Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7XLQ	33285	2023-04-25	2022-04-22	3.1	3.36	3.17	3.4	0.006	0.85	0.0	0.05	14.86	0.01	2.117	12.12	0.33	8.0	91.9	0.1	-3.52	0.65	0.81	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20132	2436	8	0	33	0	0	logfile
✘	7VFU	31959	2023-04-25	2021-09-13	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19946	2409	9	0	41	0	0	logfile
✘	8DJM	27461	2023-04-20	2022-07-01	3.23	3.66	3.31	3.6	0.029	1.53	2.0	1.04	15.98	0.00	1.844	8.23	0.82	3.7	96.3	0.0	-2.26	0.49	0.75	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7032	862	7	0	8	0	0	logfile
✘	8DJK	27460	2023-04-20	2022-06-30	3.33	3.77	3.32	3.7	0.029	1.52	1.0	1.03	15.27	0.01	1.327	7.25	0.82	5.0	95.0	0.0	-1.84	0.48	0.73	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7091	870	7	0	8	0	0	logfile
✘	7AoD	11841	2023-04-21	2020-10-14	4.5	4.61	—	4.5	0.007	0.89	0.0	0.05	14.84	0.01	1.858	27.36	1.95	10.7	88.9	0.3	-4.20	0.79	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59256	7466	34	0	12	0	0	logfile
✘	6ZWo	11492	2023-04-27	2020-07-28	3.0	3.30	3.09	3.2	0.004	0.58	0.0	0.04	14.53	0.00	2.167	6.24	1.26	3.7	96.3	0.0	-2.70	0.70	0.84	1.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24994	3126	7	0	5	0	0	logfile
✘	7KU7	23035	2023-04-23	2020-11-24	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15666	1807	16	68	8	0	0	logfile
✘	8DAD	27270	2023-04-20	2022-06-13	3.85	4.05	3.91	4.0	0.004	0.83	1.0	0.05	15.94	0.01	2.238	16.32	0.63	5.0	95.0	0.0	-0.96	0.65	0.73	1.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3255	424	5	0	4	0	0	logfile
✘	7THE	25893	2023-04-20	2022-01-10	3.87	4.06	3.94	4.0	0.013	1.88	0.0	0.11	13.73	0.02	2.548	0.15	0.00	8.2	91.8	0.0	-2.01	0.67	0.75	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3305	423	4	0	1	0	0	logfile
✘	7VFV	31960	2023-04-25	2021-09-13	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19776	2383	8	0	40	0	0	logfile
✘	7ZES	14692	2023-04-22	2022-03-31	3.1	3.32	3.11	3.4	0.005	0.61	0.0	0.04	13.69	0.01	1.966	5.90	0.00	2.3	97.7	0.0	0.35	0.75	0.82	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13538	1654	6	10	4	0	0	logfile
✘	7YR5	34046	2023-04-20	2022-08-08	3.63	3.97	3.62	3.9	0.005	0.81	0.0	0.05	13.92	0.00	2.250	8.97	0.00	5.5	94.5	0.0	-0.05	0.57	0.78	1.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4828	622	2	0	0	0	0	logfile
✘	7YKJ	33892	2023-04-20	2022-07-22	3.5	3.71	3.62	3.7	0.013	1.78	1.0	0.09	15.54	0.04	1.761	8.58	2.98	6.6	92.2	1.1	-2.51	0.51	0.72	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4811	626	4	0	0	0	0	logfile
✘	6UiW	20789	2023-04-26	2019-10-01	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23617	3234	22	0	11	0	0	logfile
✘	7PSL	13613	2023-04-21	2021-09-23	3.3	3.77	—	3.7	0.006	0.65	0.0	0.04	14.91	0.00	2.258	5.27	0.00	3.9	96.1	0.0	-3.04	0.61	0.76	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9612	1200	4	0	4	0	0	logfile
✘	7XVF	33485	2023-04-22	2022-05-22	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13625	1554	8	0	42	0	0	logfile
✘	7FBS	31519	2023-04-21	2021-07-12	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9274	1118	1	0	17	0	0	logfile
✘	7XVE	33484	2023-04-22	2022-05-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13659	1569	8	0	42	0	0	logfile
✘	8EoS	28466	2023-04-27	2022-10-04	3.1	3.84	3.11	3.5	0.005	0.57	0.0	0.04	14.88	0.00	1.840	20.11	3.59	5.2	94.7	0.2	-0.81	0.90	0.89	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25606	3069	11	87	5	0	0	logfile
✘	8EoE	28373	2023-04-27	2022-10-03	3.2	3.93	3.21	3.5	0.003	0.63	0.0	0.05	22.19	0.01	1.984	5.34	17.34	9.0	90.4	0.5	-3.14	0.88	0.86	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25301	3030	10	88	3	0	0	logfile

• Page 1 of 372
• next →