cryo-EM Re-Refine

Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8APE	15567	2023-04-27	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	60	0	36	0	62392	logfile
✘	8APD	15566	2023-04-27	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	60	0	36	0	62392	logfile
✘	7WPA	32680	2023-04-29	2022-01-23	2.77	2.26	—	2.1	0.004	0.78	2.0	0.05	14.25	0.01	2.327	3.39	0.45	5.4	94.5	0.0	-4.08	0.72	0.73	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30444	3774	20	0	47	0	0	logfile
✘	7ZQ9	14867	2023-04-21	2022-04-29	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	92130	4713	47	0	397	88	35670	logfile
✘	7WK0	32554	2023-04-21	2022-01-08	3.32	2.37	—	2.2	0.004	0.65	0.0	0.04	11.04	0.01	2.233	9.59	7.71	12.2	87.5	0.2	-4.96	0.75	0.75	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9724	1264	8	0	2	0	0	logfile
✘	8APC	15565	2023-04-27	2022-08-09	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	59	0	36	0	62392	logfile
✘	7R8o	24320	2023-04-29	2021-06-26	3.5	3.86	—	3.9	0.008	1.48	13.0	0.09	12.90	0.02	1.876	11.98	1.03	3.6	96.3	0.1	-0.25	0.71	0.80	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29964	3804	20	0	48	0	0	logfile
✘	8APH	15571	2023-04-27	2022-08-09	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126490	7873	60	0	36	0	62387	logfile
✘	6XM3	22254	2023-04-27	2020-06-29	2.9	3.02	2.92	3.0	0.013	1.03	3.0	0.07	14.51	0.01	2.233	3.36	0.66	7.4	92.5	0.2	-4.38	0.66	0.86	3.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25384	3143	23	0	60	0	0	logfile
✘	7A92	11682	2023-04-21	2020-09-01	4.2	4.58	4.29	4.2	0.007	0.84	0.0	0.06	14.53	0.01	2.222	3.92	1.19	5.2	94.7	0.1	-2.44	0.77	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10040	1231	5	0	10	0	0	logfile
✘	8APJ	15572	2023-04-27	2022-08-09	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126490	7873	60	0	36	0	62387	logfile
✘	8ENM	28273	2023-04-24	2022-09-30	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17722	1999	12	0	8	1693	0	logfile
✘	8DQ0	27645	2023-04-26	2022-07-18	3.74	3.61	3.79	3.6	0.008	0.98	0.0	0.05	15.88	0.01	2.203	6.20	1.20	4.9	95.1	0.0	-1.54	0.53	0.72	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17129	1075	6	0	2	0	8445	logfile
✘	7DBH	30631	2023-04-21	2020-10-20	3.6	4.18	—	3.4	0.007	0.74	1.0	0.05	28.88	0.00	1.451	11.99	0.17	3.2	96.8	0.0	0.54	0.91	0.85	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10631	697	10	252	0	0	0	logfile
✘	8ENN	28274	2023-04-24	2022-09-30	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16749	1974	12	0	9	858	0	logfile
✘	8DBX	27316	2023-04-24	2022-06-14	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16968	1998	12	0	10	914	0	logfile
✘	8APK	15573	2023-04-27	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126493	7873	61	0	36	0	62392	logfile
✘	8ENo	28275	2023-04-24	2022-09-30	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16485	2047	9	0	9	0	0	logfile
✘	6HUo	0282	2023-04-23	2018-10-09	3.26	3.38	3.25	3.3	0.006	0.89	0.0	0.06	8.62	0.01	2.257	4.69	0.00	3.8	96.2	0.0	-4.15	0.74	0.83	4.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15227	1808	16	0	35	0	0	logfile
✘	5Z96	6901	2023-04-25	2018-02-02	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21494	2665	8	0	13	0	0	logfile