cryo-EM Re-Refine

Table showing results for July 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6DZZ	8943	2022-07-03	2018-07-05	3.6	4.03	4.12	4.1	0.003	0.77	0.0	0.05	9.32	0.01	1.329	4.25	0.16	6.0	94.0	0.0	-5.28	0.42	0.68	1.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6141	768	4	0	4	0	0	logfile
✘	6DRA	7991	2022-07-07	2018-06-11	3.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139084	8764	8	0	12	0	69544	logfile
✘	6PK4	20354	2022-07-04	2019-06-28	3.5	4.11	—	4.0	0.009	1.37	12.0	0.09	11.19	0.01	1.106	11.65	1.44	7.5	91.6	0.9	-4.81	0.69	0.77	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17876	2236	8	0	8	0	0	logfile
✘	3JAU	6366	2022-07-04	2015-06-24	4.8	4.76	—	5.7	0.027	2.66	660.0	0.16	14.74	0.02	1.686	11.51	1.90	4.6	94.1	1.3	-2.16	0.21	0.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	114900	14700	180	0	0	0	0	logfile
✘	6JPA	9868	2022-07-05	2019-03-26	2.6	2.76	—	2.8	0.013	1.50	3.0	0.12	17.17	0.01	1.130	38.40	11.40	8.8	89.5	1.7	-3.83	0.54	0.61	1.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22232	2694	7	0	42	0	0	logfile
✘	6CP5	7547	2022-07-03	2018-03-13	4.2	4.19	—	4.2	0.004	0.84	0.0	0.04	10.90	0.00	1.205	24.08	2.24	7.2	92.0	0.8	-4.36	0.50	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9413	1234	19	0	4	0	0	logfile
✘	5A7U	3079	2022-07-02	2015-07-10	4.8	3.82	—	4.6	0.020	3.41	3.0	0.25	21.78	0.08	2.651	30.77	25.00	24.0	72.0	4.0	-6.05	-0.01	0.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	455	27	1	0	1	0	231	logfile
✘	6U9W	20703	2022-07-05	2019-09-09	3.3	3.46	—	3.5	0.010	0.98	0.0	0.08	14.40	0.00	1.182	2.65	0.70	3.7	96.3	0.0	-2.76	0.70	0.81	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26919	1686	6	3	42	0	12885	logfile
✘	6U9V	20702	2022-07-05	2019-09-09	2.9	3.06	—	3.1	0.008	0.80	0.0	0.08	14.45	0.00	1.183	2.46	0.57	4.9	95.1	0.0	-1.99	0.64	0.76	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26701	1680	6	3	51	0	12634	logfile
✘	5NP6	3618	2022-07-08	2017-04-13	3.6	4.23	3.52	3.6	0.004	0.66	0.0	0.06	15.41	0.00	0.612	13.65	0.00	14.9	84.5	0.6	-4.69	0.90	0.87	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	146883	5995	57	4667	0	0	0	logfile
✘	6JD1	9801	2022-07-03	2019-01-30	3.38	4.55	—	3.9	0.013	0.98	0.0	0.05	14.85	0.00	1.261	6.39	0.00	7.3	92.7	0.0	-4.95	0.85	0.70	1.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63427	3953	36	0	60	192	31469	logfile
✘	6FYY	4328	2022-07-07	2018-03-12	3.02	3.15	3.09	3.1	0.007	1.33	57.0	0.10	20.55	0.01	0.817	7.50	10.74	8.2	89.1	2.7	-1.95	0.63	0.83	1.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	104316	8066	54	1886	200	0	0	logfile
✘	6o6C	0633	2022-07-06	2019-03-05	3.1	3.26	—	3.2	0.011	1.23	0.0	0.05	12.21	0.01	0.570	4.18	0.09	6.7	90.7	2.5	-1.64	0.83	0.81	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30166	3660	19	52	9	0	0	logfile
✘	6SWE	10324	2022-07-05	2019-09-20	3.1	3.79	3.08	3.3	0.010	0.94	0.0	0.05	15.86	0.01	1.209	7.46	1.17	12.0	88.0	0.0	-4.83	0.87	0.84	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1523	21	486	9	18	0	logfile
✘	6SW9	10320	2022-07-04	2019-09-20	4.2	5.88	4.46	3.0	0.011	1.21	0.0	0.06	17.80	0.01	1.152	31.84	0.80	19.0	80.8	0.2	-5.60	0.85	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70661	4508	47	1593	41	42	0	logfile
✘	6SWC	10322	2022-07-04	2019-09-20	3.3	4.36	3.31	3.3	0.010	0.89	0.0	0.05	15.73	0.01	1.153	9.74	0.13	13.4	86.6	0.0	-5.19	0.83	0.72	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70744	4519	48	1593	41	42	0	logfile
✘	6JLU	9839	2022-07-07	2019-03-06	3.02	3.12	—	3.2	0.014	1.72	11.0	0.08	15.86	0.01	1.177	12.95	0.10	8.6	90.9	0.5	-4.89	0.64	0.73	2.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	102777	9704	128	0	820	1	0	logfile
✘	5X1G	6701	2022-07-02	2017-01-25	4.5	7.89	—	37.0	0.008	1.42	0.0	0.05	10.05	0.01	2.345	27.78	0.00	6.9	93.1	0.0	-2.75	0.00	0.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	155	31	1	0	0	0	0	logfile
✘	6DRC	7994	2022-07-07	2018-06-11	3.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	138860	8744	8	0	16	0	69384	logfile
✘	6DR0	7987	2022-07-07	2018-06-11	4.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139988	8750	8	0	8	0	70013	logfile