.0	-0.04	0.69	0.80	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15479	1000	1	0	25	11	7548	logfile
✘	7WLD	32582	2022-07-04	2022-01-13	2.53	2.67	—	2.7	0.005	0.84	0.0	0.05	14.34	0.01	1.169	10.11	1.87	2.2	97.7	0.1	0.47	0.62	0.84	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19732	2393	11	0	29	0	0	logfile
✘	7W01	32233	2022-07-03	2021-11-17	3.3	3.43	—	3.4	0.011	1.10	1.0	0.06	16.08	0.01	1.717	10.01	0.60	13.3	85.9	0.8	-4.55	0.68	0.86	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12724	1598	1	0	7	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 392
• next →