cryo-EM Re-Refine

Table showing results for September 2021

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6RM3	4935	2021-09-02	2019-05-05	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6JLU	9839	2021-09-07	2019-03-06	3.02	3.12	—	3.2	0.013	1.58	11.0	0.07	15.36	0.01	1.177	12.86	0.10	8.6	90.9	0.5	-4.89	0.64	0.73	2.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	102777	9704	128	0	820	1	0	logfile
✘	3JB8	6382	2021-09-18	2015-08-04	3.6	3.59	—	96.0	0.011	1.54	0.0	0.07	11.99	0.01	0.235	173.86	4.85	9.9	87.9	2.2	-2.92	0.00	0.00	0.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	245880	33000	180	0	0	0	0	logfile
✘	5XNM	6742	2021-09-06	2017-05-23	3.2	3.28	—	3.3	0.010	1.40	0.0	0.07	15.91	0.02	1.205	9.85	0.03	2.3	97.7	0.0	-2.60	0.71	0.82	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	92842	8712	90	0	486	0	0	logfile
✘	6FN1	4281	2021-09-03	2018-02-02	3.58	3.73	—	3.7	0.009	1.31	0.0	0.17	12.37	0.01	2.115	8.15	0.58	6.4	93.4	0.2	-3.97	0.67	0.77	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12739	1627	4	0	5	0	0	logfile
✘	6N7R	0361	2021-09-05	2018-11-28	3.2	3.34	—	3.3	0.017	1.37	6.0	0.08	15.58	0.01	1.205	6.55	4.50	4.8	94.8	0.4	-2.74	0.75	0.84	3.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35750	2908	19	568	91	0	0	logfile
✘	6DQV	7984	2021-09-06	2018-06-11	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	140358	8752	8	0	8	0	70218	logfile
✘	6DR2	7988	2021-09-06	2018-06-11	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139084	8764	8	0	12	0	69544	logfile
✘	6DQJ	7978	2021-09-06	2018-06-11	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	138477	8724	8	0	4	0	69265	logfile
✘	6F2S	4174	2021-09-06	2017-11-27	3.3	3.35	—	3.3	0.007	1.13	10.0	0.09	16.39	0.00	1.661	2.42	1.03	5.3	94.4	0.4	-3.00	0.59	0.66	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	191700	21760	220	760	0	0	0	logfile
✘	6SNH	10257	2021-09-03	2019-08-24	3.9	4.16	—	3.9	0.008	1.23	1.0	0.06	14.97	0.00	2.181	19.29	1.49	11.0	88.9	0.1	-4.30	0.65	0.71	2.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7315	918	4	0	1	1	0	logfile
✘	5XNL	6741	2021-09-07	2017-05-23	2.7	2.75	—	2.8	0.012	1.34	0.0	0.07	15.85	0.02	1.207	10.13	0.08	2.1	97.9	0.0	-3.12	0.55	0.78	3.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	98986	9364	136	0	490	1076	0	logfile
✘	6FYY	4328	2021-09-07	2018-03-12	3.02	3.15	3.10	3.1	0.007	1.33	57.0	0.10	20.55	0.01	0.817	7.34	10.74	8.2	89.1	2.7	-1.95	0.63	0.83	1.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	104316	8066	54	1885	201	0	0	logfile
✘	5UYM	8617	2021-09-12	2017-02-24	3.2	4.16	3.27	3.2	0.007	1.00	0.0	0.08	13.54	0.01	1.236	12.37	1.17	11.5	86.5	2.0	-5.21	0.91	0.82	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	154139	6476	72	4810	386	0	0	logfile
✘	6J6Q	0692	2021-09-05	2019-01-15	3.7	3.85	—	3.7	0.008	0.99	0.0	0.06	14.74	0.01	1.463	18.04	2.93	4.9	94.2	0.9	-3.65	0.62	0.66	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	80535	9167	50	549	15	0	0	logfile
✘	5UYP	8619	2021-09-12	2017-02-24	3.9	4.42	4.29	3.6	0.007	1.06	0.0	0.09	13.91	0.01	1.220	12.94	1.57	14.3	82.6	3.1	-5.15	0.87	0.79	0.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	153780	6476	63	4811	1	0	0	logfile
✘	5UYN	8618	2021-09-12	2017-02-24	4.0	4.51	4.60	3.6	0.007	1.02	0.0	0.09	13.78	0.01	1.221	13.11	1.31	13.9	83.2	2.9	-5.06	0.86	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	153717	6474	60	4809	1	0	0	logfile
✘	6o96	0652	2021-09-03	2019-03-13	3.5	4.31	3.61	3.9	0.011	1.03	0.0	0.06	27.31	0.01	2.207	4.89	0.41	4.8	95.2	0.0	-4.03	0.83	0.79	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15194	1162	13	292	0	0	0	logfile
✘	6AZ1	7024	2021-09-05	2017-09-09	2.7	3.09	—	3.1	0.010	1.16	0.0	0.06	17.31	0.01	1.149	5.29	1.36	6.0	93.9	0.1	-3.90	0.53	0.81	4.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	80594	4810	66	1999	32	262	0	logfile
✘	6DQS	7983	2021-09-06	2018-06-11	4.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139314	8750	8	0	8	0	69639	logfile