Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7CUM	30472	2023-04-26	2020-08-23	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22214	1358	4	0	19	0	10852	logfile
✘	6SJE	10215	2023-04-26	2019-08-13	4.1	4.27	—	4.1	0.003	0.59	0.0	0.04	13.69	0.01	2.264	4.40	3.06	2.1	97.9	0.0	-3.60	0.82	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24115	2847	4	68	0	0	0	logfile
✘	7XQi	33397	2023-04-21	2022-05-07	3.7	4.27	3.41	4.0	0.006	0.72	0.0	0.04	14.16	0.00	2.304	5.68	2.27	2.1	97.9	0.0	-2.27	0.76	0.86	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9582	1176	6	0	0	0	0	logfile
✘	7WYX	32897	2023-04-26	2022-02-16	3.4	3.47	—	3.5	0.011	1.35	0.0	0.07	19.01	0.01	1.893	10.48	10.43	8.3	91.0	0.7	-3.31	0.74	0.80	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22714	2654	22	0	78	6	0	logfile
✘	7L2i	23129	2023-04-24	2020-12-17	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17432	2124	8	0	4	0	0	logfile
✘	7AoC	11840	2023-04-29	2020-10-14	3.84	3.91	—	3.9	0.007	0.88	0.0	0.05	15.05	0.01	1.929	15.82	0.33	11.2	88.5	0.3	-4.08	0.70	0.81	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29724	3746	17	0	6	0	0	logfile
✘	7VZG	32228	2023-04-26	2021-11-16	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22458	2402	25	0	119	6	0	logfile
✘	7VB7	31874	2023-04-29	2021-08-30	2.4	2.41	—	2.4	0.007	0.77	1.0	0.05	16.42	0.01	1.988	6.35	1.28	3.0	96.9	0.1	0.48	0.76	0.90	5.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29279	3543	45	0	19	736	0	logfile
✘	7N62	24192	2023-04-20	2021-06-07	4.0	3.42	—	3.9	0.006	0.82	0.0	0.05	13.98	0.01	2.203	21.20	0.00	14.9	85.1	0.0	-2.74	0.73	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5613	712	4	0	5	0	0	logfile
✘	6XZD	10659	2023-04-22	2020-02-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6JP8	9867	2023-04-26	2019-03-26	2.7	2.51	—	2.6	0.013	1.48	8.0	0.12	14.01	0.01	1.877	25.96	6.07	7.2	92.3	0.5	-4.05	0.38	0.52	1.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21801	2694	14	0	29	0	0	logfile
✘	7UAE	26422	2023-04-20	2022-03-12	2.6	2.71	2.62	2.3	0.012	1.76	2.0	0.10	12.76	0.02	2.282	0.11	0.00	3.9	96.1	0.0	-0.18	0.66	0.87	6.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4513	535	7	0	18	0	0	logfile
✘	7VZR	32229	2023-04-25	2021-11-16	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21354	2266	22	0	117	6	0	logfile
✘	8A6T	15212	2023-04-25	2022-06-19	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21132	2704	12	0	28	0	0	logfile
✘	7NKZ	12451	2023-04-20	2021-02-19	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6424	792	4	0	5	42	0	logfile
✘	7F73	31484	2023-04-20	2021-06-27	4.0	4.29	3.95	4.3	0.007	1.07	0.0	0.06	15.26	0.00	2.247	11.96	4.10	3.1	96.9	0.0	0.17	0.57	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4934	586	2	0	0	0	0	logfile
✘	7VZB	32224	2023-04-21	2021-11-15	3.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9524	1170	4	0	4	0	0	logfile
✘	8CVP	27012	2023-04-21	2022-05-18	3.4	3.75	3.50	3.7	0.003	0.58	0.0	0.04	13.05	0.00	2.231	4.87	0.12	6.1	93.8	0.1	-1.69	0.69	0.74	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10112	1484	2	0	1	0	0	logfile
✘	8EL7	28223	2023-04-20	2022-09-23	2.8	3.11	2.95	3.1	0.006	0.61	0.0	0.04	13.13	0.00	2.295	2.43	0.00	1.7	98.3	0.0	0.97	0.57	0.80	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4562	604	2	0	0	5	0	logfile
✘	6NT3	0500	2023-04-21	2019-01-28	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10934	1278	5	0	20	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 372
• next →