Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6QEL	4537	2023-05-06	2019-01-08	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64816	4092	24	0	24	0	32302	logfile
✘	7ZUB	14971	2023-05-11	2022-05-12	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28082	1722	7	0	7	0	14035	logfile
✘	6VDK	21151	2023-05-05	2019-12-27	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12309	1274	14	104	6	0	0	logfile
✘	7K10	22619	2023-05-04	2020-09-06	3.3	3.44	—	3.4	0.006	0.98	0.0	0.05	15.43	0.01	2.300	4.19	0.37	10.6	89.3	0.1	-5.28	0.72	0.77	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10037	1259	1	0	0	0	0	logfile
✘	6VBU	21144	2023-05-12	2019-12-19	3.1	3.24	3.18	3.2	0.005	0.69	1.0	0.05	14.74	0.00	2.096	12.13	0.24	6.5	93.5	0.0	-3.06	0.73	0.75	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30209	3820	9	0	2	0	0	logfile
✘	7Wo4	32638	2023-05-10	2022-01-20	4.47	3.18	—	3.4	0.003	0.48	0.0	0.04	8.44	0.00	2.234	5.78	3.89	6.1	93.9	0.0	-3.76	0.83	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71208	9096	24	0	90	0	0	logfile
✘	8EAi	27977	2023-05-10	2022-08-29	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24218	3008	17	9	14	12	0	logfile
✘	7UV9	26809	2023-05-06	2022-04-29	3.2	2.64	3.07	3.0	0.009	0.89	0.0	0.06	26.20	0.01	1.561	5.75	0.30	1.4	98.6	0.0	1.22	0.77	0.75	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15342	1164	11	292	2	0	0	logfile
✘	6U0M	20607	2023-05-16	2019-08-14	3.9	4.53	—	4.3	0.005	1.05	2.0	0.06	16.74	0.01	2.211	9.80	0.47	13.2	86.7	0.2	-5.28	0.81	0.63	-0.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41146	5105	16	34	3	0	0	logfile
✘	6RBE	4795	2023-05-10	2019-04-10	3.8	3.81	4.03	5.1	0.007	1.27	0.0	0.06	18.44	0.01	2.076	9.10	1.35	11.9	86.8	1.2	-4.17	0.38	0.09	0.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72721	4512	33	1750	0	0	0	logfile
✘	7STX	25438	2023-05-04	2021-11-15	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8611	1049	5	0	30	0	0	logfile
✘	7B75	12073	2023-05-16	2020-12-09	3.2	3.90	3.19	3.7	0.006	1.11	0.0	0.06	14.59	0.01	2.274	5.03	0.07	8.6	91.3	0.0	-2.29	0.84	0.80	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39122	4966	16	0	54	0	0	logfile
✘	7RKM	24500	2023-05-04	2021-07-22	3.5	3.62	—	3.5	0.005	0.97	0.0	0.06	12.31	0.00	2.181	7.47	0.00	3.7	96.3	0.0	-1.13	0.74	0.83	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9491	1201	6	0	1	0	0	logfile
✘	7VYH	32205	2023-05-11	2021-11-14	2.9	3.02	—	3.1	0.007	0.74	0.0	0.05	14.31	0.01	2.198	8.58	0.00	3.6	96.3	0.1	0.11	0.75	0.86	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27933	3488	27	0	16	0	0	logfile
✘	7UT4	26754	2023-05-16	2022-04-26	3.9	4.06	—	4.0	0.006	0.93	0.0	0.04	18.88	0.01	2.087	5.16	0.53	5.0	94.9	0.0	-0.40	0.44	0.69	1.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39740	2448	2	0	0	0	20092	logfile
✘	7RH6	24456	2023-05-15	2021-07-16	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	90627	5901	42	0	60	0	43188	logfile
✘	7EU0	31305	2023-05-13	2021-05-15	3.16	3.23	3.12	3.2	0.003	0.73	0.0	0.04	14.67	0.00	1.565	4.64	0.20	3.6	96.4	0.0	-4.58	0.74	0.78	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32686	4168	22	81	10	0	0	logfile
✘	6BQ1	7129	2023-05-15	2017-11-27	3.6	3.71	—	3.6	0.007	0.95	6.0	0.05	9.09	0.01	1.899	27.65	0.11	5.2	94.8	0.0	-3.86	0.60	0.49	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37163	4050	8	0	955	0	0	logfile
✘	7B05	11957	2023-05-09	2020-11-18	3.8	3.93	—	3.8	0.009	0.82	0.0	0.04	15.44	0.00	2.267	8.97	0.00	8.1	91.9	0.0	-0.12	0.81	0.85	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21056	2580	8	0	12	0	0	logfile
✘	7Z87	14545	2023-05-16	2022-03-16	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.73	—	—	1.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39708	4840	10	52	1	194	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 55
• next →