cryo-EM Re-Refine

Table showing results for December 2021

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✔	5A8L	3099	2021-12-02	2015-07-16	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12264	624	9	347	0	0	logfile
✔	6SD1	10145	2021-12-02	2019-07-26	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39369	4983	33	0	0	0	logfile
✘	6SAE	10129	2021-12-01	2019-07-16	1.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	164640	18360	480	360	600	11040	logfile
✔	6LCR	0873	2021-12-02	2019-11-19	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11561	1420	8	0	14	0	logfile
✔	6WBF	21588	2021-12-02	2020-03-26	2.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19712	2408	14	0	49	0	logfile
✔	6SCN	10143	2021-12-02	2019-07-24	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60582	7875	33	0	0	0	logfile
✔	6ELZ	3891	2021-12-02	2017-09-30	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	134887	9691	55	2680	1	0	logfile
✔	6YLE	10836	2021-12-02	2020-04-07	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15345	1930	5	0	0	0	logfile
✘	6XPE	22286	2021-12-01	2020-07-08	4.1	4.23	—	4.2	0.006	0.82	0.0	0.04	14.30	0.00	1.492	20.11	2.08	10.6	88.1	1.3	-5.36	0.60	0.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4292	554	4	0	8	0	logfile
✔	6WUC	21910	2021-12-02	2020-05-04	3.23	3.36	—	3.3	0.004	0.73	1.0	0.05	13.18	0.00	1.351	17.80	2.97	9.0	90.4	0.6	-3.18	0.71	0.85	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10284	1266	5	0	0	0	logfile
✔	6SKG	10224	2021-12-01	2019-08-15	2.65	2.71	—	2.7	0.007	0.74	1.0	0.05	15.54	0.05	1.679	4.44	0.01	5.5	94.5	0.0	-2.77	0.77	0.87	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	167402	8302	138	4522	14	3556	logfile
✔	6RED	4850	2021-12-02	2019-04-12	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33899	4503	25	0	10	0	logfile
✔	6RE1	4838	2021-12-02	2019-04-12	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33863	4498	25	0	10	0	logfile
✔	6UTJ	20881	2021-12-02	2019-10-29	2.9	3.16	3.00	3.2	0.009	1.34	0.0	0.07	10.47	0.01	2.212	7.86	1.01	5.1	94.7	0.3	-2.93	0.74	0.79	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	58359	7546	35	0	0	0	logfile
✔	6RDP	4826	2021-12-02	2019-04-12	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33891	4502	25	0	10	0	logfile
✔	6SKF	10223	2021-12-01	2019-08-15	2.95	2.98	—	3.0	0.014	1.13	0.0	0.07	16.36	0.05	0.933	5.84	0.02	7.8	92.2	0.0	-3.56	0.77	0.87	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	161921	7751	134	4454	75	2367	logfile
✔	6RDM	4823	2021-12-02	2019-04-12	3.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33891	4502	25	0	10	0	logfile
✘	6KWY	0781	2021-12-01	2019-09-09	2.72	2.94	—	2.9	0.011	1.23	3.0	0.07	10.95	0.01	1.425	8.33	0.95	5.5	94.4	0.1	-3.13	0.78	0.83	4.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62499	7968	29	0	2	0	logfile
✔	7Ao8	11837	2021-12-02	2020-10-14	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10905	1350	9	0	8	0	logfile
✔	6LVF	0992	2021-12-02	2020-02-02	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12380	1586	4	0	6	0	logfile