Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8EoE	28373	2023-04-27	2022-10-03	3.2	3.93	3.21	3.5	0.003	0.63	0.0	0.05	22.19	0.01	1.984	5.34	17.34	9.0	90.4	0.5	-3.14	0.88	0.86	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25301	3030	10	88	3	0	0	logfile
✘	7THE	25893	2023-04-20	2022-01-10	3.87	4.06	3.94	4.0	0.013	1.88	0.0	0.11	13.73	0.02	2.548	0.15	0.00	8.2	91.8	0.0	-2.01	0.67	0.75	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3305	423	4	0	1	0	0	logfile
✘	7S6C	24868	2023-04-22	2021-09-13	3.1	3.69	—	3.3	0.005	0.74	0.0	0.04	14.16	0.01	2.068	4.24	0.00	4.0	96.0	0.0	-0.30	0.82	0.76	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47369	3190	10	0	2	0	23420	logfile
✘	8CVX	27020	2023-04-25	2022-05-18	3.5	3.62	3.40	3.6	0.009	1.58	16.0	0.11	16.44	0.01	2.272	8.19	5.13	4.5	95.3	0.2	-3.03	0.64	0.75	1.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20448	2541	12	0	4	0	0	logfile
✘	7MJL	23877	2023-04-20	2021-04-20	2.95	3.62	—	3.3	0.005	0.82	0.0	0.05	12.17	0.01	2.351	2.77	0.00	3.9	96.1	0.0	-0.85	0.80	0.87	3.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4788	621	4	0	1	0	0	logfile
✘	6URT	20862	2023-04-24	2019-10-24	3.27	4.11	—	3.7	0.008	1.36	1.0	0.06	17.24	0.01	2.285	7.74	3.41	9.0	91.0	0.0	-4.88	0.73	0.83	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18263	2317	14	0	7	0	0	logfile
✘	6ZWo	11492	2023-04-27	2020-07-28	3.0	3.30	3.09	3.2	0.004	0.58	0.0	0.04	14.53	0.00	2.167	6.24	1.26	3.7	96.3	0.0	-2.70	0.70	0.84	1.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24994	3126	7	0	5	0	0	logfile
✘	8F6C	28879	2023-04-25	2022-11-16	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19344	2396	12	0	12	0	0	logfile
✘	7U5U	26359	2023-04-25	2022-03-02	3.16	3.37	3.21	3.4	0.007	0.88	0.0	0.06	15.34	0.01	2.279	5.12	0.00	5.5	94.5	0.0	-5.67	0.67	0.77	3.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10035	1283	2	0	0	0	0	logfile
✘	7E9P	31035	2023-04-20	2021-03-04	3.69	4.11	—	4.0	0.005	0.78	0.0	0.05	13.87	0.00	2.218	11.34	0.00	7.5	92.5	0.0	-2.51	0.74	0.81	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4898	639	4	0	1	0	0	logfile
✘	7KU7	23035	2023-04-23	2020-11-24	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15666	1807	16	68	8	0	0	logfile
✘	8DAD	27270	2023-04-20	2022-06-13	3.85	4.05	3.91	4.0	0.004	0.83	1.0	0.05	15.94	0.01	2.238	16.32	0.63	5.0	95.0	0.0	-0.96	0.65	0.73	1.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3255	424	5	0	4	0	0	logfile
✘	7AoD	11841	2023-04-21	2020-10-14	4.5	4.61	—	4.5	0.007	0.89	0.0	0.05	14.84	0.01	1.858	27.36	1.95	10.7	88.9	0.3	-4.20	0.79	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59256	7466	34	0	12	0	0	logfile
✘	7EWP	31360	2023-04-27	2021-05-25	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20179	1816	4	0	0	0	6804	logfile
✘	6SWC	10322	2023-04-26	2019-09-20	3.3	4.36	3.31	3.3	0.015	0.97	0.0	0.05	16.16	0.04	1.823	9.66	0.13	13.4	86.6	0.0	-5.19	0.83	0.72	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70744	4519	48	1593	41	42	0	logfile
✘	7XLQ	33285	2023-04-25	2022-04-22	3.1	3.36	3.17	3.4	0.006	0.85	0.0	0.05	14.86	0.01	2.117	12.12	0.33	8.0	91.9	0.1	-3.52	0.65	0.81	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20132	2436	8	0	33	0	0	logfile
✘	7YR5	34046	2023-04-20	2022-08-08	3.63	3.97	3.62	3.9	0.005	0.81	0.0	0.05	13.92	0.00	2.250	8.97	0.00	5.5	94.5	0.0	-0.05	0.57	0.78	1.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4828	622	2	0	0	0	0	logfile
✘	8F68	28877	2023-04-21	2022-11-16	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9666	1198	6	0	6	0	0	logfile
✘	7SL7	25193	2023-04-24	2021-10-22	3.1	3.35	—	3.4	0.002	0.56	0.0	0.04	13.08	0.00	2.149	8.91	0.24	5.5	94.2	0.3	-0.86	0.77	0.82	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14732	1826	10	0	0	0	0	logfile
✘	7CUB	30471	2023-04-21	2020-08-22	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9842	1199	7	0	9	13	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 372
• next →