Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7KHR	22880	2023-02-23	2020-10-21	3.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61913	8212	44	0	36	0	0	logfile
✘	6PoE	20413	2023-02-28	2019-07-03	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31812	4084	8	0	4	3	0	logfile
✘	7AA5	11690	2023-02-23	2020-09-03	4.18	4.64	—	4.4	0.006	0.92	2.0	0.04	14.67	0.00	2.119	21.41	2.04	15.1	84.7	0.2	-4.78	0.69	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19705	2448	5	0	1	0	8	logfile
✘	6BNP	7116	2023-02-22	2017-11-17	4.6	4.61	3.78	4.4	0.015	2.10	24.0	0.11	16.18	0.02	1.814	0.55	1.80	8.3	90.3	1.3	-3.94	0.48	0.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56792	7160	22	0	16	0	0	logfile
✘	6WC9	21603	2023-02-20	2020-03-30	2.64	2.43	—	2.6	0.006	0.54	0.0	0.04	15.75	0.00	1.949	3.96	2.10	3.9	96.1	0.0	-0.42	0.53	0.77	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11713	734	6	0	7	106	5904	logfile
✘	7PNK	13548	2023-02-23	2021-09-07	3.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60673	6142	74	0	250	0	0	logfile
✘	5LNK	4479	2023-02-24	2016-08-04	3.9	3.83	7.93	96.0	0.007	1.05	0.0	1.04	10.85	0.01	2.038	25.42	0.32	12.6	86.9	0.5	-4.85	0.00	0.00	-0.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63760	7918	61	0	144	0	0	logfile
✘	7T9i	25758	2023-02-24	2021-12-19	2.9	2.43	—	1.9	0.005	0.91	1.0	0.05	12.72	0.01	2.016	3.30	0.62	3.6	96.4	0.0	-0.16	0.69	0.63	2.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23529	1532	11	0	8	0	11557	logfile
✘	7UT7	26757	2023-02-22	2022-04-26	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16442	1998	12	0	8	415	0	logfile
✘	6QC5	4497	2023-02-24	2018-12-26	4.3	4.44	4.37	4.3	0.009	1.29	0.0	1.03	11.80	0.01	2.162	8.02	0.72	12.3	87.5	0.2	-4.12	0.64	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65691	8136	57	0	16	0	0	logfile
✘	8AVV	15684	2023-02-18	2022-08-27	3.4	3.53	3.39	3.5	0.008	1.38	0.0	0.08	18.27	0.01	2.580	1.80	5.03	4.7	95.1	0.2	-3.08	0.76	0.87	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7794	1010	4	0	2	0	0	logfile
✘	6KNG	0731	2023-02-18	2019-08-05	2.85	3.15	—	3.1	0.005	0.65	0.0	0.05	14.34	0.00	2.093	4.97	3.68	0.9	99.1	0.0	-2.31	0.83	0.91	4.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7749	1002	6	0	6	0	0	logfile
✘	8GWN	34317	2023-02-24	2022-09-17	3.38	3.97	3.47	3.7	0.015	1.23	0.0	0.06	18.41	0.01	1.979	38.61	14.07	23.5	75.0	1.5	-6.16	0.86	0.83	1.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21860	2655	12	52	9	0	0	logfile
✘	6XP5	22284	2023-02-23	2020-07-08	4.2	4.73	—	4.3	0.004	0.90	0.0	0.05	14.32	0.00	2.131	14.85	0.27	15.9	83.2	0.9	-5.23	0.79	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21065	2707	15	0	221	0	0	logfile
✘	6WZ9	21971	2023-02-20	2020-05-13	2.8	2.45	—	3.0	0.006	0.74	0.0	0.04	29.10	0.01	2.015	6.87	2.27	1.7	98.3	0.0	0.07	0.73	0.70	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11926	738	10	296	0	0	0	logfile
✘	7N1Y	24127	2023-02-25	2021-05-28	4.3	2.48	—	2.0	0.015	2.09	23.0	0.15	15.16	0.01	1.099	10.84	1.91	8.5	90.8	0.6	-2.82	0.78	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26636	3242	31	0	91	0	0	logfile
✘	6RDZ	4836	2023-02-21	2019-04-12	3.5	3.36	—	3.4	0.009	0.96	1.0	0.06	14.94	0.01	1.846	6.04	0.43	5.4	94.4	0.2	-4.22	0.69	0.82	2.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53720	7099	37	0	11	0	0	logfile
✘	6ZZX	11588	2023-02-22	2020-08-05	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56369	4684	68	0	403	99	0	logfile
✘	7o85	12761	2023-02-26	2021-04-14	3.3	3.50	—	3.5	0.002	0.48	0.0	0.04	13.51	0.00	1.470	7.44	0.00	3.3	96.7	0.0	-0.25	0.71	0.75	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28525	3843	28	0	14	0	0	logfile
✘	6Y5H	10697	2023-02-20	2020-02-25	3.0	3.10	3.04	3.1	0.002	0.56	0.0	0.07	14.94	0.01	2.238	2.93	0.70	4.1	95.9	0.0	-2.50	0.53	0.56	0.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11994	1470	18	0	33	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 353
• next →