Table showing results for December 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6VPV	21320	2022-12-19	2020-02-04	2.7	3.25	—	3.2	0.007	1.04	0.0	0.05	19.21	0.05	1.222	10.40	0.00	4.1	95.9	0.0	-1.73	0.59	0.79	3.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72192	6753	60	0	384	0	0	logfile
✘	7RH5	24455	2022-12-19	2021-07-16	3.0	3.17	—	3.2	0.008	1.07	0.0	0.05	17.66	0.00	1.169	11.01	1.13	7.7	92.2	0.1	-0.10	0.67	0.79	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93342	6072	44	0	66	0	44380	logfile
✘	6XZP	10664	2022-12-19	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7R8o	24320	2022-12-18	2021-06-26	3.5	3.86	—	3.9	0.008	1.48	13.0	0.09	12.77	0.02	1.876	12.11	1.03	3.6	96.3	0.1	-0.25	0.71	0.80	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29964	3804	20	0	48	0	0	logfile
✘	6XZG	10662	2022-12-19	2020-02-04	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6ZZY	11589	2022-12-19	2020-08-05	3.16	2.16	—	2.5	0.025	2.68	0.0	0.19	21.02	0.02	1.196	12.90	0.03	6.1	93.7	0.2	-0.33	0.57	0.76	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54609	4594	44	0	379	0	0	logfile
✘	6ZJi	11234	2022-12-18	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6VXZ	21453	2022-12-18	2020-02-25	3.42	3.56	3.37	3.6	0.011	1.06	0.0	0.06	19.90	0.01	1.959	12.76	2.40	8.1	91.9	0.0	-3.97	0.71	0.81	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13324	1556	8	0	28	0	0	logfile
✘	6YBP	10770	2022-12-19	2020-03-17	3.48	3.86	—	3.8	0.008	0.76	0.0	0.05	14.57	0.01	1.184	8.10	0.00	6.4	93.6	0.0	-2.69	0.74	0.85	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36410	4702	24	0	12	0	0	logfile
✘	7D7R	30610	2022-12-18	2020-10-05	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7680	1160	2	0	0	0	0	logfile
✘	7CMi	30407	2022-12-18	2020-07-27	2.9	3.36	—	3.3	0.006	1.00	0.0	0.05	15.26	0.01	1.904	7.49	1.44	7.2	91.4	1.4	-5.99	0.62	0.67	0.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7353	928	7	0	10	6	0	logfile
✘	6WM2	21847	2022-12-19	2020-04-20	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	73243	9171	56	0	63	0	0	logfile
✘	7AHE	11784	2022-12-18	2020-09-24	4.1	4.22	4.11	4.1	0.009	1.11	0.0	0.09	12.70	0.00	2.205	16.70	0.45	9.6	90.4	0.0	-5.40	0.69	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10060	1308	5	0	1	0	0	logfile
✘	7K0K	22600	2022-12-18	2020-09-04	2.6	2.96	—	2.9	0.006	0.68	0.0	0.05	12.44	0.00	1.915	7.70	0.00	2.2	97.8	0.0	0.53	0.68	0.85	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7615	964	4	0	2	0	0	logfile
✘	7JPW	22425	2022-12-18	2020-08-10	3.2	3.29	—	3.2	0.015	1.06	0.0	0.06	18.76	0.01	2.068	16.08	11.04	9.6	90.3	0.1	-4.54	0.69	0.85	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18583	2257	4	0	12	0	0	logfile
✘	6TRC	10558	2022-12-19	2019-12-18	2.98	3.06	—	3.1	0.010	1.16	0.0	0.07	19.32	0.02	1.220	9.53	1.42	7.9	92.1	0.0	-3.92	0.71	0.79	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	75591	6849	99	0	402	651	0	logfile
✘	6VVX	21406	2022-12-18	2020-02-18	3.39	4.23	—	3.8	0.007	0.84	0.0	0.05	18.93	0.01	1.182	5.43	3.99	6.2	93.8	0.0	-3.74	0.90	0.87	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29858	3508	12	128	4	0	0	logfile
✘	7CZY	30521	2022-12-18	2020-09-09	3.3	3.38	—	3.3	0.011	1.00	0.0	0.07	17.68	0.01	1.865	25.81	12.01	10.3	87.0	2.6	-3.80	0.62	0.70	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31186	3880	33	0	76	0	0	logfile
✘	7CUB	30471	2022-12-18	2020-08-22	2.55	2.79	—	2.7	0.008	0.85	0.0	0.05	14.60	0.01	1.245	4.14	4.63	3.8	95.9	0.3	-3.84	0.73	0.89	4.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9842	1199	7	0	9	13	0	logfile
✘	7CUQ	30474	2022-12-18	2020-08-24	2.64	2.91	—	2.9	0.008	0.74	0.0	0.04	13.22	0.01	1.249	4.13	3.42	3.0	96.9	0.1	-4.33	0.50	0.75	4.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9834	1199	6	0	9	0	0	logfile

• ← previous
• Page 7 of 443
• next →