Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7L20	23121	2023-07-04	2020-12-15	3.15	3.39	—	3.4	0.007	0.87	0.0	0.05	16.21	0.01	0.505	10.97	0.84	7.3	92.2	0.5	-3.38	0.69	0.79	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	110234	9454	67	1583	171	0	0	logfile
✘	7SPC	24770	2023-07-14	2021-11-02	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	5TAT	8384	2023-07-08	2016-09-10	4.8	5.01	5.79	4.8	0.004	0.87	0.0	0.05	9.77	0.01	1.373	4.75	0.35	9.4	90.5	0.1	-4.89	0.78	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	121452	13500	12	0	3716	0	0	logfile
✘	6JiU	9836	2023-07-05	2019-02-23	4.2	4.52	—	4.2	0.006	1.01	9.0	0.05	15.68	0.01	2.218	10.69	0.51	10.3	89.5	0.2	-5.44	0.78	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	112212	14684	20	0	24	0	0	logfile
✘	7ZEC	14689	2023-07-05	2022-03-30	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8987	1148	2	0	3	0	0	logfile
✘	6K61	9918	2023-07-20	2019-05-31	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49283	4542	44	0	259	0	0	logfile
✘	6AHD	9624	2023-07-14	2018-08-17	3.8	3.84	—	3.7	0.011	1.38	2.0	0.12	13.79	0.01	1.805	14.26	2.52	7.4	91.7	0.9	-3.55	0.51	0.52	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	85302	14082	65	531	3	0	0	logfile
✘	6Jii	9834	2023-07-06	2019-02-21	4.2	4.38	—	4.1	0.008	1.12	0.0	0.06	11.41	0.01	2.208	7.63	0.57	11.2	88.4	0.4	-4.07	0.78	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115028	15012	16	0	16	0	0	logfile
✘	6BPZ	7128	2023-07-10	2017-11-27	3.8	3.99	—	3.8	0.010	1.55	0.0	0.08	11.48	0.01	2.260	3.97	0.14	7.9	91.8	0.2	-4.66	0.55	0.66	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21453	2523	3	0	177	0	0	logfile
✘	7NVL	12605	2023-07-07	2021-03-15	2.5	2.63	2.55	2.6	0.005	0.78	0.0	0.05	16.49	0.00	1.915	8.72	1.56	3.2	96.7	0.0	-2.02	0.60	0.73	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66477	8626	50	0	48	27	0	logfile
✘	6JH6	9825	2023-07-04	2019-02-17	4.8	5.31	—	4.8	0.006	1.07	1.0	0.05	11.37	0.01	2.197	12.11	0.58	10.8	88.9	0.3	-4.03	0.79	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	108924	14244	12	0	8	0	0	logfile
✘	6VRL	21370	2023-07-04	2020-02-07	3.8	3.98	4.22	3.9	0.003	0.61	0.0	0.04	14.10	0.00	2.159	10.65	0.00	4.9	95.1	0.0	-3.12	0.49	0.69	1.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6141	764	4	0	4	0	0	logfile
✘	6iCZ	9645	2023-07-17	2018-09-07	3.0	3.12	—	3.1	0.015	1.44	14.0	0.10	13.30	0.01	1.549	8.29	1.39	5.8	93.4	0.8	-2.81	0.53	0.64	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	97900	14175	58	418	19	0	0	logfile
✘	6PLT	20375	2023-07-07	2019-07-01	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14445	1725	15	0	60	0	0	logfile
✘	7SPB	24769	2023-07-04	2021-11-02	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	5YLZ	6839	2023-07-12	2017-10-20	3.6	3.71	—	3.7	0.013	1.68	60.0	0.11	15.90	0.01	1.581	22.37	4.17	11.6	86.4	2.0	-4.62	0.55	0.59	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	76247	9095	49	373	14	0	0	logfile
✘	5GMK	9525	2023-07-12	2016-07-14	3.4	3.52	—	3.5	0.012	1.25	16.0	0.07	13.99	0.01	1.378	19.35	2.77	7.7	91.2	1.0	-3.71	0.47	0.53	1.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	75273	8026	51	404	981	0	0	logfile
✘	5YZG	6864	2023-07-19	2017-12-14	4.1	4.23	4.20	4.1	0.016	1.80	42.0	0.12	16.14	0.01	1.129	26.62	8.31	4.8	93.5	1.7	-1.79	0.57	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	103906	15211	63	408	19	0	0	logfile
✘	7JMG	22393	2023-07-08	2020-07-31	4.5	7.15	—	4.3	0.005	0.93	0.0	0.05	9.82	0.01	1.373	7.38	0.27	10.3	89.6	0.1	-4.77	0.57	0.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	120756	13500	12	0	3608	0	0	logfile
✘	7VFS	31958	2023-07-09	2021-09-13	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19764	2383	8	0	41	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 500
• next →