Table showing results for November 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8GRN	34209	2023-11-15	2022-09-02	2.5	3.22	2.91	3.2	0.033	3.22	177.0	0.26	23.86	0.02	1.568	20.38	36.57	14.8	77.8	7.4	-5.62	0.54	0.70	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11602	1432	4	0	2	0	0	logfile
✘	7WT7	32770	2023-11-19	2022-02-04	3.4	3.87	—	3.8	0.005	0.92	15.0	0.06	13.84	0.01	2.132	9.81	0.91	7.1	92.6	0.3	-1.79	0.78	0.77	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28322	3523	12	0	50	0	0	logfile
✘	8JB0	36139	2023-11-20	2023-05-07	4.2	4.12	4.27	3.8	0.003	0.62	0.0	0.04	16.01	0.00	2.196	13.62	0.09	2.8	97.0	0.2	2.31	0.76	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31387	3858	48	0	36	0	0	logfile
✘	8H87	34531	2023-11-14	2022-10-21	2.53	2.73	2.50	2.7	0.011	1.55	0.0	0.08	18.62	0.02	2.300	4.49	0.91	2.3	97.7	0.0	-1.32	0.58	0.79	4.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7083	777	6	0	48	147	0	logfile
✘	8P39	17385	2023-11-14	2023-05-17	2.58	2.12	2.56	1.5	0.007	0.63	0.0	0.04	12.12	0.00	1.951	9.53	5.43	5.6	94.1	0.3	-1.34	0.71	0.64	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9705	1200	4	0	6	0	0	logfile
✘	8BKB	16095	2023-11-21	2022-11-08	2.2	1.97	2.09	2.0	0.003	0.61	0.0	0.04	17.88	0.00	2.225	1.59	1.40	1.4	98.6	0.0	4.82	0.71	0.86	6.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35139	4128	54	0	6	1317	0	logfile
✘	8GA8	29892	2023-11-18	2023-02-22	3.5	3.70	3.49	3.7	0.003	0.54	0.0	0.04	17.43	0.00	2.028	11.33	0.33	2.6	97.4	0.0	0.98	0.70	0.69	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22011	2675	12	0	2	0	0	logfile
✘	7ASD	11892	2023-11-20	2020-10-27	3.5	3.68	3.48	3.5	0.003	0.68	0.0	0.06	8.97	0.00	2.153	5.28	2.16	2.2	97.8	0.0	0.30	0.81	0.83	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30296	3664	48	0	72	0	0	logfile
✘	8i9V	35285	2023-11-20	2023-02-07	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.63	—	—	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	138001	11303	60	2408	4	0	0	logfile
✘	8A1W	15091	2023-11-20	2022-06-02	2.56	2.20	2.53	2.4	0.004	0.56	0.0	0.04	15.09	0.00	2.014	2.96	0.32	1.1	98.9	0.0	1.65	0.60	0.72	3.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30172	1908	16	0	16	289	14776	logfile
✘	8GTQ	34263	2023-11-20	2022-09-08	3.1	3.59	3.36	3.5	0.009	1.05	5.0	0.08	14.02	0.01	1.900	14.36	3.06	7.3	90.8	1.9	-3.05	0.70	0.69	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30519	3759	33	0	75	0	0	logfile
✘	8i5Y	35198	2023-11-15	2023-01-26	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13617	1565	9	0	39	6	0	logfile
✘	8FCM	28983	2023-11-22	2022-12-01	3.27	3.63	—	3.7	0.011	0.85	0.0	0.06	12.28	0.00	2.381	1.16	0.00	1.8	98.1	0.2	0.39	0.69	0.67	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36829	4658	13	0	12	0	0	logfile
✘	8DFC	27404	2023-11-17	2022-06-21	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20713	2548	18	0	15	483	0	logfile
✘	8S90	40233	2023-11-16	2023-03-27	4.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15323	2096	9	0	1	0	0	logfile
✘	8FCA	28978	2023-11-22	2022-12-01	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35936	2400	8	0	8	0	17476	logfile
✘	6XXD	10647	2023-11-16	2020-01-27	3.22	2.31	—	3.1	0.007	1.05	0.0	0.06	11.45	0.00	2.647	2.40	0.00	5.7	94.3	0.0	-2.51	0.70	0.68	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14896	2000	16	0	0	0	0	logfile
✘	7T4K	25678	2023-11-13	2021-12-10	3.25	3.56	3.27	3.4	0.005	0.88	0.0	0.05	12.76	0.01	2.287	3.74	0.15	2.3	97.7	0.0	0.51	0.73	0.84	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6180	782	2	0	0	0	0	logfile
✘	6E8G	9005	2023-11-21	2018-07-29	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.52	—	—	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	97272	12276	72	0	0	0	0	logfile
✘	8AZU	15772	2023-11-18	2022-09-06	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-5.07	—	—	4.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23856	3108	42	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 5 of 528
• next →