Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6M5S	30091	2023-07-06	2020-03-11	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.65	—	—	1.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11055	1440	4	0	2	0	0	logfile
✘	6VXK	21442	2023-07-08	2020-02-22	3.1	3.57	—	3.2	0.011	0.84	0.0	0.05	14.73	0.00	2.122	15.37	8.05	10.5	89.5	0.0	-3.69	0.86	0.88	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17418	2254	8	0	18	0	0	logfile
✘	7XVE	33484	2023-07-07	2022-05-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13659	1569	8	0	42	0	0	logfile
✘	7W92	32359	2023-07-12	2021-12-09	3.1	2.79	—	3.3	0.003	0.67	0.0	0.05	13.05	0.01	2.306	2.89	0.11	3.7	96.3	0.0	-4.34	0.80	0.76	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25071	3206	3	0	0	0	0	logfile
✘	6YMX	10847	2023-07-19	2020-04-10	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47034	5759	47	0	38	0	0	logfile
✘	7UND	26621	2023-07-11	2022-04-10	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	129454	8269	40	269	10	0	61541	logfile
✘	7KU7	23035	2023-07-08	2020-11-24	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15666	1807	16	68	8	0	0	logfile
✘	7ZES	14692	2023-07-07	2022-03-31	3.1	3.32	3.11	3.4	0.005	0.61	0.0	0.04	13.69	0.01	1.966	5.90	0.00	2.3	97.7	0.0	0.35	0.75	0.82	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13538	1654	6	10	4	0	0	logfile
✘	7WPB	32681	2023-07-04	2022-01-23	2.79	2.94	—	2.9	0.005	0.74	0.0	0.05	15.22	0.01	2.101	3.78	0.29	3.0	97.0	0.0	-4.67	0.68	0.86	4.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6491	793	2	0	5	0	0	logfile
✘	6XLB	22238	2023-07-06	2020-06-28	3.8	4.01	—	3.8	0.002	0.43	0.0	0.04	13.65	0.00	2.235	7.33	0.00	2.0	98.0	0.0	-2.43	0.82	0.77	1.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11180	1380	4	0	0	0	0	logfile
✘	7XLQ	33285	2023-07-09	2022-04-22	3.1	3.36	3.17	3.4	0.006	0.85	0.0	0.05	14.86	0.01	2.117	12.12	0.33	8.0	91.9	0.1	-3.52	0.65	0.81	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20132	2436	8	0	33	0	0	logfile
✘	7M6F	23694	2023-07-11	2021-03-25	3.9	4.35	—	4.1	0.006	1.00	4.0	0.07	10.47	0.01	1.869	10.66	0.00	3.9	96.1	0.0	0.42	0.78	0.76	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24304	3446	25	0	63	0	0	logfile
✘	8EoS	28466	2023-07-12	2022-10-04	3.1	3.84	3.11	3.5	0.005	0.57	0.0	0.04	14.88	0.00	1.840	20.11	3.59	5.2	94.7	0.2	-0.81	0.90	0.89	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25606	3069	11	87	5	0	0	logfile
✘	6J6N	0691	2023-07-13	2019-01-15	3.86	3.99	—	3.8	0.008	1.02	1.0	0.09	14.52	0.01	1.820	15.60	2.51	5.1	94.2	0.8	-3.41	0.60	0.63	1.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	78937	8982	47	544	14	0	0	logfile
✘	6ZP7	11337	2023-07-11	2020-07-08	3.3	4.01	3.43	3.7	0.013	0.92	0.0	0.17	13.62	0.01	0.008	16.12	0.52	3.0	97.0	0.0	-0.92	0.64	0.59	1.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23615	2861	33	0	92	0	0	logfile
✘	6JCV	9798	2023-07-14	2019-01-30	2.92	4.05	—	3.7	0.007	0.90	0.0	0.06	13.94	0.01	2.341	5.00	0.00	5.2	94.8	0.0	-5.68	0.87	0.86	3.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30876	3912	31	0	24	96	0	logfile
✘	8CVX	27020	2023-07-10	2022-05-18	3.5	3.62	3.40	3.6	0.009	1.58	16.0	0.11	16.44	0.01	2.272	8.19	5.13	4.5	95.3	0.2	-3.03	0.64	0.75	1.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20448	2541	12	0	4	0	0	logfile
✘	6URT	20862	2023-07-09	2019-10-24	3.27	4.11	—	3.7	0.008	1.36	1.0	0.06	17.24	0.01	2.285	7.74	3.41	9.0	91.0	0.0	-4.88	0.73	0.83	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18263	2317	14	0	7	0	0	logfile
✘	7MN5	23916	2023-07-05	2021-04-30	2.93	3.53	3.04	3.3	0.013	1.46	0.0	0.08	10.99	0.01	2.311	0.48	0.00	3.3	96.7	0.0	-0.05	0.82	0.81	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9526	1213	8	0	13	0	0	logfile
✘	7UT7	26757	2023-07-08	2022-04-26	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16442	1998	12	0	8	415	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 500
• next →