Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6SD1	10145	2023-05-16	2019-07-26	2.6	2.74	2.55	2.7	0.003	0.53	0.0	0.04	12.42	0.00	2.149	8.45	0.00	4.3	95.7	0.0	-2.90	0.74	0.84	4.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39369	4983	33	0	0	0	0	logfile
✘	7RVB	24706	2023-05-16	2021-08-18	2.04	2.91	—	2.6	0.004	0.54	0.0	0.04	17.18	0.00	2.260	1.94	0.55	2.9	97.1	0.0	3.46	0.84	0.91	3.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40224	5016	24	0	0	0	0	logfile
✘	6QC3	4495	2023-05-16	2018-12-26	4.2	4.28	4.21	4.2	0.010	1.32	1.0	0.85	12.09	0.01	1.873	8.18	0.75	11.7	88.1	0.1	-3.94	0.67	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	96897	12010	84	0	77	0	0	logfile
✘	7Z87	14545	2023-05-16	2022-03-16	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.73	—	—	1.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39708	4840	10	52	1	194	0	logfile
✘	7TF7	25864	2023-05-16	2022-01-06	2.13	2.24	—	2.2	0.004	0.61	0.0	0.04	15.42	0.00	2.187	5.57	1.43	2.5	97.4	0.1	1.01	0.47	0.70	5.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39976	4980	12	0	0	0	0	logfile
✘	8HRB	34966	2023-05-16	2022-12-15	3.78	3.89	3.82	3.8	0.002	0.48	0.0	0.04	14.55	0.00	2.187	8.99	0.02	4.4	95.6	0.0	-0.91	0.78	0.79	1.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	96352	11778	28	102	8	0	0	logfile
✘	7VCF	31890	2023-05-16	2021-09-02	2.5	2.41	2.38	2.3	0.007	1.08	2.0	0.13	14.50	0.01	2.057	3.71	0.19	5.5	94.3	0.2	-1.21	0.79	0.81	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39626	4841	20	0	7	2	0	logfile
✘	6iCZ	9645	2023-05-16	2018-09-07	3.0	3.12	—	3.1	0.015	1.44	14.0	0.10	13.30	0.01	1.549	8.29	1.39	5.8	93.4	0.8	-2.81	0.53	0.64	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	97900	14175	58	418	19	0	0	logfile
✘	7S4L	24830	2023-05-16	2021-09-09	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21153	2556	21	0	36	3	0	logfile
✘	8E9B	27962	2023-05-16	2022-08-26	3.5	3.16	3.52	3.4	0.004	0.71	1.0	0.05	15.36	0.01	2.023	10.91	0.24	5.2	94.7	0.1	0.07	0.74	0.77	1.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39160	4933	25	0	20	0	0	logfile
✘	6U0M	20607	2023-05-16	2019-08-14	3.9	4.53	—	4.3	0.005	1.05	2.0	0.06	16.74	0.01	2.211	9.80	0.47	13.2	86.7	0.2	-5.28	0.81	0.63	-0.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41146	5105	16	34	3	0	0	logfile
✘	7E1X	30945	2023-05-16	2021-02-03	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42679	5132	34	0	59	0	0	logfile
✘	7V86	31791	2023-05-16	2021-08-22	2.8	3.32	—	3.2	0.004	0.60	0.0	0.05	14.18	0.00	2.163	9.23	0.00	5.3	94.7	0.0	-0.17	0.77	0.78	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39996	4881	47	0	87	0	0	logfile
✘	6QC4	4496	2023-05-16	2018-12-26	4.6	4.73	4.64	4.6	0.006	1.11	0.0	0.85	11.18	0.01	1.949	7.33	0.38	10.8	89.0	0.1	-3.76	0.73	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	96705	12008	81	0	85	0	0	logfile
✘	7E5S	30994	2023-05-16	2021-02-20	3.6	4.22	—	3.6	0.012	1.41	23.0	0.10	10.99	0.01	1.513	21.26	1.35	4.5	95.2	0.3	0.70	0.65	0.46	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38916	5038	31	0	24	0	0	logfile
✘	7R72	24290	2023-05-16	2021-06-24	3.07	3.12	3.04	3.1	0.003	0.53	0.0	0.04	13.98	0.00	2.007	6.67	0.41	3.7	96.3	0.0	0.87	0.73	0.84	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39443	3040	25	700	1	0	0	logfile
✘	5VFR	8665	2023-05-16	2017-04-09	4.9	5.02	—	4.8	0.006	1.24	5.0	0.07	11.75	0.01	2.042	10.70	0.74	9.6	89.8	0.6	-4.40	0.71	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	99908	12868	51	0	5	0	0	logfile
✘	7V89	31794	2023-05-16	2021-08-22	2.8	3.36	—	3.2	0.003	0.58	0.0	0.05	14.31	0.00	2.128	8.98	0.00	4.8	95.2	0.0	0.26	0.79	0.80	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40034	4869	54	0	100	0	0	logfile
✘	7CM7	30403	2023-05-16	2020-07-25	2.6	2.33	—	2.7	0.004	0.84	0.0	0.05	8.33	0.01	2.319	3.35	0.00	4.1	95.9	0.0	-4.15	0.66	0.73	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39216	4960	16	0	8	0	0	logfile
✘	5GJQ	9511	2023-05-16	2016-07-01	4.35	4.02	—	3.8	0.016	1.83	29.0	0.09	16.70	0.01	1.073	47.82	10.02	11.3	84.5	4.2	-4.17	0.79	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	98461	13520	54	0	6	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 55
• next →