Table showing results for November 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6HiQ	0227	2023-11-16	2018-08-30	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16110	1925	20	0	30	0	0	logfile
✘	7KSQ	23023	2023-11-22	2020-11-23	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36553	3347	42	0	219	45	0	logfile
✘	6N2Y	9333	2023-11-21	2018-11-14	3.0	3.23	2.99	3.2	0.009	1.19	14.0	0.07	10.48	0.01	0.765	8.98	0.40	3.4	96.5	0.1	-2.50	0.62	0.74	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35043	4696	27	0	26	0	0	logfile
✘	6UXA	20931	2023-11-15	2019-11-07	4.5	5.05	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.628	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.71	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	6YLF	10837	2023-11-17	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6oMB	20124	2023-11-18	2019-04-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21815	2775	11	0	48	0	0	logfile
✘	6Z16	11027	2023-11-20	2020-05-12	2.98	2.98	—	3.1	0.008	1.13	0.0	0.06	12.51	0.01	2.238	3.49	0.10	4.5	95.5	0.0	-2.64	0.73	0.83	3.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30250	3744	24	0	30	0	0	logfile
✘	8A5E	15166	2023-11-16	2022-06-14	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13611	1769	8	0	19	0	0	logfile
✘	7YPA	33997	2023-11-19	2022-08-03	3.05	3.16	3.05	3.1	0.003	0.59	0.0	0.04	14.85	0.01	2.191	3.02	0.08	3.1	96.9	0.0	-3.59	0.76	0.81	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26022	3129	10	86	3	0	0	logfile
✘	6G1K	4339	2023-11-18	2018-03-21	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21428	2592	8	0	8	0	0	logfile
✘	7X28	32961	2023-11-22	2022-02-25	2.49	2.72	—	1.8	0.013	1.52	5.0	0.11	13.24	0.00	1.606	7.72	7.98	2.7	97.0	0.2	2.21	0.57	0.40	0.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31583	4119	7	0	0	0	0	logfile
✘	7D44	30569	2023-11-19	2020-09-22	4.0	4.14	—	4.0	0.006	0.86	0.0	0.05	14.78	0.00	2.049	20.50	0.28	16.3	83.6	0.1	-5.25	0.80	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28391	3825	12	0	0	0	0	logfile
✘	7DK4	30702	2023-11-21	2020-11-23	3.8	3.20	—	3.4	0.003	0.55	0.0	0.04	7.92	0.00	2.106	1.33	0.15	2.8	97.2	0.0	-3.26	0.58	0.47	1.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34707	4470	9	0	0	0	0	logfile
✘	3JC6	6534	2023-11-18	2015-11-24	3.7	4.01	—	3.9	0.009	1.54	0.0	0.06	12.91	0.01	1.203	39.73	0.87	9.8	89.0	1.1	-3.87	0.79	0.76	1.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23732	2953	12	0	1	0	0	logfile
✘	7VPD	32063	2023-11-20	2021-10-15	3.77	4.04	3.88	3.9	0.005	0.79	0.0	0.05	20.10	0.01	1.979	6.99	0.44	3.6	96.4	0.0	-0.05	0.82	0.73	1.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30924	3531	14	168	9	0	0	logfile
✘	7YYo	14385	2023-11-21	2022-02-18	2.87	3.03	—	3.0	0.026	1.42	0.0	0.05	20.68	0.01	2.025	12.73	12.83	5.7	94.3	0.0	-4.07	0.82	0.82	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35136	4424	24	0	16	0	0	logfile
✘	7DEG	30657	2023-11-15	2020-11-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12852	1520	12	0	18	0	0	logfile
✘	7L6o	23124	2023-11-20	2020-12-23	3.9	4.18	3.92	3.9	0.016	2.00	2.0	0.12	14.17	0.02	2.534	0.23	0.70	8.2	91.1	0.7	-1.91	0.83	0.80	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29270	1776	51	0	132	0	13598	logfile
✘	6PTJ	20471	2023-11-21	2019-07-15	3.8	4.13	—	4.0	0.008	1.12	1.0	0.06	14.87	0.01	2.011	6.46	0.39	10.6	89.2	0.2	-5.32	0.86	0.82	1.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34361	4280	14	0	0	0	0	logfile
✘	6Z5R	11080	2023-11-19	2020-05-27	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25048	2336	72	0	105	3	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 528
• next →