Table showing results for December 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7CKR	30391	2022-12-18	2020-07-18	3.0	3.32	—	3.4	0.009	1.22	9.0	0.09	17.22	0.01	1.896	18.48	11.04	8.0	91.9	0.2	-2.89	0.45	0.60	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4094	597	3	0	1	0	0	logfile
✘	7K5X	22683	2022-12-18	2020-09-17	2.93	3.28	—	3.2	0.004	0.60	0.0	0.04	26.42	0.00	2.211	5.82	0.09	2.2	97.8	0.0	1.31	0.76	0.82	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18291	1296	13	394	0	0	0	logfile
✘	6WM2	21847	2022-12-19	2020-04-20	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	73243	9171	56	0	63	0	0	logfile
✘	6TRA	10557	2022-12-18	2019-12-18	2.85	3.02	—	3.0	0.006	0.96	0.0	0.04	18.82	0.02	1.225	8.56	0.05	4.7	95.3	0.0	-3.41	0.73	0.83	4.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25197	2283	33	0	134	217	0	logfile
✘	6XZR	10666	2022-12-19	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6LQA	0942	2022-12-18	2020-01-13	3.3	3.51	—	3.5	0.008	1.28	0.0	0.07	14.15	0.01	1.369	15.42	6.02	7.8	91.4	0.9	-4.09	0.56	0.77	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9387	1151	1	0	10	0	0	logfile
✘	7CKZ	30395	2022-12-18	2020-07-20	3.1	3.23	—	3.2	0.003	0.52	0.0	0.04	13.75	0.00	1.570	23.13	0.93	3.1	96.9	0.0	-3.38	0.59	0.71	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8133	1037	5	0	3	0	0	logfile
✘	6ZJi	11234	2022-12-18	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✔	7RTM	24683	2022-12-18	2021-08-13	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9161	1142	6	0	12	0	0	logfile
✘	7LLA	23413	2022-12-18	2021-02-03	2.97	3.51	—	3.4	0.006	0.96	0.0	0.06	14.55	0.01	2.260	6.11	0.59	4.6	95.4	0.0	-2.37	0.74	0.79	2.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31900	4084	8	0	12	0	0	logfile
✔	6RPK	4977	2022-12-19	2019-05-14	2.84	2.92	—	2.9	0.006	0.83	0.0	0.05	13.25	0.01	0.152	22.63	0.00	5.5	94.0	0.5	-3.71	0.71	0.83	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	103090	12261	61	0	0	0	0	logfile
✘	6ZKS	11260	2022-12-19	2020-06-30	3.1	2.60	—	2.9	0.007	0.99	0.0	1.03	11.39	0.01	2.218	6.07	0.10	3.9	96.1	0.0	-3.09	0.57	0.78	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66294	8070	67	0	36	0	0	logfile
✘	7CUM	30472	2022-12-18	2020-08-23	3.52	3.83	—	3.8	0.007	1.14	3.0	0.08	14.62	0.01	1.183	10.92	0.34	7.1	92.9	0.0	-4.26	0.69	0.76	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22214	1358	4	0	19	0	10852	logfile
✘	6TU7	10590	2022-12-18	2020-01-03	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6VEF	21156	2022-12-18	2019-12-31	4.08	4.14	—	4.1	0.009	1.19	0.0	0.07	11.76	0.01	1.866	12.30	0.00	10.4	89.5	0.1	-4.48	0.77	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13414	1688	4	0	4	0	0	logfile
✘	6XZD	10659	2022-12-19	2020-02-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZP	10664	2022-12-19	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZG	10662	2022-12-19	2020-02-04	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7CMi	30407	2022-12-18	2020-07-27	2.9	3.36	—	3.3	0.006	1.00	0.0	0.05	15.26	0.01	1.904	7.49	1.44	7.2	91.4	1.4	-5.99	0.62	0.67	0.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7353	928	7	0	10	6	0	logfile
✔	7oJ8	12939	2022-12-18	2021-05-14	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9148	1150	4	0	7	0	0	logfile

• Page 1 of 443
• next →