Table showing results for December 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6YLF	10837	2022-12-18	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZG	10662	2022-12-19	2020-02-04	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7SPi	24771	2022-12-19	2021-11-02	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7BL2	12215	2022-12-19	2021-01-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7SPC	24770	2022-12-18	2021-11-02	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6ZJi	11234	2022-12-18	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7Z37	14472	2022-12-18	2022-03-01	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7SPB	24769	2022-12-19	2021-11-02	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✔	7Z15	14441	2022-12-21	2022-02-24	1.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZP	10664	2022-12-19	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6TU7	10590	2022-12-18	2020-01-03	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZR	10666	2022-12-19	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZD	10659	2022-12-19	2020-02-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✔	7Z8i	14552	2022-12-21	2022-03-17	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6KAD	9956	2022-12-19	2019-06-21	3.4	3.59	—	3.5	0.011	1.60	0.0	0.07	16.10	0.02	1.201	7.96	0.67	7.4	92.6	0.0	-5.09	0.77	0.84	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	105342	9734	94	0	560	0	0	logfile
✔	6MSJ	9221	2022-12-19	2018-10-16	3.3	4.09	—	3.0	0.007	1.11	0.0	0.06	11.62	0.01	1.823	6.87	0.72	9.4	90.2	0.4	-4.98	0.89	0.83	2.02	2.9	0.003	0.76	0.0	0.04	14.16	0.00	1.969	13.69	0.20	9.0	90.9	0.1	-0.78	1.26	0.89	0.85	1.69	105316	13488	53	0	46	0	0	logfile
✔	5WVK	6694	2022-12-19	2016-12-25	4.2	4.73	—	4.3	0.002	0.43	0.0	0.04	7.38	0.00	2.151	7.59	0.01	6.6	93.3	0.2	-3.70	0.84	0.75	—	4.3	0.005	0.83	0.0	0.05	11.85	0.00	2.009	28.85	0.03	6.2	93.6	0.2	-1.04	2.67	0.88	0.81	—	105261	13392	47	0	0	0	0	logfile
✔	6RQC	4980	2022-12-19	2019-05-15	4.4	4.57	4.38	4.4	0.012	1.28	1.0	0.07	18.21	0.01	1.965	9.16	0.54	10.4	89.5	0.1	-5.03	0.79	0.67	—	4.4	0.005	0.73	0.0	0.04	17.04	0.01	1.835	17.64	0.00	11.9	88.1	0.0	-2.45	3.24	0.80	0.70	—	105223	6174	23	176	15	0	51978	logfile
✔	6MSK	9222	2022-12-19	2018-10-16	3.2	4.36	—	3.0	0.005	1.05	1.0	0.06	11.48	0.01	1.749	6.19	0.68	9.3	90.2	0.5	-5.12	0.89	0.84	1.58	3.0	0.003	0.80	0.0	0.04	13.99	0.00	1.910	15.55	0.27	9.2	90.6	0.2	-0.76	1.75	0.90	0.86	1.45	105222	13488	53	0	47	0	0	logfile
✔	5T5H	8361	2022-12-19	2016-08-31	2.54	2.84	—	2.9	0.015	1.25	1.0	0.06	16.68	0.04	0.838	36.92	0.69	5.4	93.4	1.2	-2.36	0.64	0.82	3.92	2.9	0.005	0.91	0.0	0.04	17.62	0.01	1.804	15.55	3.14	3.9	96.0	0.1	-0.59	2.19	0.61	0.83	3.15	105112	5369	74	2884	108	83	0	logfile

• Page 1 of 443
• next →