Table showing results for April 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	2XEA	1730	2022-04-05	2010-05-12	4.6	4.10	—	4.2	0.012	2.12	0.0	0.12	20.46	0.02	1.226	161.74	3.68	8.6	90.1	1.3	-3.51	0.39	0.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62671	7546	98	147	0	0	0	logfile
✘	5i68	8072	2022-04-09	2016-02-16	3.37	3.45	—	3.5	0.009	1.47	0.0	0.08	10.36	0.01	1.419	25.74	1.25	5.2	94.8	0.0	-0.41	0.73	0.80	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42016	5296	8	0	16	0	0	logfile
✘	6Mi8	9126	2022-04-04	2018-09-19	4.3	4.20	—	4.2	0.007	1.17	0.0	0.07	11.58	0.01	1.262	6.40	0.13	8.8	91.2	0.0	-5.13	0.56	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7139	911	6	0	2	0	0	logfile
✘	5NUG	3698	2022-04-09	2017-04-30	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46232	5840	4	0	10	0	0	logfile
✘	5ZCS	6913	2022-04-09	2018-02-20	4.9	5.50	—	6.9	0.003	0.77	0.0	0.05	9.66	0.01	2.281	3.31	0.05	5.6	94.3	0.1	-5.28	0.85	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49176	6644	8	0	278	0	0	logfile
✘	6JEo	9807	2022-04-08	2019-02-06	3.3	3.44	—	3.4	0.009	1.07	0.0	0.06	18.06	0.02	1.212	7.49	0.24	4.8	95.2	0.0	-5.26	0.73	0.81	4.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	94576	8774	88	0	504	0	0	logfile
✘	6Ri5	4884	2022-04-07	2019-04-23	3.3	3.42	—	3.3	0.016	1.15	6.0	0.07	16.12	0.01	1.267	4.37	1.01	9.6	90.2	0.2	-4.60	0.82	0.81	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	130139	7034	54	3424	217	0	0	logfile
✘	6RHZ	4883	2022-04-08	2019-04-23	3.2	3.48	3.18	3.4	0.008	1.05	0.0	0.10	19.78	0.02	1.172	4.63	0.00	3.7	96.2	0.1	-3.89	0.70	0.76	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53055	2783	20	0	193	0	21167	logfile
✘	5MDV	3489	2022-04-13	2016-11-13	2.97	3.05	2.97	3.0	0.008	1.26	22.0	0.10	16.60	0.02	1.257	3.21	7.74	4.9	94.7	0.4	-1.77	0.79	0.88	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	149892	6382	67	4638	442	2	0	logfile
✘	6PP5	20419	2022-04-08	2019-07-05	3.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32118	2063	13	0	18	0	16112	logfile
✘	6G2H	4343	2022-04-09	2018-03-23	4.6	4.69	—	4.5	0.013	1.94	46.0	0.11	13.54	0.01	1.921	14.03	2.29	8.3	91.0	0.7	-3.04	0.79	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	103896	6454	6	0	0	0	51852	logfile
✘	6R93	4767	2022-04-06	2019-04-02	4.0	4.29	—	4.1	0.010	1.48	2.0	0.10	28.49	0.01	1.600	2.04	0.00	2.5	97.0	0.5	0.30	0.78	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22961	775	10	290	0	0	10123	logfile
✘	6PP7	20421	2022-04-08	2019-07-05	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32499	2081	13	0	25	0	16296	logfile
✘	6J5T	0680	2022-04-04	2019-01-12	3.4	3.94	—	3.0	0.009	1.20	0.0	0.07	11.49	0.01	1.182	7.02	0.59	11.3	88.4	0.3	-4.25	0.83	0.67	0.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53488	6640	25	0	15	0	0	logfile
✘	6FBS	4225	2022-04-05	2017-12-19	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13421	1665	5	8	3	0	0	logfile
✘	6SGA	10177	2022-04-09	2019-08-03	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137038	15423	77	463	790	0	0	logfile
✘	6MU2	9244	2022-04-09	2018-10-22	3.9	4.63	—	4.5	0.012	2.05	157.0	0.17	15.10	0.01	1.078	53.92	14.66	11.0	87.3	1.7	-1.58	0.70	0.68	0.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51404	8680	4	0	0	0	0	logfile
✘	6PoD	20412	2022-04-04	2019-07-03	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53637	3427	20	0	25	0	26898	logfile
✘	6oo3	20143	2022-04-06	2019-04-22	2.9	3.02	2.79	3.0	0.014	1.22	0.0	0.06	9.99	0.01	2.495	2.15	0.00	3.1	96.9	0.0	-2.84	0.68	0.85	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18236	2404	8	0	4	0	0	logfile
✘	6oo5	20146	2022-04-06	2019-04-22	4.2	4.30	4.10	4.2	0.012	1.05	0.0	0.06	9.23	0.01	2.246	3.18	0.00	4.5	95.5	0.0	-2.74	0.65	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17548	2440	8	0	4	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 366
• next →