Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6F0K	4165	2023-05-16	2017-11-20	3.87	3.98	—	3.9	0.022	1.29	0.0	0.14	11.89	0.01	1.943	8.80	0.00	14.2	85.8	0.0	-5.22	0.65	0.72	1.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39868	2504	10	0	10	0	19577	logfile
✘	7SQ9	25380	2023-05-07	2021-11-04	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15810	1876	16	0	18	16	0	logfile
✘	6VM2	21236	2023-05-06	2020-01-27	3.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15355	1815	15	0	20	0	0	logfile
✘	6QS8	4627	2023-05-12	2019-02-20	3.9	4.01	3.80	3.9	0.011	1.05	0.0	0.06	10.42	0.01	2.018	5.95	0.17	6.7	93.3	0.0	-3.91	0.75	0.76	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28875	3603	13	0	43	0	0	logfile
✘	7RJE	24486	2023-05-04	2021-07-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57232	3818	24	0	10	0	27924	logfile
✘	7SQ7	25378	2023-05-06	2021-11-04	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15305	1852	16	0	13	8	0	logfile
✘	6UD3	20731	2023-05-06	2019-09-18	3.5	4.06	3.46	3.8	0.018	1.60	0.0	0.11	11.86	0.01	2.293	7.45	0.00	4.6	95.4	0.0	-1.90	0.79	0.78	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14346	1765	10	0	6	0	0	logfile
✘	6QS7	4626	2023-05-12	2019-02-20	3.8	3.89	3.67	3.8	0.011	1.05	0.0	0.06	10.39	0.01	2.041	7.09	0.20	7.7	92.3	0.0	-3.83	0.71	0.81	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28875	3603	13	0	43	0	0	logfile
✘	6X2L	22011	2023-05-04	2020-05-20	2.85	2.95	—	2.9	0.009	0.96	0.0	0.06	13.68	0.01	2.078	2.99	0.00	2.5	97.5	0.0	-6.46	0.64	0.88	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9396	1233	3	0	0	0	0	logfile
✘	6X1A	21994	2023-05-05	2020-05-18	2.5	1.99	2.50	2.6	0.006	0.93	0.0	0.07	15.41	0.00	2.140	14.37	3.79	3.9	96.1	0.0	-3.15	0.51	0.71	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10140	1262	5	0	1	23	0	logfile
✘	5GAH	8004	2023-05-15	2015-11-26	3.8	3.97	—	3.9	0.008	1.10	0.0	0.05	15.97	0.01	1.737	8.30	11.31	3.3	96.7	0.1	-3.33	0.73	0.85	1.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	94027	3595	46	3049	473	0	0	logfile
✘	7XLB	33276	2023-05-08	2022-04-21	3.44	3.67	3.47	3.7	0.003	0.64	0.0	0.04	19.23	0.01	2.236	8.13	0.19	7.7	92.3	0.0	-3.68	0.63	0.71	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19138	2352	7	0	0	0	0	logfile
✘	6H68	0147	2023-05-15	2018-07-26	4.6	4.70	—	4.6	0.005	0.84	0.0	0.05	11.32	0.01	2.243	6.67	0.05	7.3	92.7	0.0	-3.73	0.72	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37103	4497	22	67	6	0	0	logfile
✘	7X08	32920	2023-05-15	2022-02-21	2.7	2.78	—	2.8	0.009	0.96	0.0	0.10	17.17	0.01	1.910	14.34	10.68	8.4	90.6	0.9	-2.76	0.63	0.76	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36396	4572	36	0	81	0	0	logfile
✘	8F1K	28791	2023-05-13	2022-11-05	2.8	3.72	2.83	3.2	0.002	0.47	0.0	0.04	14.90	0.00	2.130	4.40	1.30	2.3	97.7	0.0	0.58	0.88	0.82	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30854	3689	14	95	3	10	0	logfile
✘	5W68	8778	2023-05-16	2017-06-16	3.3	3.84	—	4.0	0.006	0.89	0.0	0.06	10.33	0.01	2.206	8.50	0.69	8.5	91.5	0.0	-5.31	0.73	0.78	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39390	5250	15	0	0	0	0	logfile
✘	7CZY	30521	2023-05-13	2020-09-09	3.3	3.38	—	3.3	0.011	1.02	0.0	0.07	17.97	0.01	1.865	25.79	12.01	10.3	87.0	2.6	-3.80	0.62	0.70	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31186	3880	33	0	76	0	0	logfile
✘	7KiF	22886	2023-05-12	2020-10-23	2.94	3.78	—	3.6	0.009	0.87	0.0	0.05	18.07	0.01	1.489	4.33	6.85	7.1	92.9	0.0	-2.80	0.82	0.84	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30322	3592	13	118	4	0	0	logfile
✘	7XiC	33202	2023-05-12	2022-04-12	3.3	3.72	3.48	3.6	0.009	1.14	0.0	0.08	11.36	0.01	1.933	11.05	1.40	5.6	92.5	1.8	-2.01	0.67	0.65	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29941	3706	31	0	71	0	0	logfile
✘	7SCB	25032	2023-05-15	2021-09-27	2.5	3.49	2.56	3.0	0.007	1.51	3.0	0.08	17.27	0.02	2.465	3.44	2.69	3.6	96.2	0.2	-4.74	0.88	0.84	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37229	4743	54	0	25	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 55
• next →