Table showing results for December 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7CUM	30472	2022-12-18	2020-08-23	3.52	3.83	—	3.8	0.007	1.14	3.0	0.08	14.62	0.01	1.183	10.92	0.34	7.1	92.9	0.0	-4.26	0.69	0.76	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22214	1358	4	0	19	0	10852	logfile
✘	6TU7	10590	2022-12-18	2020-01-03	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	5YWP	6855	2022-12-18	2017-11-29	4.6	5.26	—	20.0	0.005	0.98	0.0	0.05	9.48	0.01	2.023	48.83	0.00	7.3	92.1	0.6	-3.63	0.12	0.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19561	2588	10	0	0	0	0	logfile
✘	6SM3	10241	2022-12-21	2019-08-21	3.3	3.34	—	3.3	0.009	0.95	0.0	0.06	13.87	0.01	1.169	2.56	0.26	7.6	92.4	0.0	-3.64	0.76	0.86	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22040	2796	8	0	4	0	0	logfile
✘	6U0M	20607	2022-12-21	2019-08-14	3.9	4.53	—	4.3	0.005	1.05	2.0	0.06	16.74	0.01	2.211	9.82	0.47	13.2	86.7	0.2	-5.28	0.81	0.63	-0.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41146	5105	16	34	3	0	0	logfile
✘	6Voi	21265	2022-12-18	2020-01-30	4.03	3.85	—	3.9	0.005	0.95	0.0	0.05	15.12	0.01	2.142	13.51	0.24	7.7	92.0	0.3	-3.86	0.73	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27497	3575	14	0	5	0	0	logfile
✘	6SML	10243	2022-12-21	2019-08-22	3.4	3.43	—	3.4	0.009	1.00	0.0	0.06	14.43	0.01	1.173	3.67	0.09	6.7	93.3	0.1	-3.42	0.74	0.83	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22152	2810	8	0	4	0	0	logfile
✘	6SMQ	10245	2022-12-21	2019-08-22	3.3	3.30	—	3.3	0.011	1.03	0.0	0.06	14.75	0.01	1.169	3.35	0.43	7.4	92.4	0.2	-3.34	0.78	0.88	4.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22136	2791	9	0	9	0	0	logfile
✘	6VoL	21268	2022-12-20	2020-01-30	4.06	3.45	—	3.4	0.005	0.89	0.0	0.05	15.21	0.01	2.148	12.59	0.12	5.2	94.7	0.1	-3.18	0.74	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38991	5165	32	0	7	0	0	logfile
✘	6VL5	21230	2022-12-18	2020-01-22	4.5	4.57	4.20	4.4	0.018	1.68	0.0	0.10	10.25	0.01	2.242	1.05	0.20	1.2	98.8	0.0	0.88	0.79	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15039	1719	42	0	105	0	0	logfile
✘	6TZ5	20589	2022-12-19	2019-08-10	3.1	3.56	3.05	3.7	0.003	0.51	0.0	0.04	14.11	0.00	2.220	7.23	0.00	1.1	98.9	0.0	0.24	0.40	0.55	-0.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93500	12104	68	0	0	0	0	logfile
✘	6X80	22088	2022-12-19	2020-06-01	3.5	3.69	—	3.5	0.006	0.60	0.0	0.04	13.31	0.00	1.254	8.52	0.01	8.5	91.3	0.2	-2.33	0.48	0.90	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	97482	12628	44	0	374	0	0	logfile
✘	6UZV	20963	2022-12-19	2019-11-15	3.1	3.13	—	3.2	0.010	1.18	0.0	0.06	20.36	0.04	1.217	11.55	0.89	4.2	95.8	0.0	-1.85	0.71	0.84	3.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72606	6711	60	0	408	0	0	logfile
✘	6VXM	21444	2022-12-18	2020-02-22	3.06	3.76	—	3.4	0.018	1.02	0.0	0.05	12.84	0.00	2.208	5.67	0.00	3.9	96.1	0.0	-2.02	0.75	0.81	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15064	1939	14	0	21	0	0	logfile
✘	6LHU	0899	2022-12-18	2019-12-10	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23169	1518	2	0	0	0	11483	logfile
✘	6LHS	0896	2022-12-18	2019-12-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1456	2	0	0	0	11313	logfile
✘	6VoY	21301	2022-12-18	2020-02-01	3.7	4.09	—	4.0	0.013	1.52	30.0	0.10	24.39	0.01	1.583	35.15	0.46	2.4	97.6	0.0	-6.32	0.69	0.82	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17556	1724	16	180	6	0	0	logfile
✘	6PW6	20500	2022-12-18	2019-07-22	4.5	4.56	4.36	4.5	0.021	1.78	0.0	0.11	10.80	0.01	2.200	1.86	0.56	2.7	97.2	0.2	0.50	0.74	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15942	1842	45	0	108	0	0	logfile
✘	6VXZ	21453	2022-12-18	2020-02-25	3.42	3.56	3.37	3.6	0.011	1.06	0.0	0.06	19.90	0.01	1.959	12.76	2.40	8.1	91.9	0.0	-3.97	0.71	0.81	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13324	1556	8	0	28	0	0	logfile
✘	7K0K	22600	2022-12-18	2020-09-04	2.6	2.96	—	2.9	0.006	0.68	0.0	0.05	12.44	0.00	1.915	7.70	0.00	2.2	97.8	0.0	0.53	0.68	0.85	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7615	964	4	0	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 443
• next →