cryo-EM Re-Refine

Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7CUQ	30474	2023-04-21	2020-08-24	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9834	1199	6	0	9	0	0	logfile
✘	5WVE	6690	2023-04-29	2016-12-24	4.4	4.90	—	5.1	0.008	1.34	7.0	0.08	19.34	0.01	1.493	69.05	16.86	7.1	89.5	3.4	-0.75	0.49	0.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	78605	9766	39	0	21	0	0	logfile
✘	7RR9	24656	2023-04-21	2021-08-09	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9094	1120	4	0	8	0	0	logfile
✘	7Z37	14472	2023-04-23	2022-03-01	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8CXN	27061	2023-04-21	2022-05-22	2.9	3.69	2.99	3.3	0.002	0.50	3.0	0.05	11.36	0.00	1.974	5.44	0.06	3.5	96.4	0.1	0.27	0.78	0.71	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57131	3678	9	0	30	0	27987	logfile
✘	6SW9	10320	2023-04-26	2019-09-20	4.2	5.88	4.46	3.0	0.016	1.26	0.0	0.06	18.23	0.04	1.769	31.76	0.80	19.0	80.8	0.2	-5.60	0.85	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70661	4508	47	1593	41	42	0	logfile
✘	7SY3	25515	2023-04-28	2021-11-24	2.95	3.95	—	3.2	0.005	0.82	0.0	0.06	13.42	0.01	2.278	2.67	0.00	1.9	98.1	0.0	-0.06	0.84	0.82	2.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27001	3321	26	0	62	0	0	logfile
✘	6YP7	10865	2023-04-26	2020-04-15	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71784	7002	77	0	325	0	0	logfile
✘	6SKi	10225	2023-04-20	2019-08-15	2.6	2.97	2.57	2.9	0.004	0.72	0.0	0.04	16.20	0.00	2.210	8.64	1.29	1.6	98.4	0.0	-0.80	0.63	0.83	4.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4434	569	2	0	0	0	0	logfile
✘	7A69	11667	2023-04-22	2020-08-25	3.2	3.36	—	3.3	0.014	1.06	0.0	0.18	14.34	0.00	2.042	11.79	4.42	4.7	95.2	0.1	-2.83	0.63	0.76	2.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12637	1596	4	0	9	0	0	logfile
✘	6RWN	10043	2023-04-24	2019-06-05	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18346	2076	26	86	16	8	0	logfile
✘	5A7U	3079	2023-04-19	2015-07-10	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	455	27	1	0	1	0	231	logfile
✘	7EWP	31360	2023-04-27	2021-05-25	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20179	1816	4	0	0	0	6804	logfile
✘	8E6W	27928	2023-04-25	2022-08-23	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21145	2502	13	58	18	0	53	logfile
✘	6ZJi	11234	2023-04-21	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7EZV	31391	2023-04-20	2021-06-02	3.3	3.71	—	3.5	0.005	0.71	0.0	0.05	13.54	0.01	2.034	14.66	0.75	8.4	91.3	0.3	-0.96	0.74	0.85	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4937	632	5	0	0	0	0	logfile
✘	6UZA	20954	2023-04-26	2019-11-14	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23284	2936	8	0	20	0	0	logfile
✘	6U9W	20703	2023-04-28	2019-09-09	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26919	1686	12	3	42	0	12885	logfile
✘	7Too	26033	2023-04-25	2022-01-24	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6WWZ	21950	2023-04-21	2020-05-09	3.34	3.53	—	3.5	0.014	1.77	0.0	0.09	13.13	0.00	2.318	2.07	0.10	4.4	95.6	0.0	-3.33	0.56	0.77	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9450	1211	6	0	0	0	0	logfile