Table showing results for March 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6HZ7	0313	2023-03-17	2018-10-22	4.3	4.43	4.32	4.3	0.008	0.97	0.0	0.05	14.60	0.01	1.959	2.86	0.59	2.9	97.1	0.0	-0.47	0.81	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67582	4120	26	6	12	0	33368	logfile
✘	6ND1	0440	2023-03-13	2018-12-13	4.1	4.15	—	4.1	0.009	1.23	14.0	0.08	16.24	0.01	2.249	7.63	0.10	3.7	96.2	0.2	-3.89	0.60	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9186	1179	6	0	0	0	0	logfile
✘	7E0i	30933	2023-03-12	2021-01-28	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8033	677	6	0	58	0	0	logfile
✘	7STX	25438	2023-03-13	2021-11-15	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8611	1049	5	0	30	0	0	logfile
✘	6RKo	4908	2023-03-12	2019-04-30	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7289	875	8	0	9	31	0	logfile
✘	6VUM	21390	2023-03-15	2020-02-16	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14388	1636	8	0	22	0	0	logfile
✘	6JSi	9882	2023-03-14	2019-04-08	4.7	4.70	—	4.6	0.007	1.48	0.0	0.06	15.33	0.01	2.231	10.68	2.42	23.2	72.3	4.5	-6.05	0.64	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62820	5844	9	0	4044	0	0	logfile
✘	5oAF	3773	2023-03-17	2017-06-21	4.06	4.15	—	4.1	0.001	0.47	0.0	0.04	9.13	0.00	2.165	12.39	0.28	2.4	97.6	0.0	-2.75	0.69	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19748	2538	12	0	6	0	0	logfile
✘	7EWL	31351	2023-03-15	2021-05-25	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13784	994	2	0	0	0	6756	logfile
✘	6S5T	10100	2023-03-12	2019-07-02	4.15	4.28	4.17	4.2	0.007	1.48	3.0	0.09	17.31	0.00	2.450	5.08	3.93	7.1	92.4	0.6	-4.05	0.75	0.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6958	896	3	0	1	0	0	logfile
✘	5GW4	9540	2023-03-15	2016-09-08	4.7	4.89	—	4.8	0.001	0.42	0.0	0.04	7.26	0.00	2.187	6.49	0.00	4.3	95.6	0.1	-3.58	0.77	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64544	8446	16	0	0	0	0	logfile
✘	6RX4	10049	2023-03-12	2019-06-07	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7347	884	8	0	31	7	0	logfile
✘	7CoY	30420	2023-03-13	2020-08-05	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57966	6096	66	0	279	84	0	logfile
✘	6S1N	10081	2023-03-17	2019-06-19	4.86	4.98	—	4.8	0.009	1.13	2.0	0.06	17.87	0.01	1.929	9.59	0.83	6.3	93.4	0.4	-3.47	0.73	0.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19726	2399	11	50	3	0	0	logfile
✘	7ATE	11921	2023-03-13	2020-10-30	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9056	1098	10	0	9	145	0	logfile
✘	6QEL	4537	2023-03-15	2019-01-08	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64816	4092	24	0	24	0	32302	logfile
✘	6QEM	4538	2023-03-15	2019-01-08	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65750	4104	24	26	16	0	32652	logfile
✘	7BSP	30163	2023-03-14	2020-03-31	4.0	4.12	—	4.0	0.005	0.66	0.0	0.04	13.90	0.01	1.928	53.93	0.00	14.6	85.4	0.0	-7.27	0.68	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11010	1352	5	0	5	0	0	logfile
✘	6S1M	10080	2023-03-17	2019-06-19	4.27	4.52	—	4.3	0.010	1.22	2.0	0.08	17.72	0.01	1.193	13.31	1.46	7.2	91.9	0.8	-3.67	0.74	0.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19726	2399	11	50	3	0	0	logfile
✘	7E0J	30934	2023-03-12	2021-01-28	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8140	672	6	0	56	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 29
• next →