Table showing results for December 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8H0Y	34418	2022-12-18	2022-09-30	2.85	3.06	2.88	3.0	0.008	0.82	0.0	0.06	13.16	0.01	2.274	2.64	0.00	3.2	96.8	0.0	-1.19	0.81	0.86	3.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24999	3094	6	0	52	0	0	logfile
✘	8DZi	27799	2022-12-18	2022-08-07	3.5	5.31	3.67	2.7	0.003	0.66	0.0	0.05	18.88	0.01	2.107	18.40	0.38	3.2	96.6	0.2	0.05	0.88	0.87	1.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31470	3918	32	0	63	0	0	logfile
✘	7XL3	33271	2022-12-18	2022-04-21	3.13	3.20	—	3.2	0.002	0.39	0.0	0.04	12.03	0.00	2.263	4.81	1.08	2.9	97.1	0.0	-4.73	0.73	0.79	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25700	3480	8	0	3	0	0	logfile
✘	7YZY	14399	2022-12-20	2022-02-21	4.8	8.15	—	7.7	0.015	1.65	21.0	0.11	17.86	0.01	1.138	43.89	12.41	9.9	88.0	2.2	-3.95	0.60	0.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20364	2514	9	0	0	0	0	logfile
✘	7VC4	31888	2022-12-18	2021-09-01	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16311	1046	10	0	0	0	8079	logfile
✘	7VF9	31948	2022-12-18	2021-09-10	4.04	4.13	—	4.1	0.001	0.38	0.0	0.04	9.65	0.00	2.176	3.71	0.05	1.5	98.5	0.0	-4.44	0.74	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24247	3425	7	0	3	0	0	logfile
✘	7UY8	26867	2022-12-18	2022-05-06	4.5	8.56	4.38	4.2	0.003	0.63	1.0	0.05	14.55	0.00	2.207	8.85	0.00	6.1	93.9	0.0	-0.66	0.79	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9552	1161	5	0	1	0	0	logfile
✘	7UZE	26886	2022-12-18	2022-05-09	2.4	2.27	2.42	2.3	0.003	0.58	0.0	0.04	15.32	0.00	2.040	3.82	0.68	3.0	96.6	0.4	1.69	0.66	0.88	6.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14969	988	12	0	4	113	7392	logfile
✘	8E70	27932	2022-12-18	2022-08-23	4.1	8.52	6.00	7.4	0.004	0.69	0.0	0.05	14.45	0.00	1.287	29.26	1.63	1.3	98.4	0.3	-0.83	0.64	0.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21097	2502	13	61	18	0	63	logfile
✘	7UT9	26763	2022-12-18	2022-04-26	2.44	1.92	2.20	1.7	0.020	0.68	0.0	0.05	18.68	0.00	1.975	10.01	3.62	3.3	96.5	0.2	0.25	0.80	0.80	3.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20243	2538	18	0	13	60	0	logfile
✘	7VY1	32191	2022-12-20	2021-11-13	3.3	3.60	—	3.6	0.007	0.82	0.0	0.04	17.76	0.00	2.061	9.23	0.20	4.4	95.6	0.0	1.76	0.77	0.89	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38899	4652	44	0	24	0	0	logfile
✘	7UTA	26764	2022-12-18	2022-04-26	2.4	1.90	2.36	1.6	0.030	0.77	0.0	0.05	18.18	0.00	1.975	12.61	2.71	4.1	95.7	0.3	-0.49	0.78	0.79	3.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24323	3068	20	0	22	55	0	logfile
✘	7XTC	33446	2022-12-18	2022-05-16	3.2	3.40	3.31	3.4	0.006	0.59	0.0	0.04	12.99	0.00	1.913	4.53	0.00	1.4	98.6	0.0	1.71	0.54	0.70	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16301	1038	5	0	2	0	8097	logfile
✘	8DDX	27345	2022-12-19	2022-06-19	3.8	3.86	3.84	3.8	0.014	0.95	0.0	0.07	13.33	0.00	1.183	6.30	3.80	4.6	95.4	0.0	-0.14	0.81	0.82	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35500	4295	14	0	81	0	0	logfile
✘	7XYA	33515	2022-12-18	2022-06-01	3.3	3.39	3.24	3.2	0.004	0.68	1.0	0.04	18.79	0.00	1.962	11.61	1.00	4.0	95.9	0.0	-0.19	0.81	0.84	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26550	3479	11	126	1	0	0	logfile
✘	7URC	26708	2022-12-18	2022-04-21	3.14	3.74	3.25	3.6	0.017	0.98	0.0	0.88	13.59	0.00	1.182	10.27	0.00	3.5	96.5	0.0	-3.02	0.58	0.86	3.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5561	658	4	0	12	0	0	logfile
✘	7XYB	33516	2022-12-18	2022-06-01	3.7	4.48	3.71	3.3	0.005	0.75	1.0	0.05	16.21	0.00	1.956	17.43	0.62	4.8	95.0	0.2	-0.49	0.87	0.82	1.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22525	3187	10	65	1	0	0	logfile
✔	7PSD	13612	2022-12-18	2021-09-22	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9032	1160	2	0	0	0	0	logfile
✘	8D9M	27266	2022-12-18	2022-06-10	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18248	2064	8	0	64	0	0	logfile
✘	7SCJ	25036	2022-12-18	2021-09-28	3.4	2.31	2.97	2.0	0.004	0.58	0.0	0.05	11.19	0.01	2.200	9.38	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.25	0.75	0.72	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9336	1131	6	2	7	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 443
• next →