Table showing results for December 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6LMK	0917	2022-12-18	2019-12-26	3.7	3.89	—	3.8	0.009	0.96	0.0	0.06	15.10	0.01	2.283	7.19	0.62	6.5	93.5	0.0	-4.19	0.68	0.82	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9240	1178	6	0	0	0	0	logfile
✘	7CWU	30488	2022-12-19	2020-08-31	3.5	3.94	—	3.5	0.008	1.04	4.0	0.07	9.80	0.01	1.089	21.65	0.25	7.5	92.4	0.1	-3.61	0.74	0.56	1.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36128	4592	33	0	46	0	0	logfile
✘	6WBX	21600	2022-12-18	2020-03-27	3.5	3.82	3.55	3.7	0.012	1.07	0.0	0.06	13.49	0.01	2.190	4.07	0.11	7.9	92.0	0.1	-5.51	0.77	0.87	3.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9170	1264	1	0	2	0	0	logfile
✘	6LiD	0904	2022-12-18	2019-12-10	2.7	2.74	—	2.7	0.007	0.99	0.0	0.06	14.33	0.01	1.890	3.70	1.96	4.8	95.1	0.1	-4.84	0.62	0.74	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17964	2162	22	0	26	246	0	logfile
✘	6YMX	10847	2022-12-22	2020-04-10	3.17	3.73	3.27	3.6	0.010	1.11	0.0	0.06	15.99	0.01	1.201	7.02	0.39	6.1	93.9	0.1	-5.84	0.76	0.85	2.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47034	5759	47	0	38	0	0	logfile
✘	6VFi	21173	2022-12-19	2020-01-05	4.54	4.63	4.54	4.5	0.018	1.47	0.0	0.09	10.93	0.01	2.449	0.53	0.00	1.3	98.7	0.0	1.21	0.74	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60925	7875	50	0	0	0	0	logfile
✘	6ZHD	11218	2022-12-18	2020-06-22	3.7	4.31	—	3.8	0.008	1.45	10.0	0.10	12.70	0.01	1.973	5.32	0.74	3.6	96.3	0.0	-0.92	0.89	0.88	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26927	3353	29	0	66	0	0	logfile
✘	6VoY	21301	2022-12-18	2020-02-01	3.7	4.09	—	4.0	0.013	1.52	30.0	0.10	24.39	0.01	1.583	35.15	0.46	2.4	97.6	0.0	-6.32	0.69	0.82	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17556	1724	16	180	6	0	0	logfile
✘	6WTi	21897	2022-12-18	2020-05-02	2.38	2.42	—	2.5	0.010	1.20	5.0	0.07	19.47	0.01	1.179	9.26	11.79	4.6	95.3	0.1	-3.48	0.60	0.74	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9980	1207	8	0	14	0	0	logfile
✘	6XZC	10658	2022-12-18	2020-02-03	3.37	3.56	3.37	3.6	0.004	0.63	0.0	0.04	12.50	0.01	2.323	2.37	3.06	1.7	98.3	0.0	-1.92	0.66	0.74	0.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13279	1694	7	0	0	0	0	logfile
✘	6LHU	0899	2022-12-18	2019-12-10	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23169	1518	2	0	0	0	11483	logfile
✔	6W1Z	21519	2022-12-22	2020-03-04	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	48536	6156	27	0	36	0	0	logfile
✘	6YXR	10995	2022-12-19	2020-05-03	3.4	3.53	3.43	3.5	0.019	2.32	2.0	0.14	19.66	0.02	1.197	27.04	0.44	4.1	95.7	0.3	-3.53	0.67	0.76	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31910	2783	20	0	194	0	0	logfile
✘	6UTF	20877	2022-12-21	2019-10-29	3.4	4.04	3.76	4.0	0.009	1.28	0.0	0.07	10.41	0.01	2.036	7.47	0.70	5.7	93.9	0.5	-3.27	0.75	0.77	1.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46494	6013	28	0	0	0	0	logfile
✘	6LHS	0896	2022-12-18	2019-12-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1456	2	0	0	0	11313	logfile
✘	6XKT	22224	2022-12-18	2020-06-27	3.75	3.88	—	3.8	0.009	0.99	1.0	0.07	13.78	0.01	1.732	26.25	0.08	16.5	83.1	0.4	-4.20	0.75	0.79	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13079	1678	12	0	8	0	0	logfile
✘	6UD3	20731	2022-12-18	2019-09-18	3.5	4.06	3.46	3.8	0.018	1.60	0.0	0.11	11.84	0.01	2.293	7.52	0.00	4.6	95.4	0.0	-1.90	0.79	0.78	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14346	1765	10	0	6	0	0	logfile
✔	6U5B	20643	2022-12-19	2019-08-27	3.5	3.46	—	3.4	0.005	0.95	0.0	0.06	10.09	0.01	2.206	5.76	0.17	8.9	91.1	0.0	-5.11	0.63	0.81	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	103392	13608	60	0	0	0	0	logfile
✘	6XZR	10666	2022-12-19	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6TRA	10557	2022-12-18	2019-12-18	2.85	3.02	—	3.0	0.006	0.96	0.0	0.04	18.82	0.02	1.225	8.56	0.05	4.7	95.3	0.0	-3.41	0.73	0.83	4.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25197	2283	33	0	134	217	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 443
• next →