cryo-EM Re-Refine

Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7oFQ	12875	2023-08-20	2021-05-05	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	80691	9493	90	0	849	0	0	logfile
✘	7ZDC	14642	2023-08-11	2022-03-29	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8960	1147	2	0	3	0	0	logfile
✘	7EJ8	31156	2023-08-10	2021-04-01	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1100	6	0	1	0	0	logfile
✘	8F6P	28887	2023-08-15	2022-11-16	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17507	1091	4	0	34	0	8229	logfile
✘	8C8Q	16491	2023-08-13	2023-01-20	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14787	1798	17	0	37	0	0	logfile
✘	6oo4	20145	2023-08-15	2019-04-22	3.3	3.45	3.23	3.5	0.013	1.10	0.0	0.06	9.30	0.01	1.858	2.96	0.00	3.4	96.6	0.0	-2.86	0.47	0.64	4.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18452	2440	8	0	4	0	0	logfile
✘	7YJ4	33871	2023-08-11	2022-07-19	3.19	3.39	3.21	3.4	0.004	0.67	0.0	0.05	14.73	0.01	2.175	9.63	1.55	5.5	94.4	0.1	-0.72	0.60	0.73	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8985	1154	7	0	0	0	0	logfile
✘	7SAX	24958	2023-08-09	2021-09-23	3.0	2.60	2.97	3.0	0.007	0.66	0.0	0.04	13.54	0.00	2.174	5.46	0.00	3.3	96.7	0.0	1.22	0.58	0.85	2.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5305	689	7	0	0	0	0	logfile
✘	7XK2	33241	2023-08-10	2022-04-19	3.1	3.31	3.13	3.3	0.006	1.03	0.0	0.06	16.71	0.01	2.251	6.29	0.32	6.7	93.3	0.0	-2.41	0.64	0.76	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8791	1128	6	0	1	0	0	logfile
✘	8DNC	27563	2023-08-12	2022-07-11	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10672	1300	6	0	5	0	0	logfile
✘	7VKT	32018	2023-08-11	2021-10-01	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9100	1143	6	0	6	7	0	logfile
✘	5ZGB	6929	2023-08-23	2018-03-08	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35011	3102	31	0	215	0	0	logfile
✘	6VAF	21139	2023-08-20	2019-12-17	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41243	2429	5	58	0	0	20677	logfile
✘	6PSW	20466	2023-08-22	2019-07-13	3.7	3.46	—	3.5	0.008	0.89	0.0	0.05	18.69	0.00	1.987	42.40	0.40	11.4	88.4	0.2	-4.03	0.69	0.78	1.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32695	3831	13	124	6	0	0	logfile
✘	7EW0	31343	2023-08-12	2021-05-24	3.42	4.10	—	4.1	0.003	0.63	0.0	0.04	14.13	0.00	2.087	6.86	0.71	2.9	97.1	0.0	-1.47	0.59	0.76	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8987	1142	6	0	1	0	0	logfile
✘	8DKU	27491	2023-08-12	2022-07-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10644	1300	5	0	3	0	0	logfile
✘	6CNA	7529	2023-08-16	2018-03-07	4.6	5.89	—	5.8	0.007	0.93	0.0	0.05	8.64	0.01	2.021	26.55	0.00	9.7	90.1	0.3	-4.80	0.57	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	3160	14	0	22	0	0	logfile
✘	6LHU	0899	2023-08-17	2019-12-10	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23169	1518	2	0	0	0	11483	logfile
✘	6H3i	0133	2023-08-16	2018-07-18	3.5	3.59	—	3.5	0.009	0.92	0.0	0.05	10.08	0.01	2.012	39.59	0.40	21.4	78.4	0.2	-5.64	0.78	0.86	4.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20599	2597	3	0	0	0	53	logfile
✘	7UTA	26764	2023-08-18	2022-04-26	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24323	3068	20	0	22	55	0	logfile