Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8CSR	26968	2023-02-27	2022-05-13	2.54	2.48	2.56	2.6	0.004	0.65	0.0	0.38	14.52	0.01	1.910	2.68	0.00	1.7	98.3	0.0	1.19	0.72	0.78	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69868	6354	42	854	43	46	0	logfile
✘	7W92	32359	2023-02-25	2021-12-09	3.1	2.79	—	3.3	0.003	0.67	0.0	0.05	13.05	0.01	2.306	2.89	0.11	3.7	96.3	0.0	-4.34	0.80	0.76	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25071	3206	3	0	0	0	0	logfile
✘	7LQW	23490	2023-02-25	2021-02-15	4.47	7.28	4.96	4.6	0.002	0.77	1.0	0.05	13.42	0.00	0.911	5.63	0.12	4.6	95.4	0.1	-1.27	0.78	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25332	3374	8	0	26	0	0	logfile
✘	5WP6	8871	2023-02-26	2017-08-03	3.8	4.03	—	3.8	0.062	4.81	0.0	0.06	10.88	0.01	2.083	3.10	0.30	6.7	93.3	0.0	-3.61	0.70	0.83	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29036	3908	8	0	8	0	0	logfile
✘	7VAV	31866	2023-02-27	2021-08-30	2.8	2.66	3.31	3.2	0.002	0.49	0.0	0.04	13.26	0.00	2.035	3.96	0.00	1.5	98.5	0.0	1.80	0.63	0.80	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29520	3787	14	0	4	0	0	logfile
✘	7NVL	12605	2023-02-25	2021-03-15	2.5	2.63	2.55	2.6	0.005	0.78	0.0	0.05	16.49	0.00	1.915	8.72	1.56	3.2	96.7	0.0	-2.02	0.60	0.73	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66477	8626	50	0	48	27	0	logfile
✘	7LiA	23365	2023-02-17	2021-01-26	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6279	767	5	0	27	0	0	logfile
✘	6BPZ	7128	2023-02-23	2017-11-27	3.8	3.99	—	3.8	0.010	1.55	0.0	0.08	11.48	0.01	2.260	3.97	0.14	7.9	91.8	0.2	-4.66	0.55	0.66	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21453	2523	3	0	177	0	0	logfile
✘	7AMY	11827	2023-02-25	2020-10-09	3.75	3.87	3.71	3.8	0.010	0.89	0.0	0.05	14.93	0.00	2.177	20.18	0.66	13.8	85.9	0.3	-5.40	0.82	0.86	1.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24849	3177	9	0	0	0	0	logfile
✘	7Li9	23364	2023-02-17	2021-01-26	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6174	767	5	0	13	0	0	logfile
✘	8DDT	27341	2023-02-28	2022-06-18	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32229	3872	12	0	81	0	0	logfile
✘	7WST	32766	2023-02-19	2022-02-01	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9438	1202	4	0	8	0	0	logfile
✘	7U5U	26359	2023-02-23	2022-03-02	3.16	3.37	3.21	3.4	0.007	0.88	0.0	0.06	15.34	0.01	2.279	5.12	0.00	5.5	94.5	0.0	-5.67	0.67	0.77	3.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10035	1283	2	0	0	0	0	logfile
✘	7Q9K	13872	2023-02-26	2021-11-12	4.5	7.17	—	4.5	0.004	0.85	1.0	0.05	11.02	0.01	1.447	5.50	0.44	3.7	95.9	0.4	0.13	0.82	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27225	3388	25	0	60	0	0	logfile
✘	6UZA	20954	2023-02-24	2019-11-14	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23284	2936	8	0	20	0	0	logfile
✘	7MGW	23830	2023-02-17	2021-04-13	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6223	765	5	0	18	0	0	logfile
✘	7SPi	24771	2023-02-22	2021-11-02	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	5Y88	6817	2023-02-28	2017-08-20	3.46	3.56	—	3.5	0.011	1.45	25.0	0.11	15.50	0.01	1.112	25.55	5.35	6.2	92.6	1.2	-2.93	0.54	0.64	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72347	9113	50	337	14	0	0	logfile
✘	7N1Y	24127	2023-02-25	2021-05-28	4.3	2.48	—	2.0	0.015	2.09	23.0	0.15	15.16	0.01	1.099	10.84	1.91	8.5	90.8	0.6	-2.82	0.78	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26636	3242	31	0	91	0	0	logfile
✘	8GWN	34317	2023-02-24	2022-09-17	3.38	3.97	3.47	3.7	0.015	1.23	0.0	0.06	18.41	0.01	1.979	38.61	14.07	23.5	75.0	1.5	-6.16	0.86	0.83	1.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21860	2655	12	52	9	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 353
• next →